鴨圓環(huán)病毒（Duck circovirus,DuCV）是近年來新發(fā)現(xiàn)的水禽感染性病原,造成鴨生長遲緩,體重下降等癥狀。病毒主要侵染鴨淋巴器官,患鴨后會引發(fā)免疫抑制及可能的二次感染,對養(yǎng)殖業(yè)造成了較大的經(jīng)濟損失。因此,分析我國DuCV的遺傳演化規(guī)律并構(gòu)建體外轉(zhuǎn)錄的模型具有十分重要的科學(xué)意義。1.DuCV的分離、鑒定及全基因組序列分析本研究從疑似感染DuCV的病鴨體內(nèi)分離到一株DuCV（命名為DuCV-GH01）,通過PCR得到病毒全基因組進行序列分析表明,DuCV-GH01的核苷酸序列與目前GenBank登錄的所有DuCV序列相似性高達81.8%～99.4%,根據(jù)PASC的p值/頻率分布圖獲得,當不同基因組的p值大于0.170時,可分為DuCV1和DuCV2;當DuCVl和DuCV2的型間p值大于0.032或0.018時,可以將鴨圓環(huán)病毒細分為1a、1b、1c和2a、2b、2c 6個亞型。這個結(jié)果證明DuCV由一個共同祖先經(jīng)過不同的進化過程分化為DuCV-1和DuCV-2。2. DuCV的基因重組及選擇壓力分析通過系統(tǒng)進化樹分析發(fā)現(xiàn)利用全基因組進行分型時的3株DuCV-2a毒株（GenB... 

【文章來源】：四川農(nóng)業(yè)大學(xué)四川省 211工程院校

【文章頁數(shù)】：80 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
本論文的創(chuàng)新性工作
中文摘要
ABSTRACT
常用英文縮寫詞匯
第一部分 文獻綜述及研究目的和意義
    第一章 文獻綜述
        1. 國內(nèi)外研究進展
        2. 研究的目的和意義
第二部分 試驗研究
    第二章 鴨圓環(huán)病毒的分離、鑒定及基因分型
        1 材料
            1.1 病料、菌種和克隆載體
            1.2 主要試劑
            1.3 主要溶液
        2 方法
            2.1 病毒基因組DNA的提取
                2.1.1 病料的準備
                2.1.2 DNA提取
            2.2 PCR引物的設(shè)計
            2.3 DuCV特異片段的PCR擴增與檢測
                2.3.1 PCR反應(yīng)條件
                2.3.2 PCR循環(huán)參數(shù)
            2.4 DuCV全基因組的PCR擴增
                2.4.1 PCR反應(yīng)條件
                2.4.2 PCR循環(huán)參數(shù)
            2.5 PCR產(chǎn)物的純化與克隆
                2.5.1 全長片段的回收純化
                2.5.2 全長片段與pMD18-T載體連接
                2.5.3 連接產(chǎn)物轉(zhuǎn)化感受態(tài)大腸桿菌DH5a
                2.5.4 陽性重組質(zhì)粒的鑒定
            2.6 DuCV基因組的序列分析
            2.7 用于同源性比較和進化樹構(gòu)建的圓環(huán)病毒序列
        3 結(jié)果
            3.1 DuCV特異片段的檢測結(jié)果
            3.2 DuCV的全基因組擴增
            3.3 鴨圓環(huán)病毒與其他不同宿主圓環(huán)病毒的親緣關(guān)系
            3.4 鴨圓環(huán)病毒的基因分型
        4 討論
    第三章 鴨圓環(huán)病毒的分子遺傳進化分析
        1 材料
        2 方法
        3 結(jié)果
            3.1 鴨圓環(huán)病毒的基因重組分析
            3.2 鴨圓環(huán)病毒Cap和Rep蛋白氨基酸序列的進化演變
            3.3 自然選擇壓力
        4 討論
    第四章 鴨圓環(huán)病毒感染性克隆的構(gòu)建
        1 材料
            1.1 病毒與動物
            1.2 載體與菌株
            1.3 主要試劑
        2 方法
            2.1 引物設(shè)計
            2.2 雙拷貝感染性克隆的構(gòu)建
                2.2.1 雙拷貝感染性克隆IC-1、IC-2的克隆
                2.2.2 PCR產(chǎn)物IC-1、IC-2與pUC19載體的連接
                2.2.3 雙拷貝感染性克隆的連接
            2.3 遺傳標記的引入
                2.3.1 融合PCR
                2.3.2 攜帶遺傳標記的雙拷貝克隆的構(gòu)建
            2.4 感染性克隆的人工轉(zhuǎn)染試驗
                2.4.1 轉(zhuǎn)染樣品的制備
                2.4.2 轉(zhuǎn)染
                2.4.3 樣品采集與檢測
                2.4.4 遺傳標記的鑒定
        3 結(jié)果
            3.1 重組質(zhì)粒pIC-2DuCV的構(gòu)建與鑒定
                3.1.1 IC-1、IC-2的PCR擴增
                3.1.2 IC-1、IC-2與pUC19中間質(zhì)粒的構(gòu)建
                3.1.3 雙拷貝感染性克隆pIC-2DuCV的構(gòu)建
                3.1.4 攜帶遺傳標記的雙拷貝感染性克隆pIC-Mu2DuCV的構(gòu)建
            3.2 感染性克隆的人工轉(zhuǎn)染試驗結(jié)果
        4 討論
    第五章 鴨圓環(huán)病毒拯救毒株的部分生物學(xué)特性研究
        1 材料
            1.1 病毒
            1.2 試驗動物
            1.3 相關(guān)試劑
        2 方法
            2.1 親本毒株的準備
            2.2 動物攻毒試驗
            2.3 臨床檢查
            2.4 DuCV病毒血癥檢測
            2.5 血清學(xué)檢測DuCV Cap蛋白抗體的檢測
            2.6 Real-time qPCR檢測DuCV在不同器官中的分布
        3 結(jié)果
            3.1 臨床觀察
            3.2 病毒血癥
            3.3 DuCV血清抗體檢測
            3.4 熒光定量檢測DuCV在不同器官中的分布與載量
        4 討論
結(jié)論
參考文獻
致謝
附錄
    附錄1 常用試劑的配置
        1.1 酚氯仿法抽提DNA的溶液
        1.2 感受態(tài)細胞制備及轉(zhuǎn)化、誘導(dǎo)用溶液
        1.3 質(zhì)粒大抽試劑
    附錄2 試驗器材
    附錄3 DuCV-GH01(JX499186)全基因組序列
作者簡介以及攻讀碩士學(xué)位期間發(fā)表的學(xué)術(shù)論文



本文編號：3221689