新城疫（Newcastle disease,ND）是由新城疫病毒（NDV）引起的一種烈性病毒性傳染病,是當今全球范圍內(nèi)最嚴重的家禽傳染病之一,被國際獸疫局列為必須報告的疾病,其強毒可引起全身性出血和胃腸道病變,引起家禽的大量死亡,是嚴重危害養(yǎng)禽業(yè)的烈性傳染病。盡管已有多種新城疫病毒疫苗問世,但世界動物衛(wèi)生組織（OIE）最新數(shù)據(jù)顯示新城疫病毒在全球的流行并無減緩趨勢,隨著Class I新城疫病毒的出現(xiàn),新城疫病毒防控面臨著新的挑戰(zhàn)。因此,認識新城疫病毒的復制機制以及新城疫病毒與宿主的相互作用對于新城疫的防控十分重要,研究新城疫病毒與宿主細胞互作有利于發(fā)現(xiàn)新的抗病毒靶點。在本研究中,我們用新城疫參考強毒Herts/33和弱毒LaSota分別感染了原代雞胚成纖維細胞,經(jīng)轉錄組測序和生物信息學分析發(fā)現(xiàn),感染新城疫參考強毒Herts/33后獲得1ncRNA992條,感染新城疫參考弱毒LaSota后獲得1ncRNA572條,其中404條是感染新城疫參考強毒Herts/33和參考弱毒LaSota共有的;,感染新城疫參考強毒Herts/33后獲得mRNA7603條,感染新城疫參考弱毒LaSota后獲得... 

【文章來源】：中國農(nóng)業(yè)科學院北京市

【文章頁數(shù)】：56 頁

【學位級別】：博士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
第一部分 引言
    1.1 利用測序技術分析病毒-宿主相互作用
        1.1.1 一代、二代和三代測序技術原理與比較
        1.1.2 利用轉錄組分析病毒-宿主相互作用
    1.2 非編碼RNA與病毒感染
        1.2.1 非編碼RNA
        1.2.2 長鏈非編碼RNA與病毒感染
        1.2.3 雞的長鏈非編碼RNA的發(fā)現(xiàn)和研究
    1.3 新城疫病毒
    1.4 研究目的和意義
第二部分 NDV感染雞胚成纖維細胞的mRNAs分析
    2.1 材料和方法
        2.1.1 原代雞胚成纖維細胞和病毒制備
        2.1.2 病毒感染
        2.1.3 RNA提取
        2.1.4 RNA測序
        2.1.5 生物信息學分析
        2.1.6 編碼潛能分析
        2.1.7 表達分析
        2.1.8 GO富集分析和KEGG pathway分析
        2.1.9 ISGs分析
        2.1.10 熒光定量PCR對轉錄組數(shù)據(jù)的驗證
    2.2 結果
        2.2.1 新城疫病毒感染CEFs編碼轉錄本的鑒定
        2.2.2 新城疫病毒感染引起的轉錄本變化
        2.2.3 差異表達基因的功能分析
        2.2.4 對感染NDV后CEFs細胞的ISG分析
        2.2.5 熒光定量PCR對轉錄組數(shù)據(jù)的驗證
    2.3 討論
第三部分 NDV感染雞胚成纖維細胞的lncRNAs分析
    3.1 材料和方法
        3.1.1 樣品制備與測序
        3.1.2 lncRNA篩選
        3.1.3 lncRNA定量分析
        3.1.4 用實時熒光定量PCR對lncRNA數(shù)據(jù)的驗證
        3.1.5 與病毒復制有關的lncRNA的篩選
        3.1.6 針對lncRNA LNC_000710 RNAi靶點的篩選
        3.1.7 lncRNA LNC_000710與病毒復制的關系
        3.1.8 lncRNA LNC_000710在不同感染劑量后的表達
        3.1.9 獲得lncRNALNC_000710的全長
        3.1.10 lncRNA LNC_000710的亞細胞定位
    3.2 結果
        3.2.1 新城疫病毒感染CEFs lncRNA的鑒定
        3.2.2 實時熒光定量PCR對lncRNA測序數(shù)據(jù)的驗證
        3.2.3 篩選與病毒復制有關的lncRNA
        3.2.4 針對lncRNA LNC_000710 RNAi靶點的篩選
        3.2.5 lncRNA LNC_000710與病毒復制的關系
        3.2.6 lncRNA LNC_000710在不同感染劑量后的表達
        3.2.7 lncRNA LNC_000710 RACE結果
        3.2.8 lncRNA LNC_000710的亞細胞定位
    3.3 討論
全文總結
參考文獻
致謝
博士后期間發(fā)表文章及基金資助


【參考文獻】：
期刊論文
[1]我國當前新城疫流行概況及防控對策[J]. 張明富,郎應仁.  河南農(nóng)業(yè). 2016(28)
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[3]全胚連續(xù)消化制備雞胚成纖維細胞技術研究[J]. 吳長新,甘軍紀,劉秀梵,詹愛軍.  生命科學研究. 1998(04)



本文編號：3396474