鴨MEF2D基因編碼區(qū)克隆及其微衛(wèi)星多態(tài)與屠宰性能的關聯(lián)分析
發(fā)布時間:2021-06-24 19:40
肌細胞增強因子2 (Myocyte enhancer factor2, MEF2)是轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)因子MADS-box家族成員之一。在脊椎動物中該基因家族有4個成員:MEF2A、 MEF2B、MEF2C和MEF2D。MEF2家族基因在動物機體組織中分布廣泛,目前在心肌細胞、骨骼肌細胞以及神經(jīng)細胞中均可檢測到MEF2家族成員的表達,在肌肉組織發(fā)生、發(fā)育和再生調(diào)控中扮演重要角色。MEF2D基因作為MEF2家族成員之一,已證明了其對心臟、骨骼肌和神經(jīng)元的形成和發(fā)育都具有重要的生理作用。本課題組前期研究發(fā)現(xiàn)鴨MEF2D基因第9外顯子區(qū)域存在一個以CAG為重復的微衛(wèi)星序列。本研究擬采用分子克隆技術獲得鴨MEF2D基因編碼區(qū)全序列,進一步鑒定CAG重復序列是否存在多態(tài)性,以及分析該微衛(wèi)星位點的多態(tài)性對北京鴨和建昌鴨屠宰性狀的可能影響。主要研究結果如下:(1)克隆獲得了鴨MEF2D基因編碼區(qū)全序列,該序列全長1578bp,可編碼525個氨基酸殘基,分子式為C2471H3954N732O809S13,分子量為57277.7Da。獲得的鴨MEF2D基因含有MADS-box區(qū)域和MEF2結構域特征,其中MADS...
【文章來源】:四川農(nóng)業(yè)大學四川省 211工程院校
【文章頁數(shù)】:60 頁
【學位級別】:碩士
【文章目錄】:
摘要
Abstract
引言
1 文獻綜述
1.1 肌肉發(fā)生和發(fā)育的調(diào)控因子
1.1.1 MRFs家族
1.1.2 MEF2家族
1.1.3 TGF-β家族
1.1.4 Pax家族
1.1.5 LIM蛋白
1.2 MEF2基因家族的結構和功能
1.2.1 MEF2基因的定位
1.2.2 MEF2的結構
1.2.3 MEF2基因的功能
1.2.4 MEF2基因的表達特性
1.3 MEF2基因家族的多態(tài)性研究
1.3.1 MEF2基因的SNP研究
1.3.2 MEF2的微衛(wèi)星多態(tài)研究
1.4 本研究的目的和意義
2 材料和方法
2.1 試驗材料
2.1.1 試驗動物
2.1.2 試劑和藥品
2.1.3 試驗儀器、設備
2.1.4 主要溶液、試劑的配制
2.2 試驗方法
2.2.1 取樣方法
2.2.2 總RNA的提取
2.2.3 RNA的檢測
2.2.4 RNA的反轉(zhuǎn)錄
2.2.5 總DNA的提取
2.2.6 DNA的檢測
2.2.7 克隆引物的設計
2.2.8 PCR擴增
2.2.9 DNA片段的克隆測序
2.2.10 多態(tài)位點的檢測
2.2.11 數(shù)據(jù)處理與統(tǒng)計分析
3 結果與分析
3.1 鴨MEF2D基因的克隆
3.1.1 總RNA提取效果檢測
3.1.2 鴨MEF2D基因的克隆、測序
3.2 鴨MEF2D基因CAG重復的鑒定
3.2.1 鑒定方法
3.2.2 鴨MEF2D基因CAG重復數(shù)的檢測
3.3 MEF2D基因CAG重復多態(tài)信息統(tǒng)計
3.3.1 不同基因型在兩個鴨群體中的分布
3.3.2 遺傳特性分析
3.4 MEF2D基因的結構、功能分析
3.4.1 MEF2D基因編碼蛋白的一級結構分析
3.4.2 MEF2D蛋白的理化性質(zhì)分析
3.4.3 MEF2D基因編碼蛋白的二級結構分析
3.4.4 MEF2D蛋白的疏水性分析
3.4.5 MEF2D蛋白的磷酸化位點分析
3.4.6 MEF2D蛋白糖基化位點分析
3.4.7 MEF2D基因編碼蛋白的亞細胞定位分析
3.4.8 MEF2D蛋白結構域分析
3.5 MEF2D基因的分子進化分析
3.5.1 MEF2D基因的同源性分析
3.5.2 基于MEF2D基因的分子進化樹構建
3.6 鴨MEF2D基因CAG重復多態(tài)性與屠宰性能相關性分析
4 討論
4.1 鴨MEF2D基因編碼區(qū)序列變異特點
4.2 鴨MEF2D編碼區(qū)微衛(wèi)星CAG位點存在多態(tài)性
