熱應激對奶業(yè)造成威脅備受業(yè)界關注。熱應激條件下奶牛常常發(fā)生死亡,影響著奶牛的身體健康。通過篩選娟珊牛細胞凋亡相關的基因,為進一步研究熱應激與細胞凋亡的關系,從而對未來研究熱應激下的細胞凋亡機制具有重要意義。本研究采用干奶期娟姍牛為實驗動物（n=10,360±40 kg,6±0.5 year）,在不同的溫濕度指數(shù)（Temperature and humidity index,THI）下,測量娟珊牛的生理反應、用mRNA-seq對白細胞進行轉錄組測序和分析,篩選凋亡相關基因,并用Western blotting和q-PCR驗證FAS通路。具體結果如下:1、2019年重慶地區(qū)七月至八月THI居高,在6:00、10:00和14:00三個時間點的干球溫度、濕球溫度、相對濕度和THI差異顯著,娟珊牛的呼吸率（Respiration rate,RR）、出汗率（Sweating rate,SR）、直腸溫度（Rectal temperature,RT）、有毛皮膚溫度（Skin temperature with hair,ST（hair））和無毛皮膚溫度（Skin temperature without ... 

【文章來源】：西南大學重慶市 211工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：95 頁

【學位級別】：碩士

【部分圖文】：

平均相對濕度(---),平均溫度(—),和b)溫濕度指數(shù)在中國南方自然月

82組中獲得了50474676（THI=82_1）、58178126（THI=82_2）、50049474（THI=82_3）、59215152（THI=82_4）和62924034（THI=82_5）的cleanreads數(shù)據(jù)。從THI=88組中獲得了61551498（THI=88_1）58633654（THI=88_2）59176084（THI=88_3）68728564（THI=88_4）和61437404（THI=88_5）的cleanreads數(shù)據(jù)。在THI=77、THI=82和THI=88組中，所有獲得的Q20和Q30值均大于95％，errorrates小于0.05％。通過雙末端測序對轉錄組進行測序，并且在每個末端獲得了70億個數(shù)據(jù)，即，每個文庫獲得了100多個數(shù)據(jù)（表8）。測量了測序的錯誤率分布（圖1，以一些樣品為例，其余見附錄圖1）和GC含量的分布情況（圖1，以某些樣品為例，其余見附錄圖1），發(fā)現(xiàn)堿基的錯誤率低于0.05％，表明測序質量很高。圖1高通量測序錯誤率分布Figure1Thedistributionofsequenceerror-rate注：a-f的橫坐標是讀取堿基的坐標，這表示從5"到3"末端的堿基序列。a-c的縱坐標是該位點所有讀取堿基的平均錯誤率（％）。d-f的縱坐標是測序位置（例如第一個測序堿基）上所有讀數(shù)的A、C、G、T和N堿基的百分比，不同的堿基用不同的顏色表示。Note:Theabscissaofa-fisreadsbasecoordinate,whichmeansthesequenceofbasesfrom5"to3"endofreads.Theordinateofa-cistheaverageerrorrate(%)ofallreadsbasesatthissite.Theordinateofd-fisthepercentageofA,C,G,TandNbasesofallreadsatthesequencinglocation(suchasthefirstsequencingbase),anddifferentbasesarerepresentedbydifferentcolors.根據(jù)高通量測序錯誤率分布圖可知，測序的錯誤率是由測序序列的長度決定的。如果實驗中測序的長度越長，錯誤率也逐漸增加。隨著測序序列越長，花的時間增加，消耗的化學時間也增加，這也是造成測序錯誤率的主要原因。本實?

第二篇研究內(nèi)容33圖2樣品間測序飽和度曲線Figure2Saturationcurvebetweensamples2.5基因表達水平分析在該實驗中，將牛參考基因用作文庫，并使用Tophat和Cufflinks軟件通過序列相似性比較方法計算不同樣品中每個基因的表達豐度。實驗操作箱形圖（box-whiskerplot）檢查了基因表達數(shù)據(jù)是否具有對稱性，分散體的分離水平等。使用聚類法計算每個樣本，并比較樣本之間的相似性。本實驗的盒形圖和聚類分析圖的結果主要見于圖3和圖4。從盒形圖的結果可以看出，三個THI下的14個樣本的數(shù)據(jù)具有良好的對稱性，最小值、上四分位數(shù)（25％）、中位數(shù)（50％）、四分位數(shù)（75％）和最大值五個都相似，具有較低的分散度和較高的數(shù)據(jù)質量。聚類圖的研究成果表明，樣本間距離比較靠近，樣品間聚在一起，證明我們的實驗設計合理。樣本間PCA分析是使用降維分析方法，14個樣品在圖中分別在不同的位置，相聚在一起的樣品表示同一個實驗組的樣品，樣品距離越近表明樣品的相似性越好（圖5）。

【參考文獻】：
期刊論文
[1]內(nèi)質網(wǎng)應激及其與肝癌細胞凋亡關系的研究進展[J]. 栗彥飛,王櫟雯,莫發(fā)榮.  山東醫(yī)藥. 2019(01)
[2]熱休克蛋白70調控內(nèi)質網(wǎng)鈣通道相關蛋白對心肌細胞凋亡的影響[J]. 孫忠東,矯艷,任冠樺.  中華實驗外科雜志. 2017 (10)
[3]補肺健脾方對COPD大鼠骨骼肌Fas、FasL、Bcl-2及Bax表達的影響[J]. 毛靜,王麗麗,李亞,董玉瓊,田燕歌,李素云.  中華中醫(yī)藥雜志. 2017(02)
[4]夏季奶牛的飼養(yǎng)和管理[J]. 石巖.  河南畜牧獸醫(yī)(綜合版). 2016 (05)
[5]神經(jīng)酰胺誘導腫瘤細胞凋亡的機制研究進展[J]. 周璇,陽學風.  現(xiàn)代生物醫(yī)學進展. 2015(01)
[6]Toll-like receptor 4-mediated signaling participates in apoptosis of hippocampal neurons[J]. Yue He,Ailing Zhou,Wei Jiang.  Neural Regeneration Research. 2013(29)
[7]雞熱應激的發(fā)生原理及防治措施[J]. 林福志.  福建畜牧獸醫(yī). 2012(06)
[8]Current status and future perspectives for sequencing livestock genomes[J]. Maureen Sartor,James Cavalcoli.  Journal of Animal Science and Biotechnology. 2012(01)
[9]HSF1/HSP70通路抑制c-Jun氨基末端激酶的活化保護UVA誘導的HaCaT細胞凋亡[J]. 王曉雯,王春波,李丙華,韓彥弢.  衛(wèi)生研究. 2012(01)
[10]熱應激對奶牛生產(chǎn)的影響及應對策略[J]. 高民,杜瑞平,溫雅麗.  畜牧與飼料科學. 2011(Z1)

博士論文
[1]Cyt-c釋放和介導宰后牦牛肉線粒體凋亡途徑激活機制及對嫩度影響的研究[D]. 王琳琳.甘肅農(nóng)業(yè)大學 2018
[2]萊蕪豬和大白豬背最長肌miRNA與mRNA轉錄組測序及特征分析[D]. 陳偉.山東農(nóng)業(yè)大學 2014
[3]秦川牛肌肉生長發(fā)育相關基因和蛋白質的篩選及其初步鑒定[D]. 賀花.西北農(nóng)林科技大學 2014



本文編號：3276850