在A型流感病毒中,H3亞型宿主廣泛,不僅感染禽類,還感染豬、馬、犬等哺乳動物甚至人類,對畜牧業(yè)生產和公共衛(wèi)生安全均構成重要威脅,有必要進行持續(xù)的流行病學監(jiān)測。本研究基于2017年～2019年華東地區(qū)活禽交易市場（live poultry market,LPM）的低致病性禽流感病毒（avian influenza virus,AIV）流行病學調查,對其中分離鑒定的H3亞型AIV進行了全基因組遺傳進化分析與HA基因的密碼子使用偏好性分析,并挑選代表毒株進行了部分生物學特性的測定。研究結果將豐富我國低致病性AIV的基礎數據資源,并為AIV的跨種傳播機制研究提供一定參考。1.2017-2019年華東地區(qū)低致病性禽流感病毒流行病學調查及H3亞型禽流感病毒的分離鑒定2017年9月至2019年6月,對華東地區(qū)LPM進行低致病性AIV流行病學監(jiān)測,共采集源自江蘇、安徽、山東等省份的家禽泄殖腔、喉頭棉拭樣品及LPM環(huán)境水樣1866份。經鑒定,共有346份陽性樣品,分布于109個禽群;總的陽性率為18.54%,群陽性率為44.67%。從陽性樣品中HA亞型分布來看:陽性率最高的為H9（72.83%,252/... 

【文章來源】：揚州大學江蘇省

【文章頁數】：87 頁

【學位級別】：碩士

【部分圖文】：

圖１－１滅活病毒免疫ＳＰＦ雞的ＨＩ抗體水平??Ｆｉｇ?１－１?ＨＩ?ａｎｔｉｂｏｄｙ?ｔｉｔｅｒ?ｏｆ?ＳＰＦ?ｃｈｉｃｋｅｎｓ?ｉｍｍｕｎｉｚｅｄ?ｗｉｔｈ?ｉｎａｃｔｉｖａｔｅｄ?ｖｉｒｕｓ??

第一章２０１７－２０１９年華東地區(qū)低致病性禽流感病毒流行病學調查及Ｈ３亞型禽流感病毒的分離鑒定??ＬＰＡＩＶ的易感宿主較多，在雞、鴨、鵝和環(huán)境樣品中均能夠分離到。由圖１－??４可知，其中雞中的陽性數量最多，為２５０份，其中２４２份為Ｈ９亞型（９６．８０％），??８份為Ｈ３亞型（３．２０°／。）。鴨中陽性樣品數量其次，為８５份，其中Ｈ３亞型７８份??（９１．７６％），Ｈ９?亞型?５?份（５．８８％），Ｈ１?亞型?１?份（１．１７％），Ｈ１０?亞型?１?份（１＿１７％）。??在鵝中，陽性樣品數量為１０份，其中Ｈ３亞型５份（５０％），Ｈ９亞型５份（５０％）。??環(huán)境樣品中監(jiān)測到１份Ｈ３亞型陽性樣品。??Ｈ９亞型分離數在雞群中的分離率明顯高于鴨群和鵝群，占總的Ｈ９亞型陽??性數９６．０３％?（２４２／２５２）。Ｈ３亞型分離數在鴨群中的分離率（８４．７８％，７８／９２）高??于在雞群（９．７８％，?９／９２）和鵝群（５．４３％，５／９２）。２０１７年９月－１２月ＬＰＭ分離到８??份Ｈ３陽性樣品，宿主全部為鴨，分離率為２．０１％。２０１８年分離到６４份Ｈ３陽性??樣品，宿主分布為鵝源５份，雞源９份，其余均為鴨源，２０１８年Ｈ３亞型陽性樣??品分離率為６．５０％。２０１９年１月－６月期間ＬＰＭ分離到２０份Ｈ３亞型陽性樣品，??宿主全部為鴨，２０１９年１月至６月Ｈ３亞型陽性樣品分離率為４．１５％。??樣品采集來自于２４４個禽群（１１９個雞群，５７個鴨群，６８個鵝群）和１組??環(huán)境樣品。ＬＰＡＩＶ陽性群所占比率依次為雞群（７６／１１９，?６３．８７％）、鴨群（２６／５７，??４５．６１％）、鵝群（７／６８，１０．２９％）。在環(huán)境樣品中檢測到１

??５４．０９，平均值土標準差分別為?５２．９６±０．７０，?５３．２２±０．３３，５２．９９±０．５７，５２．２３土??１．２８，４７．１０±?１．６４，說明所有毒株的ＨＡ基因的密碼子使用選擇較低。顯而易??見，這些Ｈ３亞型流感病毒ＨＡ基因的ＥＮｃ值大于３５，表明密碼子的使用偏好??非常低。??為了證明密碼子使用模式是否僅由突變壓力還是選擇壓力的影響，ＥＮｃ與??ＧＣ３ｓ的圖像分析能夠反映這一點［１Ｑ］。結果表明，對于所有的Ｈ３亞型流感病毒??ＨＡ基因，所有的點全部低于預期曲線（圖２－１）。??ＥＮＣ－Ｐｌｏｔ??６５－ｊ??—?ＥＮＣｅｘｐｅｃｔｅｄ??／ｒ?Ａｖｉａｎ?５６－，??４５＂?／?＼?？?Ｈｕｍａｎ?＾?＇?Ａｖ，ａｎ??§?／?＼?？?Ｃ－化?５２：?麟．．．?：＝??２５－?Ｅｑｕｉｎｅ?〇?５〇＿?＊?Ｓｗｉｎｅ??■?Ｓｗｉｎｅ?．Ｅｑｕｉｎｅ??５－?４６－??０．０?０．２?０．４?０．６?０．８?１．０?４４￣Ｔ?７Ｔ￣?＂１??０．３０?０．３５?０．４０?０．４５?０．５０??ＧＣ３ｓ?ＧＣｓ．??圖２－１?Ｈ３亞型流感病毒ＨＡ基因密碼子ＥＮｃ值分析??Ｆｉｇ?２－１?Ｃｏｄｏｎ?ＥＮｃ?ａｎａｌｙｓｉｓ?ｏｆ?ＨＡ?ｇｅｎｅ?ｏｆ?Ｈ３?ｓｕｂｔｙｐｅ?ｉｎｆｌｕｅｎｚａ?ｖｉｒｕｓ??３．１．５．４中性分析??ＧＣ１２與ＧＣ３之間的中性分析用于判斷自然選擇與突變壓力對基因組的影??響程度［１１］。對不同宿主來源的Ｈ３亞型流感病毒ＨＡ基因進行中性分析，結果表??明，人源（ｒ＝０．７２７６４，?ｐ＜０．０００１），犬源（ｒ＝０．６２６７７，?ｐ＜


本文編號：3209691