本研究結(jié)合生物軟件,運(yùn)用生物信息學(xué)方法分析了sirtuins家族的DNA和蛋白序列的特征;運(yùn)用熒光定量PCR技術(shù)和生物信息學(xué)方法,對(duì)SIRT1基因和SIRT2基因進(jìn)行了組織表達(dá)譜分析;運(yùn)用PCR-RFLP和DNA直接測(cè)序技術(shù)分析了SIRT1-7七個(gè)基因的多態(tài)性;通過(guò)生物統(tǒng)計(jì)學(xué)軟件的應(yīng)用,對(duì)檢測(cè)到的27個(gè)SNP位點(diǎn)進(jìn)行了頻率、平衡性、群體遺傳性及與體尺性狀的相關(guān)性進(jìn)行了統(tǒng)計(jì)分析。篩選出對(duì)秦川肉牛生長(zhǎng)發(fā)育和肉質(zhì)性狀有重要影響的功能基因和分子標(biāo)記,為秦川肉牛生長(zhǎng)發(fā)育和肉質(zhì)性狀的分子標(biāo)記輔助選擇和優(yōu)質(zhì)高產(chǎn)新品種（系）牛的培育提供科學(xué)依據(jù)。本研究主要結(jié)果如下:通過(guò)PCR-RFLP技術(shù),在453頭秦川肉牛個(gè)體中發(fā)現(xiàn)了SIRT1基因3’UTR上存在3個(gè)SNP位點(diǎn),分別為g.25764G>A,g.25846A>G和g.25868T>C,存在5種單倍型和6種組合單倍型。關(guān)聯(lián)性分析發(fā)現(xiàn)這3個(gè)SNP位點(diǎn)均能顯著影響部分秦川肉牛生長(zhǎng)發(fā)育和肉質(zhì)性狀。組合單倍型H2H2（GG-AA-CC）的各個(gè)性狀方面呈現(xiàn)最優(yōu)。RT-PCR結(jié)果顯示SIRT2基因廣泛存在于各個(gè)組織中,其中表達(dá)量最高的為脂肪組織。... 

【文章來(lái)源】：西北農(nóng)林科技大學(xué)陜西省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁(yè)數(shù)】：142 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：博士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
第一章 文獻(xiàn)綜述
    1.1 引言
    1.2 秦川肉牛選育情況簡(jiǎn)介
    1.3 分子標(biāo)記輔助選擇在育種中的應(yīng)用
        1.3.1 限制性酶切片段長(zhǎng)度多態(tài)性 (RFLP)
        1.3.2 隨機(jī)引物擴(kuò)增多態(tài)性DNA (RAPD)
        1.3.3 微衛(wèi)星標(biāo)記 (SSR)
        1.3.4 單核苷酸多態(tài)性 (SNP)
    1.4 SIRTUIN基因家族的研究進(jìn)展
        1.4.1 SIRT1基因的研究進(jìn)展
        1.4.2 SIRT2基因的研究進(jìn)展
        1.4.3 SIRT3基因的研究進(jìn)展
        1.4.4 SIRT4基因的研究進(jìn)展
        1.4.5 SIRT5基因的研究進(jìn)展
        1.4.6 SIRT6基因的研究進(jìn)展
        1.4.7 SIRT7基因的研究進(jìn)展
        1.4.8 Sirtuin家族成員之間相互作用的研究進(jìn)展
    1.5 本研究的目的與意義
第二章 SIRT1基因表達(dá)及其SNPS與秦川肉牛體尺和肉質(zhì)的關(guān)聯(lián)性分析
    2.1 引言
    2.2 材料與方法
        2.2.1 試驗(yàn)試劑及溶液配制
        2.2.2 試驗(yàn)儀器及設(shè)備
        2.2.3 生物學(xué)特征分析
        2.2.4 組織表達(dá)分析
        2.2.5 關(guān)聯(lián)性分析
    2.3 結(jié)果與分析
        2.3.1 同源性分析
        2.3.2 系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)
        2.3.3 序列基本信息分析
        2.3.4 跨膜結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)
        2.3.5 亞細(xì)胞定位預(yù)測(cè)
        2.3.6 蛋白質(zhì)二級(jí)和三級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)
        2.3.7 秦川肉牛SIRT1基因組織表達(dá)特異性分析
        2.3.8 秦川肉牛的SIRT1基因遺傳變異與生長(zhǎng)性狀和肉質(zhì)性狀的關(guān)聯(lián)分析
    2.4 討論
    2.5 小結(jié)
第三章 SIRT2基因表達(dá)及其SNPS與秦川肉牛生長(zhǎng)發(fā)育和肉質(zhì)的關(guān)聯(lián)性分析
    3.1 引言
    3.2 材料方法
        3.2.1 試驗(yàn)樣本
        3.2.2 RT-PCR引物設(shè)計(jì)及PCR反應(yīng)
        3.2.3 SNP引物設(shè)計(jì)及PCR反應(yīng)
        3.2.4 多態(tài)位點(diǎn)分型
