為獲得山羊地方性鼻內(nèi)腫瘤病毒（ENTV-2）古田株（暫命名為:ENTV/CH/GT/2015株）全基因組序列。通過(guò)PCR方法從山羊鼻內(nèi)腫瘤組織中分段擴(kuò)增獲得ENTV-2全基因組7個(gè)片段,目的片段經(jīng)膠回收后分別連接至pMD19-T載體上,并轉(zhuǎn)化至基因工程菌DH5a,提取陽(yáng)性質(zhì)粒進(jìn)行測(cè)序,利用生物學(xué)軟件對(duì)獲得的序列進(jìn)行拼接分析。獲得ENTV/CH/GT/2015株全基因組序列長(zhǎng)度為7 506 bp,包含相互重疊的gag-pro-pol-env編碼區(qū)及5′端非編碼區(qū),并上傳至GenBank上獲得登錄號(hào)為MK210250.1;與國(guó)外NC004994.2株和AY197548.2株核苷酸同源性均為87.5%,與國(guó)內(nèi)ENTV-2CHN8株核苷酸同源性為97.7%。氨基酸序列分析結(jié)果顯示,gag蛋白在124～126 aa插入GVE 3個(gè)氨基酸和229～232 aa插入APPP 4個(gè)氨基酸,env蛋白在590～593 aa處存在AESL 4個(gè)氨基酸的缺失;gag和env蛋白抗原表位分析結(jié)果顯示,盡管存在氨基酸的突變和缺失,但抗原表位并沒(méi)有明顯差異。糖基化位點(diǎn)預(yù)測(cè)結(jié)果顯示:gag、pro、pol和env蛋... 

【文章來(lái)源】：中國(guó)獸醫(yī)學(xué)報(bào). 2020,40(09)北大核心CSCD

【文章頁(yè)數(shù)】：8 頁(yè)

【部分圖文】：

ENTV/CH/GT/2015全基因組擴(kuò)增結(jié)果

將ENTV/CH/GT/2015株gag和env核苷酸序列推導(dǎo)氨基酸序列與其他參考株進(jìn)行比較。ENTV/CH/GT/2015株gag蛋白序列與國(guó)內(nèi)ENTV-2的相似性為88.6%～96.1%,與國(guó)外AY197548.2株和NC004994.2株的相似性均為88.9%,與ENTV-1的相似性為89.4%～89.7%,與JSRV的相似為89.1%～89.4%;ENTV/CH/GT/2015株 gag核苷酸推導(dǎo)的氨基酸序列與參考株相比,ENTV/CH/GT/2015株在124～126 aa插入GVE 3個(gè)氨基酸和229～232 aa插入APPP 4個(gè)氨基酸(圖2)。env蛋白序列與國(guó)內(nèi) ENTV-2相似性為93.1%～97.7%,與國(guó)外AY197548.2株和NC004994.2株的相似性均為91.4%,與ENTV-1的相似性為86.6%～86.7%,與JSRV的相似性為89.7%～88.9%;ENTV/CH/GT/2015株env核苷酸推導(dǎo)的氨基酸序列與參考株相比,在590～593 aa處存在AESL 4個(gè)氨基酸缺失(圖3)。圖3 3種乙型逆轉(zhuǎn)錄病毒env基因核苷酸同源性比較

3種乙型逆轉(zhuǎn)錄病毒env基因核苷酸同源性比較

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]山羊地方性鼻內(nèi)腫瘤病毒Shaanxi株前病毒全基因組克隆及生物信息學(xué)分析[J]. 何亞鵬,付明哲,許信剛,龐文靜,王景,周曼,張琪.  中國(guó)預(yù)防獸醫(yī)學(xué)報(bào). 2017(01)
[2]山羊地方性鼻內(nèi)腫瘤病毒ENTV-SC株基因組cDNA文庫(kù)的構(gòu)建及生物信息學(xué)分析[J]. 馮迎春,顏其貴,郭萬(wàn)柱,王小玉,舒蕾.  中國(guó)獸醫(yī)科學(xué). 2011(02)
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本文編號(hào)：3308599