黃牛MEF2C基因遺傳變異及其效應(yīng)分析和組織表達(dá)規(guī)律研究
發(fā)布時(shí)間:2021-07-06 11:14
肌肉生長是由許多因子共同調(diào)節(jié)的復(fù)雜生化過程,肌細(xì)胞增強(qiáng)因子2C(myocyteenhancer factor2C, MEF2C)是一類在肌肉發(fā)育中發(fā)揮關(guān)鍵作用的轉(zhuǎn)錄因子。MEF2C基因可以通過同源或異源二聚體結(jié)合到肌肉特異性基因控制區(qū)域的A/T富集序列來激活肌肉基因表達(dá),也可以通過其DNA結(jié)合域與其他因子互作來調(diào)控骨骼肌發(fā)育。MEF2C基因?qū)τ诩∪獍l(fā)育至關(guān)重要。然而,目前關(guān)于MEF2C基因的研究主要集中在人和小鼠骨骼肌和心肌的發(fā)生機(jī)制上,在畜禽中相關(guān)研究還很少。本研究通過生物信息學(xué)分析、測(cè)序和分子生物學(xué)等技術(shù)方法,對(duì)牛MEF2C基因的結(jié)構(gòu)、遺傳變異和組織表達(dá)等進(jìn)行研究。初步探究牛MEF2C基因在肌肉發(fā)生中的作用,揭示對(duì)黃牛重要生長性狀有顯著效應(yīng)的分子標(biāo)記,為進(jìn)一步改良我國黃牛品種的經(jīng)濟(jì)性狀提供理論基礎(chǔ)。本研究的主要成果如下:1.黃牛MEF2C基因遺傳變異研究本試驗(yàn)首先通過DNA池測(cè)序和限制性片段長度多態(tài)性聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(ForcedPCR-RFLP)技術(shù)鑒定和檢測(cè)了MEF2C基因在5個(gè)中國黃牛品種及其雜交群共1095頭黃牛中的遺傳變異。發(fā)現(xiàn)了4個(gè)位于內(nèi)含子中的多態(tài)位點(diǎn),分別命名為SNP...
【文章來源】:西北農(nóng)林科技大學(xué)陜西省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校
【文章頁數(shù)】:73 頁
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【部分圖文】:
;蚪MDNA的電泳檢測(cè)Fig.2-1ElectrophoresisdetectofgenomicDNA
圖 2-1 ;蚪M DNA 的電泳檢測(cè)Fig. 2-1 Electrophoresis detect of genomic DNA2.2.2 牛 MEF2C 基因 SNP 位點(diǎn)鑒定以 DNA 池為模板,擴(kuò)增了牛 MEF2C 基因 11 個(gè)外顯子。擴(kuò)增產(chǎn)物測(cè)序后,用相關(guān)生物軟件(Chromas)將測(cè)序結(jié)果與權(quán)威數(shù)據(jù)庫中提供的 MEF2C 基因原序列比對(duì)后,發(fā)現(xiàn) 4 個(gè)較為明顯的單核苷酸突變,分別位于第 1、第 3 和第 4 內(nèi)含子中。其中,SNP 1(g.T96732C)位于第 4 內(nèi)含子,SNP 2(g.C76904T)和 SNP 3(g.G76992T)位于第 3內(nèi)含子中,SNP 4(g.A18286C)位于第 1 內(nèi)含子中(圖 2-2)。SNP 1(g.T96732C) SNP2 (g.C76904T)
圖 2-3 4 個(gè)突變位點(diǎn) PCR-RFLP 凝膠電泳類型Fig. 2-3 Electrophoresis patterns of PCR-RFLP analysis at four loci MEF2C 基因遺傳變異的群體遺傳學(xué)分析在一個(gè)群體中,保持基因的遺傳多樣性,其實(shí)質(zhì)即保持群體中所擁有的基因種類數(shù),于品種資源的保護(hù)和育種工作的改進(jìn)非常重要。因此,為了有效評(píng)估分析群體的遺樣性,根據(jù) MEF2C 基因 4 個(gè) SNPs 位點(diǎn)基因分型結(jié)果,利用一些數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)和分析,計(jì)算出相關(guān)遺傳多樣性指數(shù)(Nei 1973),結(jié)果如表 2-6 中所示;蛐秃偷任换蝾l率分析表明,在秦川牛和郟縣紅牛群體中,SNP 1-C-TC,SNPCC,SNP 3-G-GG,SNP 4-A-AA 分別在所屬位點(diǎn)中比其他等位基因和基因型頻率高,屬位點(diǎn)中為主導(dǎo)基因和基因型。依據(jù)多態(tài)信息含量(polymorphism informationent,PIC)等級(jí)劃分(Botstein et al. 1980),除了 SNP 3 位點(diǎn)在郟縣紅牛群體中為低度多態(tài)性(PIC<0.25)外,SNP 1、SNP 2 和 SNP 3 在秦川牛和郟縣紅牛中屬于中度性(0.25<PIC<0.50)。而 SNP 4 位點(diǎn)在兩個(gè)群體中屬于低度多態(tài)性(PIC<0.25)。根2檢驗(yàn),4 個(gè)位點(diǎn)的基因型頻率在秦川牛和郟縣紅牛中符合哈代-溫伯格平衡0.05)。在遺傳指數(shù)分析中,4 位點(diǎn)的基因的純合度(heterozygosity,Ho)都大于 0.5,