    3.3 結(jié)果與分析
        3.3.1 同源性分析
        3.3.2 系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)
        3.3.3 序列基本信息分析
        3.3.4 跨膜結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)
        3.3.5 亞細(xì)胞定位預(yù)測(cè)
        3.3.6 蛋白質(zhì)二級(jí)和三級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)
        3.3.7 秦川肉牛SIRT2基因組織表達(dá)特異性分析
        3.3.8 秦川肉牛的SIRT2基因遺傳變異與生長(zhǎng)性狀和肉質(zhì)性狀的關(guān)聯(lián)分析
    3.4 小結(jié)
第四章 SIRT3基因SNPS與秦川肉牛生長(zhǎng)發(fā)育和肉質(zhì)的關(guān)聯(lián)性分析
    4.1 引言
    4.2 材料方法
        4.2.1 試驗(yàn)樣本
        4.2.2 SNP引物設(shè)計(jì)及PCR反應(yīng)
        4.2.3 多態(tài)位點(diǎn)分型
    4.3 結(jié)果與討論
        4.3.1 同源性分析
        4.3.2 系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)
        4.3.3 序列基本信息分析
        4.3.4 跨膜結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)
        4.3.5 亞細(xì)胞定位預(yù)測(cè)
        4.3.6 蛋白質(zhì)二級(jí)和三級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)
        4.3.7 秦川肉牛的SIRT3基因遺傳變異與生長(zhǎng)性狀和肉質(zhì)性狀的關(guān)聯(lián)分析
    4.4 討論
    4.5 小結(jié)
第五章 SIRT4基因SNPS與秦川肉牛體尺和肉質(zhì)的關(guān)聯(lián)性分析
    5.1 引言
    5.2 材料方法
        5.2.1 試驗(yàn)樣本
        5.2.2 SNP引物設(shè)計(jì)及PCR反應(yīng)
        5.2.3 多態(tài)位點(diǎn)分型
    5.3 結(jié)果與討論
        5.3.1 同源性分析
        5.3.2 系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)
        5.3.3 序列基本信息分析
        5.3.4 跨膜結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)
        5.3.5 亞細(xì)胞定位預(yù)測(cè)
        5.3.6 蛋白質(zhì)二級(jí)和三級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)
        5.3.7 秦川肉牛的SIRT4基因遺傳變異與生長(zhǎng)性狀和肉質(zhì)性狀的關(guān)聯(lián)分析
    5.4 小結(jié)
第六章 SIRT5基因SNPS與秦川肉牛體尺和肉質(zhì)的關(guān)聯(lián)性分析
    6.1 引言
    6.2 材料方法
        6.2.1 試驗(yàn)樣本
        6.2.2 SNP引物設(shè)計(jì)及PCR反應(yīng)
        6.2.3 多態(tài)位點(diǎn)分型
    6.3 結(jié)果與討論
        6.3.1 同源性分析
        6.3.2 系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)
        6.3.3 序列基本信息分析
        6.3.4 跨膜結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)
        6.3.5 亞細(xì)胞定位預(yù)測(cè)
        6.3.6 蛋白質(zhì)二級(jí)和三級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)
        6.3.7 秦川肉牛的SIRT5基因遺傳變異與生長(zhǎng)性狀和肉質(zhì)性狀的關(guān)聯(lián)分析
    6.4 討論
    6.5 小結(jié)
第七章 SIRT6基因SNPS與秦川肉牛體尺和肉質(zhì)的關(guān)聯(lián)性分析
    7.1 引言
    7.2 材料方法
        7.2.1 試驗(yàn)樣本
        7.2.2 SNP引物設(shè)計(jì)及PCR反應(yīng)
        7.2.3 多態(tài)位點(diǎn)分型
    7.3 結(jié)果與討論
        7.3.1 同源性分析
        7.3.2 系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)
        7.3.3 序列基本信息分析
