鴨MEF2D基因編碼區(qū)克隆及其微衛(wèi)星多態(tài)與屠宰性能的關(guān)聯(lián)分析
發(fā)布時(shí)間:2021-06-24 19:40
肌細(xì)胞增強(qiáng)因子2 (Myocyte enhancer factor2, MEF2)是轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)因子MADS-box家族成員之一。在脊椎動(dòng)物中該基因家族有4個(gè)成員:MEF2A、 MEF2B、MEF2C和MEF2D。MEF2家族基因在動(dòng)物機(jī)體組織中分布廣泛,目前在心肌細(xì)胞、骨骼肌細(xì)胞以及神經(jīng)細(xì)胞中均可檢測(cè)到MEF2家族成員的表達(dá),在肌肉組織發(fā)生、發(fā)育和再生調(diào)控中扮演重要角色。MEF2D基因作為MEF2家族成員之一,已證明了其對(duì)心臟、骨骼肌和神經(jīng)元的形成和發(fā)育都具有重要的生理作用。本課題組前期研究發(fā)現(xiàn)鴨MEF2D基因第9外顯子區(qū)域存在一個(gè)以CAG為重復(fù)的微衛(wèi)星序列。本研究擬采用分子克隆技術(shù)獲得鴨MEF2D基因編碼區(qū)全序列,進(jìn)一步鑒定CAG重復(fù)序列是否存在多態(tài)性,以及分析該微衛(wèi)星位點(diǎn)的多態(tài)性對(duì)北京鴨和建昌鴨屠宰性狀的可能影響。主要研究結(jié)果如下:(1)克隆獲得了鴨MEF2D基因編碼區(qū)全序列,該序列全長(zhǎng)1578bp,可編碼525個(gè)氨基酸殘基,分子式為C2471H3954N732O809S13,分子量為57277.7Da。獲得的鴨MEF2D基因含有MADS-box區(qū)域和MEF2結(jié)構(gòu)域特征,其中MADS...
【文章來(lái)源】:四川農(nóng)業(yè)大學(xué)四川省 211工程院校
【文章頁(yè)數(shù)】:60 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【文章目錄】:
摘要
Abstract
引言
1 文獻(xiàn)綜述
1.1 肌肉發(fā)生和發(fā)育的調(diào)控因子
1.1.1 MRFs家族
1.1.2 MEF2家族
1.1.3 TGF-β家族
1.1.4 Pax家族
1.1.5 LIM蛋白
1.2 MEF2基因家族的結(jié)構(gòu)和功能
1.2.1 MEF2基因的定位
1.2.2 MEF2的結(jié)構(gòu)
1.2.3 MEF2基因的功能
1.2.4 MEF2基因的表達(dá)特性
1.3 MEF2基因家族的多態(tài)性研究
1.3.1 MEF2基因的SNP研究
1.3.2 MEF2的微衛(wèi)星多態(tài)研究
1.4 本研究的目的和意義
2 材料和方法
2.1 試驗(yàn)材料
2.1.1 試驗(yàn)動(dòng)物
2.1.2 試劑和藥品
2.1.3 試驗(yàn)儀器、設(shè)備
2.1.4 主要溶液、試劑的配制
2.2 試驗(yàn)方法
2.2.1 取樣方法
2.2.2 總RNA的提取
2.2.3 RNA的檢測(cè)
2.2.4 RNA的反轉(zhuǎn)錄
2.2.5 總DNA的提取
2.2.6 DNA的檢測(cè)
2.2.7 克隆引物的設(shè)計(jì)
2.2.8 PCR擴(kuò)增
2.2.9 DNA片段的克隆測(cè)序
2.2.10 多態(tài)位點(diǎn)的檢測(cè)
2.2.11 數(shù)據(jù)處理與統(tǒng)計(jì)分析
3 結(jié)果與分析
3.1 鴨MEF2D基因的克隆
3.1.1 總RNA提取效果檢測(cè)
3.1.2 鴨MEF2D基因的克隆、測(cè)序
3.2 鴨MEF2D基因CAG重復(fù)的鑒定
3.2.1 鑒定方法
3.2.2 鴨MEF2D基因CAG重復(fù)數(shù)的檢測(cè)
3.3 MEF2D基因CAG重復(fù)多態(tài)信息統(tǒng)計(jì)
3.3.1 不同基因型在兩個(gè)鴨群體中的分布
3.3.2 遺傳特性分析
3.4 MEF2D基因的結(jié)構(gòu)、功能分析
