大腸桿菌（Escherichia coli, E. coli）是研究得最為廣泛的模式菌,按照致病性特點(diǎn),可以分為共生型E. coli、腸內(nèi)致病性E. coli （Intraintestinal pathogenic E. coli, InPEC）和腸外致病性E. coli （Extraintestinal pathogenic E. coli, ExPEC）。ExPEC有一些特異的毒力特點(diǎn)能使其定殖并侵襲宿主腸外組織,引發(fā)一系列感染,如尿道感染、腦膜炎、敗血癥、呼吸道感染、肺炎、心內(nèi)膜炎和骨髓炎等。近幾年來,豬群疫病的多發(fā)和易發(fā),成為阻礙我國養(yǎng)豬業(yè)發(fā)展的主要因素。本實(shí)驗(yàn)室2004年以來從全國發(fā)病豬場(chǎng)內(nèi)患病豬腸外組織中分離了1000多株E. coli,經(jīng)過進(jìn)一步流行病學(xué)分析,結(jié)果顯示,豬源ExPEC已嚴(yán)重威脅到我國養(yǎng)豬業(yè)的發(fā)展。但是目前國內(nèi)外針對(duì)ExPEC類菌株的研究主要集中于人源和禽源ExPEC,對(duì)于豬源ExPEC感染不夠重視,對(duì)該類致病菌的研究報(bào)道非常少。并且目前也沒有豬源ExPEC完整的全基因組序列問世。此外,E. coli的血清型眾多,且分離出的豬源ExPEC菌株常伴有高耐藥性,... 

【文章來源】：華中農(nóng)業(yè)大學(xué)湖北省 211工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：183 頁

【學(xué)位級(jí)別】：博士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
縮略語表
1 前言
    1.1 大腸桿菌研究背景
    1.2 大腸桿菌的群系分布和血清型分型
    1.3 腸外致病性大腸桿菌的致病機(jī)制
        1.3.1 大腸桿菌毒力因子
        1.3.2 腸外致病性大腸桿菌在宿主體內(nèi)的致病過程
        1.3.3 關(guān)于腸外致病性大腸桿菌毒力的假說
    1.4 基因組基本元件
        1.4.1 基因島
        1.4.2 插入元件
        1.4.3 間隔集簇短回文重復(fù)區(qū)域
        1.4.4 假基因
    1.5 大腸桿菌基因組特點(diǎn)
    1.6 大腸桿菌的進(jìn)化分析研究
    1.7 不同宿主ExPEC之間的關(guān)系
    1.8 大腸桿菌的質(zhì)粒
        1.8.1 腸外致病性大腸桿菌的毒力質(zhì)粒
        1.8.2 質(zhì)粒的復(fù)制子類型
        1.8.3 大腸桿菌質(zhì)粒的系統(tǒng)進(jìn)化
    1.9 腸外致病性大腸桿菌疫苗的研究現(xiàn)狀
    1.10 大腸桿菌的外膜蛋白
    1.11 基因的適應(yīng)性進(jìn)化分析
2 豬源腸外致病性大腸桿菌PCN033和PCN061菌株全基因組測(cè)序、注釋及比較基因組學(xué)分析
    2.1 研究目的與意義
    2.2 實(shí)驗(yàn)材料
        2.2.1 菌株及來源
        2.2.2 主要培養(yǎng)基
        2.2.3 試劑,溶液和試劑盒
    2.3 實(shí)驗(yàn)方法
        2.3.1 細(xì)菌基因組的提取
        2.3.2 基因組序列的拼接和驗(yàn)證
        2.3.3 基因組的注釋與基本分析
        2.3.4 進(jìn)化分析
        2.3.5 比較基因組學(xué)分析
        2.3.6 生物學(xué)特性的分析
    2.4 結(jié)果與分析
        2.4.1 PCN033和PCN061菌株基因組測(cè)序結(jié)果
        2.4.2 PCN033和PCN061菌株基因組基本特點(diǎn)
        2.4.3 基因組基本元件的分析
        2.4.4 進(jìn)化分析
        2.4.5 PCN033和PCN061菌株比較基因組學(xué)和相應(yīng)生物表型的鑒定分析
        2.4.6 質(zhì)粒分析
    2.5 討論
        2.5.1 基因組測(cè)序,注釋以及比較分析中應(yīng)注意的問題
        2.5.2 豬源ExPEC強(qiáng)毒株P(guān)CN033和弱毒株P(guān)CN061基因組和生物表型的比較分析
        2.5.3 豬源ExPEC強(qiáng)毒株P(guān)CN033中毒力相關(guān)序列的分析和展望
    2.6 結(jié)論
3 豬源腸外致病性大腸桿菌候選亞單位疫苗OmpC和OmpF的研究
    3.1 研究目的與意義
    3.2 材料與方法
        3.2.1 菌株及其活化和培養(yǎng)、質(zhì)粒
        3.2.2 豬源腸外大腸桿菌ompC和ompF基因的擴(kuò)增以及PCR產(chǎn)物的回收
        3.2.3 連接pMD18-T載體進(jìn)行測(cè)序
        3.2.4 原核表達(dá)載體的構(gòu)建
        3.2.5 融合蛋白的誘導(dǎo)表達(dá)和純化
        3.2.6 Western-blot檢測(cè)
        3.2.7 小鼠免疫及攻毒實(shí)驗(yàn)
        3.2.8 酶聯(lián)免疫吸附實(shí)驗(yàn)ELISA檢測(cè)抗體效價(jià)
        3.2.9 調(diào)理吞噬實(shí)驗(yàn)
        3.2.10 基因ompC和ompF的適應(yīng)性進(jìn)化分析
    3.3 結(jié)果與分析
        3.3.1 重組質(zhì)粒PCR和酶切鑒定
        3.3.2 重組蛋白的鑒定
        3.3.3 重組蛋白特異性IgG抗體水平
        3.3.4 小鼠感染實(shí)驗(yàn)
        3.3.5 調(diào)理吞噬實(shí)驗(yàn)
        3.3.6 基因ompC和ompF的重組和選擇壓力分析
    3.4 討論
    3.5 結(jié)論
參考文獻(xiàn)
附表
發(fā)表文章
致謝


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]CRISPR-Cas系統(tǒng)與細(xì)菌和噬菌體的共進(jìn)化[J]. 李鐵民,杜波.  遺傳. 2011(03)



本文編號(hào)：3189442