發(fā)布時間：2021-07-21 16:11

　　圓環(huán)病毒病是由圓環(huán)病毒感染所引起的器官功能性障礙或繁殖障礙疾病,該病是世界范圍內(nèi)公認的嚴重危害養(yǎng)豬業(yè)的主要疾病之一,當與其他病毒混合感染時往往對豬造成嚴重的危害。為了解PCV2在河北省流行特點及遺傳演化規(guī)律,本研究建立PCV2和PCV3雙重納米PCR檢測方法,對河北省養(yǎng)豬場的379份臨床樣品進行PCV2和PCV3檢測,并對47陽性樣品進行了PCV2 ORF2基因測序分析,部分PCV2和PCV3全基因序列分析,結果如下:1.應用PCR方法對379份臨床樣品進行檢測。結果發(fā)現(xiàn)PCV2的陽性感染率達到53.6%,PCV3的陽性感染率較低為25.6%,而PCV2和PCV3混合感染率為12.1%,表明我省北部地區(qū)PCV2和PCV3感染較普遍。47個強陽性樣品的PCV2 ORF2基因遺傳演化分析,結果發(fā)現(xiàn)2015²019年間河北省PCV2優(yōu)勢流行毒株為PCV2b和PCV2d亞型,但亦存在少數(shù)PCV2e的流行。2.應用PCR檢測方法對2株PCV2（HB-PCV2-5、HB-PCV2-182）和1株PCV3（HB-PCV3）陽性毒株的全基因進行擴增、克隆、測序和遺傳進化分析。結果... 

【文章來源】：河北科技師范學院河北省

【文章頁數(shù)】：57 頁

【學位級別】：碩士

【部分圖文】：

PCV2ORF2基因遺傳進化樹

第二章PCV2和PCV3遺傳演化分析302.3.3PCV2ORF2核苷酸序列同源性分析根據(jù)進化樹分析結果選取14株遺傳進化距離較遠差異較大的PCV2ORF2序列與18株參考毒株進行同源性比對分析（圖2-2），發(fā)現(xiàn)14株PCV2ORF2序列之間核苷酸同源性為87.0%~97.7%，與參考毒株及疫苗株間同源性為83.5%~97.3%，其中分離毒株與疫苗株LG-HM038034.1和SH-HM038027.1的同源性分別為87.3%~90.6%和88.1%~96.2%。圖2-2部分PCV2分離株ORF2基因核苷酸同源性比對Fig.2-2ComparisonofnucleotidehomologyofORF2geneofsomePCV2isolates2.3.4PCV2ORF2氨基酸位點比對分析利用Megalign對代表毒株和參考毒株的氨基酸序列進行位點比對分析，結果發(fā)現(xiàn)其氨基酸同源性在87.1%~100%之間，PCV2Cap蛋白變異較高的位點主要集中于50~90aa，130~135aa和184~191aa三個區(qū)段（圖2-3）。

第二章PCV2和PCV3遺傳演化分析31圖2-3PCV2ORF2氨基酸位點比對分析Fig.2-3PCV2ORF2aminoacidpositioncomparisonanalysis2.3.5PCV2和PCV3全基因擴增結果通過優(yōu)化PCR反應溫度及條件，得到PCV2的擴增條帶為1768bp，PCV3的擴增條帶為2000bp，與預期目標相符。2.3.6PCV2全基因片段克隆及序列拼接將擴增獲得的全基因組片段的PCR產(chǎn)物，經(jīng)過純化、連接、轉化后，挑取單個菌落，搖菌擴大培養(yǎng)后提取質(zhì)粒。用快速內(nèi)切酶進行雙酶切鑒定，將鑒定為陽性的質(zhì)粒送測序。測序結果用軟件拼接處理，獲得PCV2和PCV3的全基因序列，并將其全基因組序列提交至NCBI，PCV2的GenBank登陸號為MT711855和MT711856，PCV3的GenBank登陸號為MT71187。分析得出PCV2和PCV3各片段的信息（表2-10、表2-11）。表2-10PCV2全基因結構分析Table2-10DetailanalysisofPCV2straingenomicregionsRegionNucleotidelengthAminoacidORF1942314ORF2702234ORF3312104

【參考文獻】：
期刊論文
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碩士論文
[1]PEDV檢測納米PCR方法的建立及其分子流行病學調(diào)查[D]. 朱禹.黑龍江八一農(nóng)墾大學 2017
[2]湖南省仔豬PCV2流行病學調(diào)查及其病理學研究[D]. 朱哲.湖南農(nóng)業(yè)大學 2015
[3]陜西地區(qū)豬圓環(huán)病毒2型分子流行病學調(diào)查及重組病毒株的鑒定[D]. 邵萌.西北農(nóng)林科技大學 2013
[4]豬Ⅱ型圓環(huán)病毒全基因克隆及結構基因表達研究[D]. 李洋.吉林大學 2008



本文編號：3295350