發(fā)布時(shí)間：2021-05-11 02:33

　　全基因組選擇受到了動(dòng)植物育種界的廣泛關(guān)注,該方法是利用基因組范圍內(nèi)的大量遺傳標(biāo)記進(jìn)行基因組育種值的估計(jì),它具有縮短世代間隔、加快遺傳進(jìn)展等多方面的優(yōu)勢(shì)。然而在肉牛育種實(shí)踐中,高昂的基因型分型費(fèi)用限制了全基因組選擇的運(yùn)用。為了降低基因分型費(fèi)用,設(shè)計(jì)和開(kāi)發(fā)一款低密度SNP芯片用于肉用西門塔爾牛全基因組選擇具有重要意義。本研究使用1346頭肉用西門塔爾牛資源群體的770K高密度芯片數(shù)據(jù)和13個(gè)生長(zhǎng)發(fā)育、胴體和肉質(zhì)性狀的表型數(shù)據(jù),采用全基因組關(guān)聯(lián)分析（GWAS）、Bayes B分析、設(shè)置滑動(dòng)窗口以及基因注釋4種方法進(jìn)行SNP位點(diǎn)的篩選,旨在形成一個(gè)可以獲得較高基因組估計(jì)育種值準(zhǔn)確性的低密度SNP集合,并將其用于肉用西門塔爾牛的低成本全基因組選擇,以期節(jié)約育種成本和加快肉用西門塔爾牛全基因組選擇的應(yīng)用進(jìn)程。本研究重要結(jié)論如下:1利用770K高密度芯片通過(guò)REML算法對(duì)肉用西門塔爾牛13個(gè)生長(zhǎng)發(fā)育、胴體、肉質(zhì)性狀進(jìn)行遺傳力估計(jì),結(jié)果表明13個(gè)性狀的遺傳力估計(jì)值在0.11-0.56之間,其中大部分生長(zhǎng)發(fā)育和胴體性狀屬于中高遺傳力性狀,肉質(zhì)性狀屬于中等遺傳力性狀,為肉用西門塔爾牛重要經(jīng)濟(jì)性狀的遺傳解析... 

【文章來(lái)源】：中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院北京市

【文章頁(yè)數(shù)】：84 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
abstract
英文縮略表
第一章 引言
    1.1 家畜選育方法概述
    1.2 全基因組選擇方法研究進(jìn)展
    1.3 肉牛全基因組選擇應(yīng)用現(xiàn)狀
    1.4 基于高密度標(biāo)記的全基因組選擇的優(yōu)勢(shì)和局限性
    1.5 全基因組選擇的低密度SNP芯片設(shè)計(jì)研究進(jìn)展
    1.6 本研究的目的和意義
第二章 材料與方法
    2.1 資源群體建立與基因型數(shù)據(jù)收集
        2.1.1 資源群體建立
        2.1.2 基因型數(shù)據(jù)
    2.2 表型數(shù)據(jù)
        2.2.1 表型數(shù)據(jù)測(cè)量
        2.2.2 表型數(shù)據(jù)校正
    2.3 遺傳力估計(jì)
    2.4 低密度SNP集合標(biāo)記篩選
        2.4.1 GWAS方法檢測(cè)與性狀顯著關(guān)聯(lián)位點(diǎn)
        2.4.2 BayesB方法檢測(cè)效應(yīng)位點(diǎn)
        2.4.3 滑動(dòng)窗口篩選高M(jìn)AF位點(diǎn)
        2.4.4 基因注釋篩選位點(diǎn)
    2.5 基因組育種值估計(jì)
        2.5.1 GBLUP方法
        2.5.2 貝葉斯方法方法
    2.6 基因組估計(jì)育種值準(zhǔn)確性評(píng)價(jià)
    2.7 基因組估計(jì)育種值的相關(guān)性評(píng)價(jià)
第三章 結(jié)果與分析
    3.1 固定效應(yīng)和協(xié)變量的顯著性
    3.2 遺傳力估計(jì)值
    3.3 低密度SNP集合
        3.3.1 全基因關(guān)聯(lián)分析(GWAS)位點(diǎn)篩選
        3.3.2 BayesB分析位點(diǎn)篩選
        3.3.3 滑動(dòng)窗口位點(diǎn)篩選
        3.3.4 基因注釋位點(diǎn)篩選
        3.3.5 低密度SNP集合的位點(diǎn)分布、MAF及間距
    3.4 低密度SNP集合連鎖不平衡(LD)評(píng)估
    3.5 使用低密度SNP集合評(píng)估的基因組估計(jì)育種值準(zhǔn)確性
        3.5.1 基于GBLUP方法的基因組估計(jì)育種值準(zhǔn)確性
        3.5.2 基于BayesA方法的基因組估計(jì)育種值準(zhǔn)確性
        3.5.3 基于BayesB方法的基因組估計(jì)育種值準(zhǔn)確性
        3.5.4 基于BayesCπ方法的基因組估計(jì)育種值準(zhǔn)確性
        3.5.5 四種方法的基因組估計(jì)育種值的準(zhǔn)確性比較
    3.6 基因組估計(jì)育種值間的相關(guān)性
第四章 討論
    4.1 低密度SNP集合的位點(diǎn)分布及MAF
    4.2 低密度SNP集合位點(diǎn)篩選方法
    4.3 低密度SNP集合基因組估計(jì)育種值準(zhǔn)確性
        4.3.1 標(biāo)記密度對(duì)基因組估計(jì)育種值準(zhǔn)確性影響
        4.3.2 連鎖不平衡(LD)對(duì)基因組估計(jì)育種值準(zhǔn)確性的影響
        4.3.3 最小等位基因頻率(MAF)對(duì)基因組估計(jì)育種值準(zhǔn)確性的影響
        4.3.4 不同統(tǒng)計(jì)模型對(duì)基因組估計(jì)育種值準(zhǔn)確性的影響
    4.4 低密度SNP集合的局限性
第五章 全文結(jié)論
參考文獻(xiàn)
附錄
致謝
作者簡(jiǎn)歷



本文編號(hào)：3180546