豬的毛色是品種的重要特征之一,作為一種可利用的遺傳標(biāo)記,可用于鑒定品種純度和親緣關(guān)系、確定雜交組合、評價產(chǎn)品質(zhì)量等。研究表明,豬的毛色表型差異主要取決于毛發(fā)中色素的種類、比例及分布。本研究中,以清平豬及其與法系大白雜交后代作為研究對象,選擇5個影響黑色素合成的相關(guān)基因（MC1R、ASIP、TYR、TYRP1和SLC45A2）作為候選基因,在實驗室前期100頭清平母豬GWAS測序結(jié)果中篩選SNPs,利用目標(biāo)捕獲測序技術(shù)鑒定雜交后代的5個色素合成相關(guān)基因SNPs位點的基因型,研究其單核苷酸多態(tài)性。主要研究結(jié)果如下:1.清平豬MC1R基因CDs區(qū)篩選到7個SNPs位點,4個錯義突變的ID號分別是rs326921593、rs705222433、rs45434630和rs45434629,3個同義突變的ID號分別是rs327940565、rs45435031和rs345201947。測序結(jié)果說明,清平豬的黑色表型是由E^D1等位基因控制的,屬于顯性黑毛體系,與其他中國黑豬的研究結(jié)果一致。2.清平豬ASIP基因CDs區(qū)篩選到1個非同義突變SNP,ID號為rs695545599。... 

【文章來源】：華中農(nóng)業(yè)大學(xué)湖北省 211工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：73 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstrat
縮略詞表
第一章 文獻(xiàn)綜述
    1 前言
    2 毛色形成的生物學(xué)基礎(chǔ)
        2.1 黑素細(xì)胞的發(fā)育分化
        2.2 黑色素的合成
    3 毛色形成相關(guān)基因研究
        3.1 MC1R基因與毛色
        3.2 ASIP基因與毛色
        3.3 TYR基因與毛色
        3.4 TYRP1基因與毛色
        3.5 SLC45A2基因與毛色
    4 單核苷酸多態(tài)性研究
    5 目的和意義
第二章 材料與方法
    1 毛色分離群體的構(gòu)建
    2 本試驗中毛色表型分類與記錄
    3 試驗材料
        3.1 試驗動物
        3.2 主要藥品及試劑
        3.3 緩沖液及常用試劑的配制
        3.4 主要儀器和設(shè)備
    4 試驗方法
        4.1 基因組DNA的提取
            4.1.1 組織(耳組織)中DNA的提取
            4.1.2 毛囊中DNA的提取
        4.2 基因組DNA的提取結(jié)果的濃度測定與電泳檢測
            4.2.1 DNA的濃度測定
            4.2.2 DNA的瓊脂糖凝膠電泳檢測
        4.3 毛色基因多態(tài)性檢測
            4.3.1 定制化目標(biāo)捕獲測序技術(shù)
            4.3.2 引物設(shè)計
        4.4 統(tǒng)計分析
            4.4.1 基因型頻率及其基因頻率的計算
            4.4.2 遺傳多態(tài)性分析
            4.4.3 基因型與性狀關(guān)聯(lián)分析
            4.4.4 主要分子生物學(xué)軟件和網(wǎng)站
第三章 結(jié)果與分析
    1 豬基因組DNA提取結(jié)果
    2 MC1R基因試驗結(jié)果
        2.1 清平豬MC1R基因SNPs篩選
        2.2 清平豬MC1R基因SNPs群體遺傳結(jié)構(gòu)分析
        2.3 清平豬MC1R基因SNPs遺傳多樣性分析
        2.4 F1代留種母豬MC1R基因rs45435032位點群體遺傳結(jié)構(gòu)分析
        2.5 F1代留種母豬MC1R基因rs45435032位點遺傳多樣性分析
        2.6 MC1R基因rs45435032位點與F2代7種毛色的關(guān)聯(lián)分析
    3 ASIP基因試驗結(jié)果
        3.1 清平豬ASIP基因rs695545599位點群體遺傳結(jié)構(gòu)分析
        3.2 清平豬ASIP基因rs695545599位點遺傳多樣性分析
        3.3 F1代留種母豬ASIP基因rs695545599位點群體遺傳結(jié)構(gòu)分析
        3.4 F1代留種母豬ASIP基因rs695545599位點遺傳多樣性分析
        3.5 ASIP基因rs695545599位點F2代7種毛色的關(guān)聯(lián)分析
    4 TYR基因試驗結(jié)果
C位點群體遺傳結(jié)構(gòu)分析">        4.1 清平豬TYR基因g.22603899 G>C位點群體遺傳結(jié)構(gòu)分析
C位點遺傳多樣性分析">        4.2 清平豬TYR基因g.22603899 G>C位點遺傳多樣性分析
C位點群體遺傳結(jié)構(gòu)分析">        4.3 F1代留種母豬TYR基因g.22603899 G>C位點群體遺傳結(jié)構(gòu)分析
C位點遺傳多樣性分析">        4.4 F1代留種母豬TYR基因g.22603899 G>C位點遺傳多樣性分析
C位點與F2代7種毛色的關(guān)聯(lián)分析">        4.5 TYR基因g.22603899 G>C位點與F2代7種毛色的關(guān)聯(lián)分析
        4.6 TYR蛋白的生物信息學(xué)分析
            4.6.1 TYR蛋白序列的理化性質(zhì)
            4.6.2 TYR的信號肽預(yù)測
            4.6.3 TYR蛋白序列二級結(jié)構(gòu)分析
    5 TYRP1基因試驗結(jié)果
        5.1 清平豬TYRP1基因SNPs位點群體遺傳結(jié)構(gòu)分析
        5.2 清平豬TYRP1基因SNPs位點遺傳多樣性分析
        5.3 F1代留種母豬TYRP1基因SNPs位點群體遺傳結(jié)構(gòu)分析
        5.4 F1代留種母豬TYRP1基因SNPs位點遺傳多樣性分析
        5.5 TYRP1基因SNPs位點與F2代7種毛色的關(guān)聯(lián)分析
    6 SLC45A2基因試驗結(jié)果
        6.1 清平豬SLC45A2基因rs318960545位點群體遺傳結(jié)構(gòu)分析
        6.2 清平豬SLC45A2基因rs318960545位點遺傳多樣性分析
        6.3 F1代留種母豬SLC45A2基因rs318960545位點群體遺傳結(jié)構(gòu)分析
        6.4 F1代留種母豬SLC45A2基因rs318960545位點遺傳多樣性分析
        6.5 SLC45A2基因rs318960545位點與F2代7種毛色的關(guān)聯(lián)分析
第四章 討論
    1 MC1R基因SNPs位點與毛色的關(guān)系
    2 ASIP基因SNPs位點與毛色的關(guān)系
    3 TYR基因SNPs點與毛色的關(guān)系
    4 TYRP1基因SNPs位點與毛色的關(guān)系
    5 SLC45A2基因SNPs位點與毛色的關(guān)系
第五章 總結(jié)
    1 本研究小結(jié)
    2 本研究的創(chuàng)新之處
    3 本研究的不足之處
參考文獻(xiàn)
致謝


