NDV、IBV和ILTV診斷基因芯片的構(gòu)建及初步應(yīng)用
發(fā)布時間:2021-06-14 03:18
雞新城疫(Newcastle disease, ND)、傳染性支氣管炎(Infectious bronchitis,IB)和傳染性喉氣管炎(Infectious laryngotracheitis, ILT)是危害養(yǎng)禽業(yè)的主要呼吸道疫病。生產(chǎn)中臨床癥狀的相似性,使其檢測成為一個難題,快速聯(lián)合共檢新城疫、傳染性支氣管炎和傳染性喉氣管炎方法的建立具有重要意義。本研究以NDV、 IBV和ILTV為研究對象,構(gòu)建了一套禽呼吸道疫病共檢基因芯片,該芯片用于對NDV、IBV和ILTV的快速臨床檢測。本研究主要完成工作如下:1.探針質(zhì)粒菌的克隆及鑒定本試驗(yàn)制備了3種病毒的6個探針質(zhì)粒菌。試驗(yàn)針對NDV、IBV、ILTV基因組進(jìn)行比對分析后,分別選取NDV、IBV、ILTV的2個保守基因,共設(shè)計了6對探針基因引物。試驗(yàn)以NDV LaSota株、IBV H120株和ILTV標(biāo)準(zhǔn)株為材料,用RNA/DNA試劑盒抽提病毒RNA和DNA,以反轉(zhuǎn)錄后的cDNA和DNA為模板,PCR擴(kuò)增獲得6個探針基因,分別為NDV-F (440 bp)、NDV-HN (465 bp)、IBV-M (368 bp)、IBV-N ...
【文章來源】:四川農(nóng)業(yè)大學(xué)四川省 211工程院校
【文章頁數(shù)】:86 頁
【學(xué)位級別】:碩士
【部分圖文】:
圖3-2基因芯片點(diǎn)樣設(shè)置??Fig.?3-2?The?design?of?DNA?microarray?spotting??2.?3.?3點(diǎn)樣后處理??
基基片對高溫幾乎不敏感,最終選擇使用氨基基片作為本試驗(yàn)的基因芯、片基片。??本試驗(yàn)基因芯片基片選玻璃基片,所用載玻片為氨基修飾的英光惰性的光學(xué)級??載玻片,合格基片和不合格基片的掃描圖像見圖3-5;蛐酒c(diǎn)制結(jié)束后都需要??進(jìn)行抽檢掃描,確保沒有漏點(diǎn)。??圖3-5合格和不合格基片的掃描圍像??Fig.3-5?Qualified?and?unqualified?scanning?images??42??
氨基基片和醒基基片的點(diǎn)樣液均不能使用含有游離氨基的緩沖液(如Tris),這會抑??制DNA與基片表面氨基基團(tuán)的結(jié)合。??不同點(diǎn)樣緩沖液在點(diǎn)樣后掃描的結(jié)果見圖3-6。選用3?X?SSC點(diǎn)樣肘,提取到的??信號標(biāo)準(zhǔn)差、背景標(biāo)準(zhǔn)差分別為662.3、552.3,而選用BaiO⑥點(diǎn)樣液點(diǎn)樣時,提取??到的信號標(biāo)準(zhǔn)差、背景標(biāo)準(zhǔn)差分別為321.1、66.6。??Rowl;?3xSSC;??Row?2;?BaiO??printing?buffer??圖3-6不同點(diǎn)樣液點(diǎn)樣的形態(tài)比較??Fig.3-6?The?spot?morphology?of?differ^ent?printing?buffer??結(jié)果表明,選。常兀樱樱米鳛辄c(diǎn)樣緩沖液點(diǎn)樣時,樣點(diǎn)面積比較大,邊緣不規(guī)??貝IJ;選。拢幔椋?點(diǎn)樣緩沖液點(diǎn)樣時,樣點(diǎn)面積比較小、形狀均一規(guī)則,而且各參數(shù)??比較理想。因此,最終確定選取BaiO⑥點(diǎn)樣緩沖液作為點(diǎn)樣緩沖液。??3.3.3不同點(diǎn)樣濕度的選擇??在4個不同的點(diǎn)樣濕度(50%、60%、70%、80%)條件下分別進(jìn)行點(diǎn)樣,80??°C烘干后進(jìn)行掃描,W確定不同的點(diǎn)樣濕度對樣點(diǎn)的影響,??不同濕度下點(diǎn)樣的形態(tài)掃描圖像見圖3-7。由團(tuán)可見,在50%濕度W下點(diǎn)樣時,??樣點(diǎn)容易出現(xiàn)點(diǎn)濃縮的現(xiàn)象