3.4.1 MEF2D基因編碼蛋白的一級(jí)結(jié)構(gòu)分析
3.4.2 MEF2D蛋白的理化性質(zhì)分析
3.4.3 MEF2D基因編碼蛋白的二級(jí)結(jié)構(gòu)分析
3.4.4 MEF2D蛋白的疏水性分析
3.4.5 MEF2D蛋白的磷酸化位點(diǎn)分析
3.4.6 MEF2D蛋白糖基化位點(diǎn)分析
3.4.7 MEF2D基因編碼蛋白的亞細(xì)胞定位分析
3.4.8 MEF2D蛋白結(jié)構(gòu)域分析
3.5 MEF2D基因的分子進(jìn)化分析
3.5.1 MEF2D基因的同源性分析
3.5.2 基于MEF2D基因的分子進(jìn)化樹(shù)構(gòu)建
3.6 鴨MEF2D基因CAG重復(fù)多態(tài)性與屠宰性能相關(guān)性分析
4 討論
4.1 鴨MEF2D基因編碼區(qū)序列變異特點(diǎn)
4.2 鴨MEF2D編碼區(qū)微衛(wèi)星CAG位點(diǎn)存在多態(tài)性
4.3 鴨MEF2D編碼區(qū)微衛(wèi)星多態(tài)可能對(duì)胸肌重有貢獻(xiàn)
5 結(jié)果及結(jié)論
6 參考文獻(xiàn)
致謝
附錄
附錄1 鴨MEF2D基因氨基酸同源性比對(duì)(1)
附錄2 鴨MEF2D基因氨基酸同源性比對(duì)(2)
附錄3 參與的科研項(xiàng)目與發(fā)表的論文
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]TGF-β/Myostatin在骨骼肌再生與纖維化中的作用[J]. 王榮國(guó),肖誠(chéng),王云亭. 中國(guó)中醫(yī)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)雜志. 2012(05)
[2]斑馬魚(yú)心臟再生的研究[J]. 孫彬,馬鵬程,陳桂來(lái),王祥川,李云. 生命的化學(xué). 2011(02)
[3]MEF2A與肝星狀細(xì)胞活化的關(guān)系研究[J]. 李善高,劉軍,胡華軍,呂賓,孟立娜,蔡利軍. 中國(guó)病理生理雜志. 2010(02)
[4]優(yōu)質(zhì)雞MEF2A基因的SNPs檢測(cè)及其與屠體性狀的相關(guān)研究[J]. 周艷,劉益平,蔣小松,杜華銳,朱慶. 畜牧獸醫(yī)學(xué)報(bào). 2009(08)
[5]多重?zé)晒釶CR-毛細(xì)管電泳進(jìn)行微衛(wèi)星不穩(wěn)定性分析中的常見(jiàn)問(wèn)題[J]. 潘菲,宋坤,盛弘強(qiáng),來(lái)茂德. 臨床與實(shí)驗(yàn)病理學(xué)雜志. 2008(05)
[6]肌肉發(fā)生相關(guān)基因的網(wǎng)絡(luò)調(diào)控研究[J]. 張宇,李海,孔建銘,韓登橋,連正興. 黑龍江畜牧獸醫(yī). 2007(10)
[7]MEF2A基因CAG三聯(lián)核苷酸重復(fù)序列與冠狀動(dòng)脈粥樣硬化性心臟病的相關(guān)研究[J]. 戴大鵬,何青,周曉陽(yáng),肖堯,張志欣,錢(qián)貽簡(jiǎn),蔡劍平. 中華老年心腦血管病雜志. 2006(10)
[8]中國(guó)人群MEF2A基因與冠狀動(dòng)脈疾病的易感性(英文)[J]. 袁洪,閭宏偉,胡靖,陳淑華,陽(yáng)國(guó)平,黃志軍. 中南大學(xué)學(xué)報(bào)(醫(yī)學(xué)版). 2006(04)
[9]微衛(wèi)星DNA聚丙烯酰胺凝膠電泳(PAGE)銀染法的改良[J]. 張志峰,史洪才,武堅(jiān),簡(jiǎn)子健. 生物技術(shù). 2005(03)
[10]鳥(niǎo)類(lèi)適應(yīng)于飛翔的構(gòu)造和機(jī)能[J]. 蔣維. 化石. 2004(04)
博士論文
[1]新生小鼠心肌再生機(jī)制的研究[D]. 王振華.北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院 2013
碩士論文
