本研究旨在了解近年來(lái)我國(guó)四川、貴州地區(qū)豬繁殖與呼吸綜合征病毒（PRRSV）的分子流行病學(xué)及遺傳變異情況,對(duì)該地區(qū)2016—2018年間采集的8份PRRSV陽(yáng)性樣品進(jìn)行病毒分離鑒定和全基因組測(cè)序,進(jìn)一步使用RDP4和Simplot生物軟件對(duì)全基因序列進(jìn)行重組分析。結(jié)果顯示,8個(gè)PRRSV毒株全基組全長(zhǎng)為15 010～15 321 nt,毒株間相似性為80.9%～91.7%。NSP2氨基酸分析結(jié)果顯示,4個(gè)毒株表現(xiàn)出與HP-PRRSV毒株一致的30 aa缺失,另外4株表現(xiàn)出與NADC30毒株一致的131 aa缺失。其中,GZgy17表現(xiàn)為"1+19+29 aa"新型缺失模式。ORF5氨基酸分析顯示,3個(gè)毒株在33位點(diǎn)出現(xiàn)新型的1 aa缺失。遺傳重組分析顯示,8個(gè)毒株表現(xiàn)出PRRSV-2毒株6種不同譜系（Lineage）間的重組方式,分別如下:1) SCnj16:L8+L1; 2) SCxyz17:L1+L5; 3) SCya18:L1+L3; 4) GZgy17:L8+L3; 5) SCcd17和SCN17:L1+L8+L5; 6) SCcd16和SCya17:L1+L8+L3。本研究結(jié)果... 

【文章來(lái)源】：畜牧獸醫(yī)學(xué)報(bào). 2020,51(06)北大核心CSCD

【文章頁(yè)數(shù)】：9 頁(yè)

【部分圖文】：

PRRSV分離株全基因組RT-PCR 擴(kuò)增凝膠電泳圖

使用重組分析軟件(RDP4和SimPlot軟件)對(duì)這8株病毒全基因組進(jìn)行遺傳重組分析。將分離毒株作為目的比對(duì)序列,各亞群代表毒株(JXA1、VR-2332、CH-1a、QYYZ和NADC30)或中國(guó)流行的PRRSV毒株作為參考序列,使用重組分析軟件Simplot和RDP4對(duì)其毒株全基因組序列進(jìn)行遺傳重組分析。結(jié)果顯示,2016—2018年8株西南地區(qū)的PRRSV分離株共表現(xiàn)出6種不同的重組方式,分別如下,1) SCnj16: L8+L1; 2) SCxyz17: L1+L5; 3) SCya18: L1+L3; 4) GZgy17: L8+L3; 5) SCcd17和SCN17: L1+L8+L5; 6) SCcd16和SCya17: L1+L8+L3(圖4)。圖4 8株P(guān)RRSV分離株全基因組重組分析結(jié)果

8株P(guān)RRSV分離株全基因組重組分析結(jié)果

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]從疑似PRRS流產(chǎn)胎兒分離PRRSV的研究[J]. 郭寶清,陳章水,劉文興,崔益洙.  中國(guó)畜禽傳染病. 1996(02)



本文編號(hào)：3377052