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]精料補(bǔ)充料能量水平對(duì)早期斷奶犢牦牛生產(chǎn)性能和營養(yǎng)物質(zhì)表觀消化率的影響[J]. 楊俊,王之盛,保善科,王威,薛白,張海波,鄒華圍. 動(dòng)物營養(yǎng)學(xué)報(bào). 2013(09)
[2]MEF2基因家族的研究進(jìn)展[J]. 程波,李利,王林杰,張紅平. 中國畜牧雜志. 2012(15)
[3]日糧能量水平對(duì)中衛(wèi)山羊羯羊生長與屠宰性能的影響[J]. 俞春山,葉勇,賈弟林,張振偉,薛劍峰,張兵,閆宏. 中國草食動(dòng)物. 2011(01)
[4]Effects of Different Energy Levels on Nutrient Utilization and Serum Biochemical Parameters of Early-Weaned Calves[J]. ZHANG Rong, DIAO Qi-yu, ZHANG Nai-feng, TU Yan and JIANG Cheng-gang Feed Research Institute, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Beijing 100081, P.R.China. Agricultural Sciences in China. 2010(05)
[5]內(nèi)參基因在實(shí)時(shí)定量PCR中應(yīng)用的研究進(jìn)展[J]. 董曉麗,王加啟,卜登攀,張春林,李珊珊,趙國琦. 中國畜牧獸醫(yī). 2009(09)
[6]Mef2c真核表達(dá)載體的構(gòu)建及其在HEK293T細(xì)胞中的表達(dá)[J]. 溫見燕,于長安,楊鵬,陰彬,李耿,柯元南,廖文強(qiáng). 山東醫(yī)藥. 2009(04)
[7]中國肉牛分子育種研究進(jìn)展[J]. 陳宏,張春雷. 中國牛業(yè)科學(xué). 2008(04)
[8]不同生長階段雜交肉牛生產(chǎn)性能的研究[J]. 張京躍,呂愛軍,穆阿麗,楊在賓. 中國草食動(dòng)物. 2007(01)
[9]SHEsis,a powerful software platform for analyses of linkage disequilibrium,haplotype construction,and genetic association at polymorphism loci[J]. Yong Yong SHI1,2, Lin HE2,3,*1Bio-X Life Science Research Center, Shanghai Jiao Tong University, Shanghai, China;2Institute for Nutritional Sciences, Shanghai Institute of Biological Sciences, Chinese Academy of Sciences, Shanghai,China;3NHGG, Bio-X Center, Shanghai Jiao Tong University, Shanghai, China. Cell Research. 2005(02)
[10]轉(zhuǎn)錄因子MEF2對(duì)多種信號(hào)通路的調(diào)節(jié)及其生物學(xué)作用[J]. 張文煒,徐列明. 中國生物化學(xué)與分子生物學(xué)報(bào). 2004(04)
博士論文
[1]MEF2A基因原核表達(dá)系統(tǒng)構(gòu)建及黃牛MEF2A、DLK1和CLPG基因遺傳分析[D]. 陳付英.西北農(nóng)林科技大學(xué) 2010
[2]黃牛能量平衡調(diào)控候選基因遺傳變異及其與生長性狀相關(guān)分析[D]. 張春雷.西北農(nóng)林科技大學(xué) 2007
碩士論文