[1]山羊MEF2基因家族的克隆及其組織表達(dá)規(guī)律的研究[D]. 程波.四川農(nóng)業(yè)大學(xué) 2012
[2]涼山半細(xì)毛羊Mef2A、Mef2C基因克隆與組織時(shí)空表達(dá)[D]. 吳忠海.四川農(nóng)業(yè)大學(xué) 2010
[3]鴨MEF2家族的克隆及組織表達(dá)研究[D]. 司建民.四川農(nóng)業(yè)大學(xué) 2009
[4]豬MEF2A基因的克隆及表達(dá)規(guī)律的研究[D]. 楊龍.東北農(nóng)業(yè)大學(xué) 2008
[5]豬骨骼肌衛(wèi)星細(xì)胞的培養(yǎng)、鑒定及豬MEF2B和MEF2C基因的初步研究[D]. 何波.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2006
本文編號(hào):3247712
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【文章頁(yè)數(shù)】:60 頁(yè)
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【文章目錄】:
摘要
Abstract
引言
1 文獻(xiàn)綜述
1.1 肌肉發(fā)生和發(fā)育的調(diào)控因子
1.1.1 MRFs家族
1.1.2 MEF2家族
1.1.3 TGF-β家族
1.1.4 Pax家族
1.1.5 LIM蛋白
1.2 MEF2基因家族的結(jié)構(gòu)和功能
1.2.1 MEF2基因的定位
1.2.2 MEF2的結(jié)構(gòu)
1.2.3 MEF2基因的功能
1.2.4 MEF2基因的表達(dá)特性
1.3 MEF2基因家族的多態(tài)性研究
1.3.1 MEF2基因的SNP研究
1.3.2 MEF2的微衛(wèi)星多態(tài)研究
1.4 本研究的目的和意義
2 材料和方法
2.1 試驗(yàn)材料
2.1.1 試驗(yàn)動(dòng)物
2.1.2 試劑和藥品
2.1.3 試驗(yàn)儀器、設(shè)備
2.1.4 主要溶液、試劑的配制
2.2 試驗(yàn)方法
2.2.1 取樣方法
2.2.2 總RNA的提取
2.2.3 RNA的檢測(cè)
2.2.4 RNA的反轉(zhuǎn)錄
2.2.5 總DNA的提取
2.2.6 DNA的檢測(cè)
2.2.7 克隆引物的設(shè)計(jì)
2.2.8 PCR擴(kuò)增
2.2.9 DNA片段的克隆測(cè)序
2.2.10 多態(tài)位點(diǎn)的檢測(cè)
2.2.11 數(shù)據(jù)處理與統(tǒng)計(jì)分析
3 結(jié)果與分析
3.1 鴨MEF2D基因的克隆
3.1.1 總RNA提取效果檢測(cè)
3.1.2 鴨MEF2D基因的克隆、測(cè)序
3.2 鴨MEF2D基因CAG重復(fù)的鑒定
3.2.1 鑒定方法
3.2.2 鴨MEF2D基因CAG重復(fù)數(shù)的檢測(cè)
3.3 MEF2D基因CAG重復(fù)多態(tài)信息統(tǒng)計(jì)
3.3.1 不同基因型在兩個(gè)鴨群體中的分布
3.3.2 遺傳特性分析
3.4 MEF2D基因的結(jié)構(gòu)、功能分析
3.4.1 MEF2D基因編碼蛋白的一級(jí)結(jié)構(gòu)分析
3.4.2 MEF2D蛋白的理化性質(zhì)分析
3.4.3 MEF2D基因編碼蛋白的二級(jí)結(jié)構(gòu)分析
3.4.4 MEF2D蛋白的疏水性分析
3.4.5 MEF2D蛋白的磷酸化位點(diǎn)分析
3.4.6 MEF2D蛋白糖基化位點(diǎn)分析
3.4.7 MEF2D基因編碼蛋白的亞細(xì)胞定位分析
3.4.8 MEF2D蛋白結(jié)構(gòu)域分析
3.5 MEF2D基因的分子進(jìn)化分析
3.5.1 MEF2D基因的同源性分析
3.5.2 基于MEF2D基因的分子進(jìn)化樹(shù)構(gòu)建
3.6 鴨MEF2D基因CAG重復(fù)多態(tài)性與屠宰性能相關(guān)性分析
4 討論
4.1 鴨MEF2D基因編碼區(qū)序列變異特點(diǎn)