4.3 鴨MEF2D編碼區(qū)微衛(wèi)星多態(tài)可能對胸肌重有貢獻
5 結果及結論
6 參考文獻
致謝
附錄
附錄1 鴨MEF2D基因氨基酸同源性比對(1)
附錄2 鴨MEF2D基因氨基酸同源性比對(2)
附錄3 參與的科研項目與發(fā)表的論文
【參考文獻】:
期刊論文
[1]TGF-β/Myostatin在骨骼肌再生與纖維化中的作用[J]. 王榮國,肖誠,王云亭. 中國中醫(yī)基礎醫(yī)學雜志. 2012(05)
[2]斑馬魚心臟再生的研究[J]. 孫彬,馬鵬程,陳桂來,王祥川,李云. 生命的化學. 2011(02)
[3]MEF2A與肝星狀細胞活化的關系研究[J]. 李善高,劉軍,胡華軍,呂賓,孟立娜,蔡利軍. 中國病理生理雜志. 2010(02)
[4]優(yōu)質(zhì)雞MEF2A基因的SNPs檢測及其與屠體性狀的相關研究[J]. 周艷,劉益平,蔣小松,杜華銳,朱慶. 畜牧獸醫(yī)學報. 2009(08)
[5]多重熒光PCR-毛細管電泳進行微衛(wèi)星不穩(wěn)定性分析中的常見問題[J]. 潘菲,宋坤,盛弘強,來茂德. 臨床與實驗病理學雜志. 2008(05)
[6]肌肉發(fā)生相關基因的網(wǎng)絡調(diào)控研究[J]. 張宇,李海,孔建銘,韓登橋,連正興. 黑龍江畜牧獸醫(yī). 2007(10)
[7]MEF2A基因CAG三聯(lián)核苷酸重復序列與冠狀動脈粥樣硬化性心臟病的相關研究[J]. 戴大鵬,何青,周曉陽,肖堯,張志欣,錢貽簡,蔡劍平. 中華老年心腦血管病雜志. 2006(10)
[8]中國人群MEF2A基因與冠狀動脈疾病的易感性(英文)[J]. 袁洪,閭宏偉,胡靖,陳淑華,陽國平,黃志軍. 中南大學學報(醫(yī)學版). 2006(04)
[9]微衛(wèi)星DNA聚丙烯酰胺凝膠電泳(PAGE)銀染法的改良[J]. 張志峰,史洪才,武堅,簡子健. 生物技術. 2005(03)
[10]鳥類適應于飛翔的構造和機能[J]. 蔣維. 化石. 2004(04)
博士論文
[1]新生小鼠心肌再生機制的研究[D]. 王振華.北京協(xié)和醫(yī)學院 2013
碩士論文
[1]山羊MEF2基因家族的克隆及其組織表達規(guī)律的研究[D]. 程波.四川農(nóng)業(yè)大學 2012
[2]涼山半細毛羊Mef2A、Mef2C基因克隆與組織時空表達[D]. 吳忠海.四川農(nóng)業(yè)大學 2010
[3]鴨MEF2家族的克隆及組織表達研究[D]. 司建民.四川農(nóng)業(yè)大學 2009
[4]豬MEF2A基因的克隆及表達規(guī)律的研究[D]. 楊龍.東北農(nóng)業(yè)大學 2008
[5]豬骨骼肌衛(wèi)星細胞的培養(yǎng)、鑒定及豬MEF2B和MEF2C基因的初步研究[D]. 何波.華中農(nóng)業(yè)大學 2006
本文編號:3247712
【文章來源】:四川農(nóng)業(yè)大學四川省 211工程院校
【文章頁數(shù)】:60 頁
【學位級別】:碩士
【文章目錄】:
摘要
Abstract
引言
1 文獻綜述
1.1 肌肉發(fā)生和發(fā)育的調(diào)控因子
1.1.1 MRFs家族
1.1.2 MEF2家族
1.1.3 TGF-β家族
1.1.4 Pax家族
1.1.5 LIM蛋白
1.2 MEF2基因家族的結構和功能
1.2.1 MEF2基因的定位
1.2.2 MEF2的結構
1.2.3 MEF2基因的功能
1.2.4 MEF2基因的表達特性
1.3 MEF2基因家族的多態(tài)性研究
1.3.1 MEF2基因的SNP研究
1.3.2 MEF2的微衛(wèi)星多態(tài)研究
1.4 本研究的目的和意義
2 材料和方法
2.1 試驗材料
2.1.1 試驗動物
2.1.2 試劑和藥品
2.1.3 試驗儀器、設備
2.1.4 主要溶液、試劑的配制
2.2 試驗方法
2.2.1 取樣方法
2.2.2 總RNA的提取
2.2.3 RNA的檢測
2.2.4 RNA的反轉(zhuǎn)錄
2.2.5 總DNA的提取
2.2.6 DNA的檢測
2.2.7 克隆引物的設計
2.2.8 PCR擴增
2.2.9 DNA片段的克隆測序
2.2.10 多態(tài)位點的檢測
2.2.11 數(shù)據(jù)處理與統(tǒng)計分析