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]雞傳染性支氣管炎病毒RT-PCR檢測方法的建立[J]. 程曉霞,王劭,朱小麗,陳仕龍,林鋒強(qiáng),陳少鶯. 中國農(nóng)學(xué)通報. 2009(05)
[2]禽流感病毒等RNA病毒鑒別基因芯片的制備[J]. 田麗娜,王秀榮,楊忠蘋,石霖,陶啟蒙,包紅梅,李雁冰,陳化蘭. 中國獸醫(yī)科學(xué). 2008(08)
[3]雞傳染性喉氣管炎病毒PCR診斷方法的建立與研究[J]. 孔意端,陳峰,廖理克,梁偉芳,顧節(jié)清. 中國畜牧獸醫(yī). 2008(01)
[4]核酸探針檢測雞傳染性支氣管炎病毒方法的建立及應(yīng)用[J]. 莫勝蘭,劉惠莉,陸承平. 中國獸醫(yī)學(xué)報. 2007(02)
[5]基因芯片掃描中PM T信號增益與信噪比[J]. 徐景升,周會,賈錫偉,鄒志華,王藝?yán)?張木清,陳如凱. 福建農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報. 2005(04)
[6]一種新的基因芯片檢測熒光標(biāo)記技術(shù):通用引物U2聯(lián)合標(biāo)記法[J]. 徐秋林,馬文麗,李凌,石嶸,鄭文嶺. 第一軍醫(yī)大學(xué)學(xué)報. 2005(03)
[7]口蹄疫等5種動物病毒基因芯片檢測技術(shù)的研究[J]. 楊素,花群義,徐自忠,楊晶焰,譚德勇,董俊,楊云慶,賴建華. 微生物學(xué)報. 2004(04)
[8]多重聚合酶鏈反應(yīng)快速檢測鑒別雞毒支原體強(qiáng)毒株和弱毒疫苗株的研究[J]. 謝芝勛,鄧顯文,謝志勤,龐耀珊,唐小飛,廖敏,劉加波,何競銘. 中國預(yù)防獸醫(yī)學(xué)報. 2003(06)
[9]兩種限制性標(biāo)記方法提高基因芯片雜交結(jié)果的信噪比[J]. 石嶸,馬文麗,宋艷斌,李凌,劉翠華,鄭文嶺. 第一軍醫(yī)大學(xué)學(xué)報. 2003(02)
[10]應(yīng)用逆轉(zhuǎn)錄套式PCR檢測新城疫病毒核酸[J]. 黃庚明,辛朝安. 中國預(yù)防獸醫(yī)學(xué)報. 2001(04)
博士論文
[1]水禽重要疫病的多重PCR與基因芯片檢測技術(shù)研究[D]. 鮮思美.四川農(nóng)業(yè)大學(xué) 2009
[2]偽狂犬病病毒、豬細(xì)小病毒和流行性乙型腦炎病毒檢測基因芯片的構(gòu)建及檢測技術(shù)研究[D]. 張煥容.四川農(nóng)業(yè)大學(xué) 2005
碩士論文
[1]雞傳染性喉氣管炎病毒的分離鑒定與PCR檢測方法的建立[D]. 張明偉.河南農(nóng)業(yè)大學(xué) 2009
本文編號:3228952
【文章來源】:四川農(nóng)業(yè)大學(xué)四川省 211工程院校
【文章頁數(shù)】:86 頁
【學(xué)位級別】:碩士
【部分圖文】:
圖3-2基因芯片點(diǎn)樣設(shè)置??Fig.?3-2?The?design?of?DNA?microarray?spotting??2.?3.?3點(diǎn)樣后處理??
基基片對高溫幾乎不敏感,最終選擇使用氨基基片作為本試驗(yàn)的基因芯、片基片。??本試驗(yàn)基因芯片基片選玻璃基片,所用載玻片為氨基修飾的英光惰性的光學(xué)級??載玻片,合格基片和不合格基片的掃描圖像見圖3-5;蛐酒c(diǎn)制結(jié)束后都需要??進(jìn)行抽檢掃描,確保沒有漏點(diǎn)。??圖3-5合格和不合格基片的掃描圍像??Fig.3-5?Qualified?and?unqualified?scanning?images??42??
