旨在通過加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析（weighted gene co-expression network analysis,WGCNA）篩選奶山羊不同生理階段乳腺發(fā)育的關(guān)鍵基因。本研究從GEO數(shù)據(jù)庫中下載奶山羊不同生理階段（妊娠46天、70天、90天、110天和產(chǎn)后40天）的乳腺組織微陣列數(shù)據(jù)集GSE14008,使用R語言的WGCNA包對數(shù)據(jù)進(jìn)行共表達(dá)分析。將得到的模塊與生理階段進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析,選擇目標(biāo)模塊,并根據(jù)連接度選出樞紐基因。使用DAVID網(wǎng)站對模塊進(jìn)行富集分析后,使用String網(wǎng)站構(gòu)建模塊的蛋白互作網(wǎng)絡(luò),并使用Cytoscape軟件得到核心基因,最終與樞紐基因取交集得到目標(biāo)基因。對18個樣本的8 443個基因進(jìn)行加權(quán)基因共表達(dá)分析,得到30個模塊,并選出4個與不同生理階段相關(guān)的目標(biāo)模塊及每個模塊的30個樞紐基因,同時也得到4個模塊的蛋白互作網(wǎng)絡(luò)及每個網(wǎng)絡(luò)的20個核心基因。最終,4個模塊共得到13個與乳腺發(fā)育相關(guān)的目標(biāo)基因（UQCR、RGL2、NOTCH1、PTBP1、PPP5C、FZR1、UBE2L3、TNF、MAT2A、ITGB2、GPR18、JAK1、CSN2）。本研究通過... 

【文章來源】：畜牧獸醫(yī)學(xué)報. 2020,51(11)北大核心CSCD

【文章頁數(shù)】：10 頁

【部分圖文】：

加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析

目標(biāo)模塊的GO富集結(jié)果

在構(gòu)建PPI網(wǎng)絡(luò)時,因royalblue模塊基因數(shù)目較多,所以選擇的最低互作標(biāo)準(zhǔn)(minimum required interaction score)為0.7而非默認(rèn)的0.4,其他3個模塊基因數(shù)目較少所選擇的標(biāo)準(zhǔn)為0.15。PPI網(wǎng)絡(luò)的核心基因互作見圖5。圖5 PPI網(wǎng)絡(luò)核心基因互作圖

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]中國美利奴羊胚胎骨骼肌發(fā)育的加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析[J]. 石田培,侯浩賓,王欣悅,趙志達(dá),尚明玉,張莉.  畜牧獸醫(yī)學(xué)報. 2020(03)
[2]中國荷斯坦奶牛ITGB2基因多態(tài)性及其與乳房炎抗性和產(chǎn)奶性狀的相關(guān)分析[J]. 楊宇澤,馮濤,路永強(qiáng),郭江鵬,常卓,趙春穎,程京媛.  中國畜牧雜志. 2018(10)
[3]奶山羊乳腺發(fā)育過程中肥大細(xì)胞的分布[J]. 趙冰,李慶章.  東北農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報. 2012(09)
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博士論文
[1]受孕激素調(diào)控的miR-31在乳腺發(fā)育中的功能與分子機(jī)制[D]. 李想.中國農(nóng)業(yè)大學(xué) 2017

碩士論文
[1]基于RNA-seq技術(shù)的AD相關(guān)lncRNA的識別與功能分析[D]. 宗劍.哈爾濱工業(yè)大學(xué) 2018
[2]乳腺癌上皮和間質(zhì)細(xì)胞中差異表達(dá)的線粒體相關(guān)基因及其功能模塊研究[D]. 張慶林.中國科學(xué)技術(shù)大學(xué) 2013
[3]奶山羊乳腺發(fā)育過程中激素及其受體表達(dá)規(guī)律的研究[D]. 李真.東北農(nóng)業(yè)大學(xué) 2009



本文編號：3265201