絨山羊絨毛生長發(fā)育模式非常復(fù)雜,受基因和環(huán)境共同調(diào)控。生長因子及其受體作為體內(nèi)分泌協(xié)調(diào)基因和環(huán)境的重要環(huán)節(jié),對絨毛的生長調(diào)控起著極其重要的作用,多種因子共同構(gòu)成了毛囊發(fā)育和周期性生長的復(fù)雜網(wǎng)絡(luò),目前還無法明確其中具有關(guān)鍵性的作用的網(wǎng)絡(luò)和網(wǎng)絡(luò)中的關(guān)鍵因子。隨著大規(guī)模測序技術(shù)特別是轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)的發(fā)展,使得批量獲得大量數(shù)據(jù)成為可能,特別是目前在已經(jīng)擁有山羊基因組參考序列的情況下,我們可以把轉(zhuǎn)錄本映射回基因組,確定轉(zhuǎn)錄本位置、剪切情況等較為全面的遺傳信息,本研究以6只來自于內(nèi)蒙古白絨山羊阿爾巴斯型個(gè)體RNA-seq測序數(shù)據(jù)為研究對象,通過生物信息學(xué)方法對轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)進(jìn)行了分析,得到以下主要結(jié)論：1、質(zhì)控檢測結(jié)果表明前續(xù)試驗(yàn)所測得6個(gè)樣本轉(zhuǎn)錄組序列結(jié)果均合格,可用于后續(xù)生物信息學(xué)分析,篩選共得到617個(gè)在初級毛囊和次級毛囊中差異表達(dá)的基因,其中,上調(diào)表達(dá)基因297個(gè),下調(diào)表達(dá)基因320個(gè)。2、GO分析表明上調(diào)表達(dá)基因主要行使：電子傳遞鏈、呼吸鏈電子傳遞、線粒體電子傳遞、基因表達(dá)、RNA代謝、小分子代謝過程、T細(xì)胞分化、翻譯、mRNA剪切、細(xì)胞運(yùn)輸?shù)壬飳W(xué)功能；下調(diào)表達(dá)基因主要行使：細(xì)胞自我吞噬、... 

【文章來源】：內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué)內(nèi)蒙古自治區(qū)

【文章頁數(shù)】：59 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
插圖和附表清單
縮略詞表
1 引言
    1.1 山羊絨性狀研究進(jìn)展
    1.2 測序技術(shù)發(fā)展歷程
        1.2.1 第一代測序技術(shù)
        1.2.2 第二代測序
        1.2.3 第三代測序技術(shù)
    1.3 轉(zhuǎn)錄組與RNA-seq
    1.4 本研究的目的和意義
2 材料與方法
    2.1 研究材料
    2.2 研究方法
        2.2.1 質(zhì)量控制和短序列比對
        2.2.2 批量Blast
        2.2.3 基因表達(dá)定量
        2.2.4 差異基因篩選
        2.2.5 基因功能分析
        2.2.6 信號通路分析
        2.2.7 共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建
3 結(jié)果與討論
    3.1 質(zhì)量控制
    3.2 Mapping
    3.3 批量Blast結(jié)果
    3.4 差異表達(dá)基因篩選結(jié)果
    3.5 基因功能分析結(jié)果
    3.6 信號通路分析結(jié)果
    3.7 共表達(dá)關(guān)系網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建結(jié)果
4 結(jié)論
致謝
參考文獻(xiàn)
附表
作者簡介



本文編號：3197301