氨基基片和醒基基片的點(diǎn)樣液均不能使用含有游離氨基的緩沖液(如Tris),這會抑??制DNA與基片表面氨基基團(tuán)的結(jié)合。??不同點(diǎn)樣緩沖液在點(diǎn)樣后掃描的結(jié)果見圖3-6。選用3?X?SSC點(diǎn)樣肘,提取到的??信號標(biāo)準(zhǔn)差、背景標(biāo)準(zhǔn)差分別為662.3、552.3,而選用BaiO⑥點(diǎn)樣液點(diǎn)樣時,提取??到的信號標(biāo)準(zhǔn)差、背景標(biāo)準(zhǔn)差分別為321.1、66.6。??Rowl;?3xSSC;??Row?2;?BaiO??printing?buffer??圖3-6不同點(diǎn)樣液點(diǎn)樣的形態(tài)比較??Fig.3-6?The?spot?morphology?of?differ^ent?printing?buffer??結(jié)果表明,選。常兀樱樱米鳛辄c(diǎn)樣緩沖液點(diǎn)樣時,樣點(diǎn)面積比較大,邊緣不規(guī)??貝IJ;選。拢幔椋?點(diǎn)樣緩沖液點(diǎn)樣時,樣點(diǎn)面積比較小、形狀均一規(guī)則,而且各參數(shù)??比較理想。因此,最終確定選取BaiO⑥點(diǎn)樣緩沖液作為點(diǎn)樣緩沖液。??3.3.3不同點(diǎn)樣濕度的選擇??在4個不同的點(diǎn)樣濕度(50%、60%、70%、80%)條件下分別進(jìn)行點(diǎn)樣,80??°C烘干后進(jìn)行掃描,W確定不同的點(diǎn)樣濕度對樣點(diǎn)的影響,??不同濕度下點(diǎn)樣的形態(tài)掃描圖像見圖3-7。由團(tuán)可見,在50%濕度W下點(diǎn)樣時,??樣點(diǎn)容易出現(xiàn)點(diǎn)濃縮的現(xiàn)象
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]雞傳染性支氣管炎病毒RT-PCR檢測方法的建立[J]. 程曉霞,王劭,朱小麗,陳仕龍,林鋒強(qiáng),陳少鶯. 中國農(nóng)學(xué)通報. 2009(05)
[2]禽流感病毒等RNA病毒鑒別基因芯片的制備[J]. 田麗娜,王秀榮,楊忠蘋,石霖,陶啟蒙,包紅梅,李雁冰,陳化蘭. 中國獸醫(yī)科學(xué). 2008(08)
[3]雞傳染性喉氣管炎病毒PCR診斷方法的建立與研究[J]. 孔意端,陳峰,廖理克,梁偉芳,顧節(jié)清. 中國畜牧獸醫(yī). 2008(01)
[4]核酸探針檢測雞傳染性支氣管炎病毒方法的建立及應(yīng)用[J]. 莫勝蘭,劉惠莉,陸承平. 中國獸醫(yī)學(xué)報. 2007(02)
[5]基因芯片掃描中PM T信號增益與信噪比[J]. 徐景升,周會,賈錫偉,鄒志華,王藝?yán)?張木清,陳如凱. 福建農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報. 2005(04)
[6]一種新的基因芯片檢測熒光標(biāo)記技術(shù):通用引物U2聯(lián)合標(biāo)記法[J]. 徐秋林,馬文麗,李凌,石嶸,鄭文嶺. 第一軍醫(yī)大學(xué)學(xué)報. 2005(03)
[7]口蹄疫等5種動物病毒基因芯片檢測技術(shù)的研究[J]. 楊素,花群義,徐自忠,楊晶焰,譚德勇,董俊,楊云慶,賴建華. 微生物學(xué)報. 2004(04)
[8]多重聚合酶鏈反應(yīng)快速檢測鑒別雞毒支原體強(qiáng)毒株和弱毒疫苗株的研究[J]. 謝芝勛,鄧顯文,謝志勤,龐耀珊,唐小飛,廖敏,劉加波,何競銘. 中國預(yù)防獸醫(yī)學(xué)報. 2003(06)
[9]兩種限制性標(biāo)記方法提高基因芯片雜交結(jié)果的信噪比[J]. 石嶸,馬文麗,宋艷斌,李凌,劉翠華,鄭文嶺. 第一軍醫(yī)大學(xué)學(xué)報. 2003(02)
[10]應(yīng)用逆轉(zhuǎn)錄套式PCR檢測新城疫病毒核酸[J]. 黃庚明,辛朝安. 中國預(yù)防獸醫(yī)學(xué)報. 2001(04)
博士論文
[1]水禽重要疫病的多重PCR與基因芯片檢測技術(shù)研究[D]. 鮮思美.四川農(nóng)業(yè)大學(xué) 2009
[2]偽狂犬病病毒、豬細(xì)小病毒和流行性乙型腦炎病毒檢測基因芯片的構(gòu)建及檢測技術(shù)研究[D]. 張煥容.四川農(nóng)業(yè)大學(xué) 2005
碩士論文
[1]雞傳染性喉氣管炎病毒的分離鑒定與PCR檢測方法的建立[D]. 張明偉.河南農(nóng)業(yè)大學(xué) 2009
本文編號:3228952
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