[1]西雜牛PPARγ2、PGC-1α、MEF2C基因表達(dá)量及其與肌內(nèi)脂肪含量、嫩度的相關(guān)分析[D]. 李健.四川農(nóng)業(yè)大學(xué) 2010
[2]涼山半細(xì)毛羊Mef2A、Mef2C基因克隆與組織時(shí)空表達(dá)[D]. 吳忠海.四川農(nóng)業(yè)大學(xué) 2010
[3]黃牛NPM1、SREBP1c基因的克隆、SNPs檢測(cè)及其與生長性狀的關(guān)系[D]. 黃永震.西北農(nóng)林科技大學(xué) 2010
[4]豬MEF2C和MEF2D基因定位及MEF2C基因的表達(dá)研究[D]. 吳俊紅.浙江大學(xué) 2009
[5]豬骨骼肌衛(wèi)星細(xì)胞的培養(yǎng)、鑒定及豬MEF2B和MEF2C基因的初步研究[D]. 何波.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2006
本文編號(hào):3268135
【文章來源】:西北農(nóng)林科技大學(xué)陜西省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校
【文章頁數(shù)】:73 頁
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【部分圖文】:
;蚪MDNA的電泳檢測(cè)Fig.2-1ElectrophoresisdetectofgenomicDNA
圖 2-1 ;蚪M DNA 的電泳檢測(cè)Fig. 2-1 Electrophoresis detect of genomic DNA2.2.2 牛 MEF2C 基因 SNP 位點(diǎn)鑒定以 DNA 池為模板,擴(kuò)增了牛 MEF2C 基因 11 個(gè)外顯子。擴(kuò)增產(chǎn)物測(cè)序后,用相關(guān)生物軟件(Chromas)將測(cè)序結(jié)果與權(quán)威數(shù)據(jù)庫中提供的 MEF2C 基因原序列比對(duì)后,發(fā)現(xiàn) 4 個(gè)較為明顯的單核苷酸突變,分別位于第 1、第 3 和第 4 內(nèi)含子中。其中,SNP 1(g.T96732C)位于第 4 內(nèi)含子,SNP 2(g.C76904T)和 SNP 3(g.G76992T)位于第 3內(nèi)含子中,SNP 4(g.A18286C)位于第 1 內(nèi)含子中(圖 2-2)。SNP 1(g.T96732C) SNP2 (g.C76904T)
圖 2-3 4 個(gè)突變位點(diǎn) PCR-RFLP 凝膠電泳類型Fig. 2-3 Electrophoresis patterns of PCR-RFLP analysis at four loci MEF2C 基因遺傳變異的群體遺傳學(xué)分析在一個(gè)群體中,保持基因的遺傳多樣性,其實(shí)質(zhì)即保持群體中所擁有的基因種類數(shù),于品種資源的保護(hù)和育種工作的改進(jìn)非常重要。因此,為了有效評(píng)估分析群體的遺樣性,根據(jù) MEF2C 基因 4 個(gè) SNPs 位點(diǎn)基因分型結(jié)果,利用一些數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)和分析,計(jì)算出相關(guān)遺傳多樣性指數(shù)(Nei 1973),結(jié)果如表 2-6 中所示;蛐秃偷任换蝾l率分析表明,在秦川牛和郟縣紅牛群體中,SNP 1-C-TC,SNPCC,SNP 3-G-GG,SNP 4-A-AA 分別在所屬位點(diǎn)中比其他等位基因和基因型頻率高,屬位點(diǎn)中為主導(dǎo)基因和基因型。依據(jù)多態(tài)信息含量(polymorphism informationent,PIC)等級(jí)劃分(Botstein et al. 1980),除了 SNP 3 位點(diǎn)在郟縣紅牛群體中為低度多態(tài)性(PIC<0.25)外,SNP 1、SNP 2 和 SNP 3 在秦川牛和郟縣紅牛中屬于中度性(0.25<PIC<0.50)。而 SNP 4 位點(diǎn)在兩個(gè)群體中屬于低度多態(tài)性(PIC<0.25)。根2檢驗(yàn),4 個(gè)位點(diǎn)的基因型頻率在秦川牛和郟縣紅牛中符合哈代-溫伯格平衡0.05)。在遺傳指數(shù)分析中,4 位點(diǎn)的基因的純合度(heterozygosity,Ho)都大于 0.5,
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]精料補(bǔ)充料能量水平對(duì)早期斷奶犢牦牛生產(chǎn)性能和營養(yǎng)物質(zhì)表觀消化率的影響[J]. 楊俊,王之盛,保善科,王威,薛白,張海波,鄒華圍. 動(dòng)物營養(yǎng)學(xué)報(bào). 2013(09)
