發(fā)布時間：2017-04-24 05:02

  本文關(guān)鍵詞：豬飼料效率分化選擇與全基因組關(guān)聯(lián)分析，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：飼料效率是養(yǎng)豬生產(chǎn)中的一個重要經(jīng)濟性狀,因此一直是豬育種工作的重點內(nèi)容之一。生產(chǎn)中通常采用飼料轉(zhuǎn)化率(FCR)即料重比或者重料比來評價豬的飼料效率。由于FCR是一個比值性狀,受采食量和增重兩種因素影響,遺傳力不穩(wěn)定,不適于在育種過程中作為直接選擇性狀,但可以作為目標(biāo)性狀來反應(yīng)不同群體的飼料效率。近十年來,歐美許多大型企業(yè)用剩余采食量(Residual feed intake,RFI)作為選擇性狀來選擇提高家畜的飼料效率,而且在整個育種方案中RFI所占權(quán)重最大。剩余采食量的定義是指動物實際采食量與估計采食量之差,RFI值高的豬,其飼料效率低;RFI值低的豬,其飼料效率高。RFI能夠反應(yīng)不同豬只維持需要的差異,維持需要是造成豬飼料效率差異的重要原因,而且RFI與日增重(ADG)和背膘厚(BF)的遺傳相關(guān)性低,通過選擇RFI能夠選出飼料效率高的個體。本研究從2013年開始在軍牧1號白豬育種核心群中進(jìn)行了飼料效率的高低分化選擇,并選擇飼料效率高低極端差異個體進(jìn)行全基因組關(guān)聯(lián)分析,以期找到與飼料效率緊密相關(guān)的SNP集合,為豬的早期選擇提供基礎(chǔ);同時分析與飼料效率相關(guān)的主要代謝通路,也可加深對飼料效率遺傳基礎(chǔ)的理解。本研究在軍牧1號白豬核心群中連續(xù)選擇三個世代,共測定后備豬(40Kg~110Kg)574頭,其中后備公豬222頭,測定了RFI、平均日采食量(ADFI)、ADG、FCR和BF(110Kg)等性狀,分別計算RFI、ADG和BF單性狀育種值。然后以RFI為主選性狀,以ADG和BF為約束性狀,根據(jù)綜合選擇指數(shù)I=-0.7EBVRFI+0.2EBVADG-0.1EBVBF,將群體分為兩組(H-RFI組和L-RFI組),連續(xù)進(jìn)行3個世代(G0、G1和G2)的雙向選擇,得到了高、低飼料效率差異顯著的兩個分化群體。從3個世代群體中我們選擇飼料效率差異極端的個體101頭,進(jìn)行Illumina Porcine SNP60 K全基因組SNP芯片檢測�；蚍中秃�,采用PLINK軟件對RFI、ADFI、ADG、BF和FCR進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析。然后對在差異顯著水平以上的顯著性SNP位點1M范圍的基因進(jìn)行通路分析。實驗結(jié)果:1.完成了軍牧1號白豬3個世代群體的飼料效率分化選擇,高、低群體的RFI分別是0.051±0.180 kg/d,-0.059±0.224kg/d,遺傳力h2=0.15;ADG分別為0.855±0.159 kg/d、0.895±0.157kg/d,遺傳力h2=0.22;BF分別為18.82±3.456 mm、20.6±3.071mm,遺傳力h2=0.28;ADFI分別為2.645±0.239 kg/d、2.655±0.313kg/d;FCR分別為3.14±0.66、3.03±0.653。H-RFI組的RFI、ADG、BF、ADFI、FCR比L-RFI組高0.55、-0.32、-1.262、2.585、0.118個標(biāo)準(zhǔn)差。RFI與ADFI、ADG、BF的遺傳相關(guān)分別為0.363、0.074、-0.083,ADG與BF的遺傳相關(guān)為0.011。2.對101頭綜合指數(shù)極端差異個體進(jìn)行全基因組關(guān)聯(lián)分析,經(jīng)過質(zhì)檢得到的49,375個SNP基因型數(shù)據(jù),然后通過RFI、ADFI、ADG、BF和FCR與SNP基因型的關(guān)聯(lián)分析發(fā)現(xiàn):與RFI顯著相關(guān)(p0.00001)的位點共22個,主要集中于2、5、13、15號染色體;與ADFI顯著相關(guān)(p0.00005)的位點共18個,主要集中在1、2、7號染色體;與ADG顯著相關(guān)(p0.00074)的位點共32個,主要集中8、12、15、16號染色體;與BF顯著相關(guān)(p0.0000001)的位點共23個,集中于2、13、18號染色體;與FCR顯著相關(guān)(p0.0000001)的位點共19個,集中于1、4、11、13號染色體。3.對上述顯著SNPs在NCBI Sus scrofa、Animal Genome Database、Ensembl、GEO、KEGG等數(shù)據(jù)庫中進(jìn)行比對分析,并對SNPs進(jìn)行定位,選擇其上下游1M范圍內(nèi)的基因作為各性狀的主要候選基因。再在DAVID、GO和KEGG等數(shù)據(jù)庫對候選基因進(jìn)行通路分析,發(fā)現(xiàn)與RFI相關(guān)的候選基因主要參與神經(jīng)活性的配體-受體相互作用通路;與ADFI相關(guān)的候選基因主要參與血管平滑肌收縮通路;與ADG相關(guān)的候選基因主要參與線粒體生物合成相關(guān)通路;與BF相關(guān)的候選基因主要參與Toll樣受體信號通路;與FCR相關(guān)的候選基因主要參與SKI家族基因轉(zhuǎn)錄調(diào)控通路。結(jié)論:剩余采食量是一個有效的飼料效率選擇性狀,選育出了飼料效率高低差異顯著的分化群體。確定了與飼料效率顯著相關(guān)的114個SNP,可用于組合低密度基因芯片;初步判斷神經(jīng)活性的配體-受體相互作用通路、血管平滑肌收縮通路、線粒體生物合成相關(guān)通路、Toll樣受體信號通路、SKI家族基因轉(zhuǎn)錄調(diào)控通路與豬的飼料效率存在相關(guān)。
【關(guān)鍵詞】：豬 飼料效率 剩余采食量 全基因組關(guān)聯(lián)分析
【學(xué)位授予單位】：吉林大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類號】：S828
【目錄】：