4.2 鴨MEF2D編碼區(qū)微衛(wèi)星CAG位點(diǎn)存在多態(tài)性
4.3 鴨MEF2D編碼區(qū)微衛(wèi)星多態(tài)可能對(duì)胸肌重有貢獻(xiàn)
5 結(jié)果及結(jié)論
6 參考文獻(xiàn)
致謝
附錄
附錄1 鴨MEF2D基因氨基酸同源性比對(duì)(1)
附錄2 鴨MEF2D基因氨基酸同源性比對(duì)(2)
附錄3 參與的科研項(xiàng)目與發(fā)表的論文
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]TGF-β/Myostatin在骨骼肌再生與纖維化中的作用[J]. 王榮國(guó),肖誠(chéng),王云亭. 中國(guó)中醫(yī)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)雜志. 2012(05)
[2]斑馬魚(yú)心臟再生的研究[J]. 孫彬,馬鵬程,陳桂來(lái),王祥川,李云. 生命的化學(xué). 2011(02)
[3]MEF2A與肝星狀細(xì)胞活化的關(guān)系研究[J]. 李善高,劉軍,胡華軍,呂賓,孟立娜,蔡利軍. 中國(guó)病理生理雜志. 2010(02)
[4]優(yōu)質(zhì)雞MEF2A基因的SNPs檢測(cè)及其與屠體性狀的相關(guān)研究[J]. 周艷,劉益平,蔣小松,杜華銳,朱慶. 畜牧獸醫(yī)學(xué)報(bào). 2009(08)
[5]多重?zé)晒釶CR-毛細(xì)管電泳進(jìn)行微衛(wèi)星不穩(wěn)定性分析中的常見(jiàn)問(wèn)題[J]. 潘菲,宋坤,盛弘強(qiáng),來(lái)茂德. 臨床與實(shí)驗(yàn)病理學(xué)雜志. 2008(05)
[6]肌肉發(fā)生相關(guān)基因的網(wǎng)絡(luò)調(diào)控研究[J]. 張宇,李海,孔建銘,韓登橋,連正興. 黑龍江畜牧獸醫(yī). 2007(10)
[7]MEF2A基因CAG三聯(lián)核苷酸重復(fù)序列與冠狀動(dòng)脈粥樣硬化性心臟病的相關(guān)研究[J]. 戴大鵬,何青,周曉陽(yáng),肖堯,張志欣,錢(qián)貽簡(jiǎn),蔡劍平. 中華老年心腦血管病雜志. 2006(10)
[8]中國(guó)人群MEF2A基因與冠狀動(dòng)脈疾病的易感性(英文)[J]. 袁洪,閭宏偉,胡靖,陳淑華,陽(yáng)國(guó)平,黃志軍. 中南大學(xué)學(xué)報(bào)(醫(yī)學(xué)版). 2006(04)
[9]微衛(wèi)星DNA聚丙烯酰胺凝膠電泳(PAGE)銀染法的改良[J]. 張志峰,史洪才,武堅(jiān),簡(jiǎn)子健. 生物技術(shù). 2005(03)
[10]鳥(niǎo)類(lèi)適應(yīng)于飛翔的構(gòu)造和機(jī)能[J]. 蔣維. 化石. 2004(04)
博士論文
[1]新生小鼠心肌再生機(jī)制的研究[D]. 王振華.北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院 2013
碩士論文
[1]山羊MEF2基因家族的克隆及其組織表達(dá)規(guī)律的研究[D]. 程波.四川農(nóng)業(yè)大學(xué) 2012
[2]涼山半細(xì)毛羊Mef2A、Mef2C基因克隆與組織時(shí)空表達(dá)[D]. 吳忠海.四川農(nóng)業(yè)大學(xué) 2010
[3]鴨MEF2家族的克隆及組織表達(dá)研究[D]. 司建民.四川農(nóng)業(yè)大學(xué) 2009
[4]豬MEF2A基因的克隆及表達(dá)規(guī)律的研究[D]. 楊龍.東北農(nóng)業(yè)大學(xué) 2008
[5]豬骨骼肌衛(wèi)星細(xì)胞的培養(yǎng)、鑒定及豬MEF2B和MEF2C基因的初步研究[D]. 何波.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2006
本文編號(hào):3247712
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