[2]MEF2基因家族的研究進(jìn)展[J]. 程波,李利,王林杰,張紅平. 中國畜牧雜志. 2012(15)
[3]日糧能量水平對(duì)中衛(wèi)山羊羯羊生長與屠宰性能的影響[J]. 俞春山,葉勇,賈弟林,張振偉,薛劍峰,張兵,閆宏. 中國草食動(dòng)物. 2011(01)
[4]Effects of Different Energy Levels on Nutrient Utilization and Serum Biochemical Parameters of Early-Weaned Calves[J]. ZHANG Rong, DIAO Qi-yu, ZHANG Nai-feng, TU Yan and JIANG Cheng-gang Feed Research Institute, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Beijing 100081, P.R.China. Agricultural Sciences in China. 2010(05)
[5]內(nèi)參基因在實(shí)時(shí)定量PCR中應(yīng)用的研究進(jìn)展[J]. 董曉麗,王加啟,卜登攀,張春林,李珊珊,趙國琦. 中國畜牧獸醫(yī). 2009(09)
[6]Mef2c真核表達(dá)載體的構(gòu)建及其在HEK293T細(xì)胞中的表達(dá)[J]. 溫見燕,于長安,楊鵬,陰彬,李耿,柯元南,廖文強(qiáng). 山東醫(yī)藥. 2009(04)
[7]中國肉牛分子育種研究進(jìn)展[J]. 陳宏,張春雷. 中國牛業(yè)科學(xué). 2008(04)
[8]不同生長階段雜交肉牛生產(chǎn)性能的研究[J]. 張京躍,呂愛軍,穆阿麗,楊在賓. 中國草食動(dòng)物. 2007(01)
[9]SHEsis,a powerful software platform for analyses of linkage disequilibrium,haplotype construction,and genetic association at polymorphism loci[J]. Yong Yong SHI1,2, Lin HE2,3,*1Bio-X Life Science Research Center, Shanghai Jiao Tong University, Shanghai, China;2Institute for Nutritional Sciences, Shanghai Institute of Biological Sciences, Chinese Academy of Sciences, Shanghai,China;3NHGG, Bio-X Center, Shanghai Jiao Tong University, Shanghai, China. Cell Research. 2005(02)
[10]轉(zhuǎn)錄因子MEF2對(duì)多種信號(hào)通路的調(diào)節(jié)及其生物學(xué)作用[J]. 張文煒,徐列明. 中國生物化學(xué)與分子生物學(xué)報(bào). 2004(04)
博士論文
[1]MEF2A基因原核表達(dá)系統(tǒng)構(gòu)建及黃牛MEF2A、DLK1和CLPG基因遺傳分析[D]. 陳付英.西北農(nóng)林科技大學(xué) 2010
[2]黃牛能量平衡調(diào)控候選基因遺傳變異及其與生長性狀相關(guān)分析[D]. 張春雷.西北農(nóng)林科技大學(xué) 2007
碩士論文
[1]西雜牛PPARγ2、PGC-1α、MEF2C基因表達(dá)量及其與肌內(nèi)脂肪含量、嫩度的相關(guān)分析[D]. 李健.四川農(nóng)業(yè)大學(xué) 2010
[2]涼山半細(xì)毛羊Mef2A、Mef2C基因克隆與組織時(shí)空表達(dá)[D]. 吳忠海.四川農(nóng)業(yè)大學(xué) 2010
[3]黃牛NPM1、SREBP1c基因的克隆、SNPs檢測(cè)及其與生長性狀的關(guān)系[D]. 黃永震.西北農(nóng)林科技大學(xué) 2010
[4]豬MEF2C和MEF2D基因定位及MEF2C基因的表達(dá)研究[D]. 吳俊紅.浙江大學(xué) 2009
[5]豬骨骼肌衛(wèi)星細(xì)胞的培養(yǎng)、鑒定及豬MEF2B和MEF2C基因的初步研究[D]. 何波.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2006
本文編號(hào):3268135
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