沙門氏菌屬腸桿菌科，為革蘭氏染色陰性桿菌，對(duì)蛋雞生產(chǎn)和食品安全造成重大影響。蛋雞沙門氏菌病主要是由沙門氏菌引起的一種以蛋雞出現(xiàn)零星死亡，產(chǎn)蛋率下降的慢性消耗疾病，時(shí)間一長(zhǎng)，容易引起蛋雞消化道功能紊亂，雞群抗病力下降，繼發(fā)感染其它疾病。一些沙門氏菌含有攜帶耐藥因子的遺傳質(zhì)粒，耐藥因子傳遞的對(duì)多種抗生素的耐藥性，給治療沙門氏菌污染造成困難。從雞本身出發(fā)，研究其對(duì)沙門氏菌感染抗性的分子機(jī)制是緩解沙門氏菌病對(duì)蛋雞生產(chǎn)危害的有效途徑之一。本研究以開產(chǎn)蛋雞為研究對(duì)象，用腸炎沙門氏菌感染后，采集血液，用全血自動(dòng)分析儀分析腸炎沙門氏菌對(duì)血液生理指標(biāo)的影響，利用Agilent雞4*44K V2全基因組表達(dá)芯片檢測(cè)感染后8天和16天脾臟組織的基因表達(dá)，篩選出由沙門氏菌感染引起表達(dá)差異的基因，并對(duì)篩選出來(lái)的差異表達(dá)基因進(jìn)行聚類分析，同時(shí)利用DAVID數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)其進(jìn)行生物學(xué)功能分析。此外，我們利用QRT-PCR方法對(duì)芯片結(jié)果做了驗(yàn)證，同時(shí)把篩選出來(lái)的差異表達(dá)基因與免疫相關(guān)基因進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析，并把兩個(gè)時(shí)間點(diǎn)篩選出來(lái)的差異基因進(jìn)行了對(duì)比。結(jié)果顯示：（1）對(duì)照組和試驗(yàn)組的血液樣品中白細(xì)胞的數(shù)量都普遍高于正常值，但同一時(shí)... 

【文章來(lái)源】：山東農(nóng)業(yè)大學(xué)山東省

【文章頁(yè)數(shù)】：69 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

目前主要的基因芯片制作方法

Ontology）數(shù)據(jù)庫(kù)基因功能分類的分析和生物學(xué)通路以及生物學(xué)相互作用的分析。GO功能分類和 Pathway 分析是常見的基因分析方法，是一種專門用于分析芯片數(shù)據(jù)的工具。GO 數(shù)據(jù)庫(kù)（http://www.geneontology.org/）存在各種不同的子數(shù)據(jù)庫(kù)。GO 功能注釋有三個(gè)分類：分子功能（MF）、細(xì)胞組分（CC）和生物學(xué)過(guò)程（BP）。KEGG、Bicoastal和 GenMAPP 數(shù)據(jù)庫(kù)是 Pathway 分析中最為常用的 3 個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)。 其中 KEGG 數(shù)據(jù)庫(kù)（Kyoto encyclopedia of genes and genomes）是向公眾開放的最為著名的數(shù)據(jù)庫(kù)，主要包括基因部分、化學(xué)部分和蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)。而 Bicoastal 數(shù)據(jù)庫(kù)是信號(hào)傳導(dǎo)通路（signaltransduction pathways）中最全面的數(shù)據(jù)庫(kù)，這個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)是由 Bicoastal 公司創(chuàng)建的一個(gè)公共網(wǎng)站，到目前為止，它囊括了不同物種的 120,000 個(gè)基因及在生物功能調(diào)節(jié)中 136條調(diào)控通路。GenMAPP（gene microarray pathway profiler）數(shù)據(jù)庫(kù)，是目前比較常用的用來(lái)分析芯片結(jié)果的一種數(shù)據(jù)庫(kù)，分析得到的結(jié)果能體現(xiàn)出機(jī)體的某些生物學(xué)過(guò)程。

圖 3 QRT-PCR 反應(yīng)條件Fig.3 Thermal cycler protocol of QRT-PCR熒光定量 PCR 的首要步驟是標(biāo)準(zhǔn)曲線的制作，標(biāo)準(zhǔn)曲線的制作過(guò)程如下：取試驗(yàn)組和對(duì)照組的模板 cDNA 各 10 個(gè)，每個(gè) 2μl，依次進(jìn)行 2 倍稀釋（常用的倍比稀釋有 2 倍稀釋，5 倍稀釋和 10 倍稀釋），制成 8 個(gè)濃度梯度即（原倍濃度、2×、4×、8×、16×、32×、64×、128×）。根據(jù)斜率計(jì)算出擴(kuò)增效率，公式為 e=101/(-k)-1，當(dāng)目的基因的擴(kuò)增效率和持家基因相同時(shí)，可以計(jì)算基因的相對(duì)表達(dá)量。

【參考文獻(xiàn)】：
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