        7.3.4 跨膜結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)
        7.3.5 亞細(xì)胞定位預(yù)測(cè)
        7.3.6 蛋白質(zhì)二級(jí)和三級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)
        7.3.7 秦川肉牛的SIRT6基因遺傳變異與生長(zhǎng)性狀和肉質(zhì)性狀的關(guān)聯(lián)分析
    7.4 小結(jié)
第八章 SIRT7基因SNPS與秦川肉牛體尺和肉質(zhì)的關(guān)聯(lián)性分析
    8.1 引言
    8.2 材料與方法
        8.2.1 試驗(yàn)樣本
        8.2.2 SNP引物設(shè)計(jì)及PCR反應(yīng)
        8.2.3 多態(tài)位點(diǎn)分型
    8.3 結(jié)果與討論
        8.3.1 同源性分析
        8.3.2 系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)
        8.3.3 序列基本信息分析
        8.3.4 跨膜結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)
        8.3.5 亞細(xì)胞定位預(yù)測(cè)
        8.3.6 蛋白質(zhì)二級(jí)和三級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)
        8.3.7 秦川肉牛的SIRT7基因遺傳變異與生長(zhǎng)性狀和肉質(zhì)性狀的關(guān)聯(lián)分析
    8.4 小結(jié)
第九章 SIRTUINS基因家族啟動(dòng)子區(qū)域SNPS與秦川肉牛體尺和肉質(zhì)的關(guān)聯(lián)性分析
    9.1 引言
    9.2 材料與方法
        9.2.1 試驗(yàn)樣本
        9.2.2 SNP引物設(shè)計(jì)及PCR反應(yīng)
    9.3 結(jié)果
        9.3.1 秦川肉牛的SIRT2基因啟動(dòng)子區(qū)域遺傳變異與生長(zhǎng)性狀和肉質(zhì)性狀的關(guān)聯(lián)分析
        9.3.2 秦川肉牛的SIRT3基因啟動(dòng)子區(qū)域遺傳變異與生長(zhǎng)性狀和肉質(zhì)性狀的關(guān)聯(lián)分析
        9.3.3 秦川肉牛的SIRT4基因啟動(dòng)子區(qū)域遺傳變異與生長(zhǎng)性狀和肉質(zhì)性狀的關(guān)聯(lián)分析
        9.3.4 秦川肉牛的SIRT5基因啟動(dòng)子區(qū)域遺傳變異與生長(zhǎng)性狀和肉質(zhì)性狀的關(guān)聯(lián)分析
    9.4 討論
第十章 結(jié)論
參考文獻(xiàn)
附錄
致謝
個(gè)人簡(jiǎn)介


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]香煙煙霧在慢性阻塞性肺病發(fā)病機(jī)制中的作用研究進(jìn)展[J]. 王川,劉建英.  實(shí)用醫(yī)學(xué)雜志. 2015(01)
[2]SIRT3 siRNA對(duì)ox-LDL刺激的人主動(dòng)脈內(nèi)皮細(xì)胞ICAM-1、E-selectin表達(dá)的影響[J]. 丁玲,鞏會(huì)平,杜貽萌,王欣,張巖,王旭平,鹿慶華.  山東大學(xué)學(xué)報(bào)(醫(yī)學(xué)版). 2014(04)
[3]SIRT6——一個(gè)重要的壽命和腫瘤調(diào)控蛋白質(zhì)[J]. 李軍,魏繼武,蔣愛(ài)芹.  生命的化學(xué). 2013(05)
[4]SIRT1在糖尿病及其并發(fā)癥中的研究進(jìn)展及治療潛力[J]. 郭淑芹,朱春英,張?jiān)屏?  河北醫(yī)藥. 2011(20)
[5]過(guò)表達(dá)Sirt2抑制豬前體脂肪細(xì)胞的分化[J]. 劉炳婷,白亮,劉飛,李玉成,楊公社.  中國(guó)生物化學(xué)與分子生物學(xué)報(bào). 2010(06)
[6]啟動(dòng)子序列克隆和功能分析方法的研究進(jìn)展[J]. 楊曉娜,趙昶靈,李云,李會(huì)容,蘇麗,周燕瓊.  云南農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版). 2010(02)
[7]穩(wěn)定表達(dá)SirT7對(duì)其轉(zhuǎn)染的P19細(xì)胞的增殖抑制作用[J]. 呂建祎,張業(yè),沈珝琲.  中國(guó)醫(yī)學(xué)科學(xué)院學(xué)報(bào). 2009(06)
[8]全基因組選擇及其在動(dòng)物育種中的應(yīng)用[J]. 馮春剛,胡曉湘,趙要風(fēng),李寧.  中國(guó)家禽. 2008(22)
[9]高等植物啟動(dòng)子功能和結(jié)構(gòu)研究進(jìn)展[J]. 夏江東,夏平.  楚雄師范學(xué)院學(xué)報(bào). 2005(03)
[10]真核生物基因啟動(dòng)子的計(jì)算機(jī)預(yù)測(cè)及其軟件資源[J]. 胡翔,周建林.  激光生物學(xué)報(bào). 2004(06)



本文編號(hào)：3217891