3 結果與分析
3.1 鴨MEF2D基因的克隆
3.1.1 總RNA提取效果檢測
3.1.2 鴨MEF2D基因的克隆、測序
3.2 鴨MEF2D基因CAG重復的鑒定
3.2.1 鑒定方法
3.2.2 鴨MEF2D基因CAG重復數(shù)的檢測
3.3 MEF2D基因CAG重復多態(tài)信息統(tǒng)計
3.3.1 不同基因型在兩個鴨群體中的分布
3.3.2 遺傳特性分析
3.4 MEF2D基因的結構、功能分析
3.4.1 MEF2D基因編碼蛋白的一級結構分析
3.4.2 MEF2D蛋白的理化性質(zhì)分析
3.4.3 MEF2D基因編碼蛋白的二級結構分析
3.4.4 MEF2D蛋白的疏水性分析
3.4.5 MEF2D蛋白的磷酸化位點分析
3.4.6 MEF2D蛋白糖基化位點分析
3.4.7 MEF2D基因編碼蛋白的亞細胞定位分析
3.4.8 MEF2D蛋白結構域分析
3.5 MEF2D基因的分子進化分析
3.5.1 MEF2D基因的同源性分析
3.5.2 基于MEF2D基因的分子進化樹構建
3.6 鴨MEF2D基因CAG重復多態(tài)性與屠宰性能相關性分析
4 討論
4.1 鴨MEF2D基因編碼區(qū)序列變異特點
4.2 鴨MEF2D編碼區(qū)微衛(wèi)星CAG位點存在多態(tài)性
4.3 鴨MEF2D編碼區(qū)微衛(wèi)星多態(tài)可能對胸肌重有貢獻
5 結果及結論
6 參考文獻
致謝
附錄
附錄1 鴨MEF2D基因氨基酸同源性比對(1)
附錄2 鴨MEF2D基因氨基酸同源性比對(2)
附錄3 參與的科研項目與發(fā)表的論文
【參考文獻】:
期刊論文
[1]TGF-β/Myostatin在骨骼肌再生與纖維化中的作用[J]. 王榮國,肖誠,王云亭. 中國中醫(yī)基礎醫(yī)學雜志. 2012(05)
[2]斑馬魚心臟再生的研究[J]. 孫彬,馬鵬程,陳桂來,王祥川,李云. 生命的化學. 2011(02)
[3]MEF2A與肝星狀細胞活化的關系研究[J]. 李善高,劉軍,胡華軍,呂賓,孟立娜,蔡利軍. 中國病理生理雜志. 2010(02)
[4]優(yōu)質(zhì)雞MEF2A基因的SNPs檢測及其與屠體性狀的相關研究[J]. 周艷,劉益平,蔣小松,杜華銳,朱慶. 畜牧獸醫(yī)學報. 2009(08)
[5]多重熒光PCR-毛細管電泳進行微衛(wèi)星不穩(wěn)定性分析中的常見問題[J]. 潘菲,宋坤,盛弘強,來茂德. 臨床與實驗病理學雜志. 2008(05)
[6]肌肉發(fā)生相關基因的網(wǎng)絡調(diào)控研究[J]. 張宇,李海,孔建銘,韓登橋,連正興. 黑龍江畜牧獸醫(yī). 2007(10)
[7]MEF2A基因CAG三聯(lián)核苷酸重復序列與冠狀動脈粥樣硬化性心臟病的相關研究[J]. 戴大鵬,何青,周曉陽,肖堯,張志欣,錢貽簡,蔡劍平. 中華老年心腦血管病雜志. 2006(10)
[8]中國人群MEF2A基因與冠狀動脈疾病的易感性(英文)[J]. 袁洪,閭宏偉,胡靖,陳淑華,陽國平,黃志軍. 中南大學學報(醫(yī)學版). 2006(04)
[9]微衛(wèi)星DNA聚丙烯酰胺凝膠電泳(PAGE)銀染法的改良[J]. 張志峰,史洪才,武堅,簡子健. 生物技術. 2005(03)
[10]鳥類適應于飛翔的構造和機能[J]. 蔣維. 化石. 2004(04)
博士論文
[1]新生小鼠心肌再生機制的研究[D]. 王振華.北京協(xié)和醫(yī)學院 2013
碩士論文
[1]山羊MEF2基因家族的克隆及其組織表達規(guī)律的研究[D]. 程波.四川農(nóng)業(yè)大學 2012
[2]涼山半細毛羊Mef2A、Mef2C基因克隆與組織時空表達[D]. 吳忠海.四川農(nóng)業(yè)大學 2010
[3]鴨MEF2家族的克隆及組織表達研究[D]. 司建民.四川農(nóng)業(yè)大學 2009
[4]豬MEF2A基因的克隆及表達規(guī)律的研究[D]. 楊龍.東北農(nóng)業(yè)大學 2008
[5]豬骨骼肌衛(wèi)星細胞的培養(yǎng)、鑒定及豬MEF2B和MEF2C基因的初步研究[D]. 何波.華中農(nóng)業(yè)大學 2006
本文編號:3247712
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