• 摘要4-7
• Abstract7-12
• 中英文對照表12-13
• 緒論13-15
• 第一篇 文獻(xiàn)綜述15-29
• 第一章 提高豬飼料效率的研究進(jìn)展15-24
• 1. 衡量豬飼料效率的不同指標(biāo)15-17
• 2. 豬飼料效率的影響因素17-21
• 3. 提高豬飼料效率的措施21-24
• 第二章 全基因組關(guān)聯(lián)分析在豬育種中的研究進(jìn)展24-29
• 1. 豬育種現(xiàn)狀24-25
• 2. 全基因組關(guān)聯(lián)分析的發(fā)展及其應(yīng)用25-29
• 第二篇 研究內(nèi)容29-55
• 第一章 豬飼料效率高低分化選擇29-39
• 1. 材料和方法29-31
• 2. 實驗結(jié)果31-36
• 3. 討論36-38
• 4. 小結(jié)38-39
• 第二章 飼料效率相關(guān)性狀的全基因組關(guān)聯(lián)分析39-55
• 1. 材料與方法39-41
• 2. 實驗結(jié)果41-53
• 3. 討論53-54
• 4. 小結(jié)54-55
• 結(jié)論55-56
• 參考文獻(xiàn)56-64
• 導(dǎo)師簡介64-65
• 作者簡介65-66
• 致謝66

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  本文關(guān)鍵詞：豬飼料效率分化選擇與全基因組關(guān)聯(lián)分析，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

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本文編號：323588