福建黃兔是中國優(yōu)良的小型兼用品種,從線粒體水平分析福建黃兔在兔形目動物中的系統(tǒng)發(fā)育地位,對探究其起源、進化和種群分類具有重要意義。利用PCR高保真擴增技術(shù)和生物信息學軟件對福建黃兔線粒體基因組進行獲取、拼接與注釋。結(jié)果發(fā)現(xiàn)福建黃兔線粒體基因組全長17 000 bp（GenbankNo.MN518689）,主要包括tRNA基因（22個）、rRNA基因（2個）、蛋白編碼基因（13個）和控制區(qū)（1個）4部分,基因排列緊密。除控制區(qū),共存在37個編碼基因,有9個基因由輕鏈（L鏈）編碼,其余28個編碼基因均由重鏈（H鏈）編碼。22個tRNA基因中,除 tRNA-Ser（AGY）基因由于缺失DHU臂不能形成三葉草結(jié)構(gòu)外,其余21種tRNA基因均可折疊形成經(jīng)典的三葉草結(jié)構(gòu)�？刂茀^(qū)含有3種結(jié)構(gòu)域:延長終止序列區(qū)（ETAS1和ETAS2）、中央保守區(qū)、保守序列區(qū)（CSB1、CSB2和CSB3）,其中,CSB1和CSB2間存在200 bp的短重復(fù)序列,CSB3和tRNA-Phe間存在306 bp的長重復(fù)序列�；诰�粒體基因組控制區(qū)序列構(gòu)建10種兔形目動物的系統(tǒng)進化樹,結(jié)果表明福建黃兔起源于穴兔,支持將福建... 

【文章來源】：西北農(nóng)業(yè)學報. 2020,29(09)北大核心CSCD

【文章頁數(shù)】：9 頁

【部分圖文】：

福建黃兔線粒體基因組控制區(qū)結(jié)構(gòu)

經(jīng)比對拼接,福建黃兔線粒體基因組全序列長度為17 000 bp,包括tRNA基因22個、蛋白編碼基因13個、rRNA基因2個和控制區(qū)1個,基因排列順序同其他兔種基本一致(圖1,表2),將序列提交至GenBank(No.MN518689)。蛋白編碼基因(長度為11 391 bp)、tRNA基因(長度為 1 505 bp)、rRNA基因(長度為2 536 bp)和控制區(qū)(長度為1 555 bp)分別占整個線粒體長度的 67.00%、8.85%、14.92%和9.15%。37個編碼基因中的9個基因[ tRNA-Glu、 tRNA-Gln、 tRNA-Cys、 tRNA-Asn、 tRNA-Tyr、 tRNA-Ala、 tRNA-Ser(UCN)、tRNA-Pro]由輕鏈(L鏈)編碼,其余28個編碼基因由重鏈(H鏈)編碼。其堿基含量為:A(31.41%)>T(28.18%)>C (26.70%)>G(13.71%),A+T含量 (59.59%)高于C+G含量(40.41%)�；蜷g無內(nèi)含子,基因排列緊密,全序列共有12處間隔區(qū)域和5處重疊區(qū)域,最大間隔區(qū)域(8 bp)位于tRNA-Gln和tRNA-Met之間,最大重疊區(qū)域 (43 bp)位于 ATPase8和 ATPase6之間。表2 福建黃兔線粒體基因組結(jié)構(gòu)Table 2 Mitochondrial genome structure of Fujian Yellow Rabbit 基因Gene 長度/bpSize 基因位置Gene position 間隔區(qū)/bpIGS 反密碼子Anticode 密碼子 Codons 編碼鏈Coding strand 起始密碼子Start 終止密碼子Stop tRNA-Phe 69 1～69 0 GAA H 12S rRNA 957 70～1 026 0 H tRNA-Val 66 1 027～1 092 0 TAC H 16S rRNA 1 579 1 093～2 671 0 H tRNA-Leu(UUR) 75 2 672～2 746 2 TAA H NADH1 955 2 749～3 703 0 ATG Taa H tRNA-Ile 70 3 704～3 773 -3 GAT H tRNA-Gln 72 3 771～3 842 8 TTG L tRNA-Met 69 3 851～3 919 0 GAT H NADH2 1 044 3 920～4 963 7 ATT TAA H tRNA-Trp 67 4 971～5 037 2 TCA H tRNA-Ala 67 5 040～5 107 -1 TGC L tRNA-Asn 73 5 107～5 179 GTT L Ori-L 35 5 180～5 214 3 H tRNA-Cys 69 5 212～5 280 0 GCA L tRNA-Tyr 66 5 281～5 346 7 GTA L COX1 1 542 5 354～6 895 2 ATG TAG H

基于線粒體基因組D-loop區(qū)采用鄰接(NJ)法構(gòu)建的系統(tǒng)進化樹

【參考文獻】：
期刊論文
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碩士論文
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[4]三個封閉群實驗兔遺傳多樣性研究[D]. 申幸嬌.中國食品藥品檢定研究院 2013
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本文編號：3228384