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]海貍色獺兔與皺襞型獺兔不同交配組合生產(chǎn)性能比較研究[J]. 趙月平,楊翠軍,孫全文,吳淑琴,吳占福,郝榮超,盧敬,馬夢盼,任玲玲.  中國畜牧獸醫(yī). 2017(12)
[2]Slc45a2調(diào)控小鼠黑色素細(xì)胞色素生成[J]. 王海東,趙兵令,陳天直,于秀菊,楊玉靜,劉穎,常露程,赫曉燕,薛霖莉.  中國生物化學(xué)與分子生物學(xué)報. 2017(04)
[3]單核苷酸多態(tài)性檢測方法研究進(jìn)展[J]. 常培葉,趙平.  中國老年學(xué)雜志. 2015(16)
[4]長×巴F2代雜交豬黑素皮質(zhì)激素受體Ⅰ基因克隆與多態(tài)性分析[J]. 敖秋桅,嚴(yán)雪瑜,蔣欽楊,唐家梁,蘭干球,郭亞芬,蔣和生.  南方農(nóng)業(yè)學(xué)報. 2015(02)
[5]紅褐色烏蘇里貉TYRP1基因的克隆及表達(dá)水平分析[J]. 朱艷菲,胡義潔,吳明明,李禎,孫金海,張廷榮.  中國畜牧雜志. 2014(11)
[6]動物皮毛色澤形成機制研究進(jìn)展[J]. 楊民紅,李蘭會.  貴州畜牧獸醫(yī). 2013(05)
[7]野豬ASIP基因的突變位點及其與毛色表型的相關(guān)性研究[J]. 付冬麗,楊廣禮,代燎原,羅玉柱.  家畜生態(tài)學(xué)報. 2013(02)
[8]七個眼皮膚白化�、裥图蚁档脑缙诋a(chǎn)前診斷[J]. 吳慶華,史惠蓉,劉寧,魯寧,江淼,趙振華,孔祥東.  中華醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)雜志. 2012 (04)
[9]單核苷酸多態(tài)性（SNP）的研究進(jìn)展[J]. 張必弦,朱延明,來永才,胡小梅,李煒,李琬,畢影東,肖佳雷,張俐俐.  安徽農(nóng)業(yè)科學(xué). 2012(21)
[10]Agouti基因及其表達(dá)產(chǎn)物的結(jié)構(gòu)與功能[J]. 朱春鳳,馮永山.  黑龍江醫(yī)藥. 2012(03)

博士論文
[1]TRP-1在正常黑素細(xì)胞及惡性黑素瘤細(xì)胞中的作用研究[D]. 李春英.中國人民解放軍第四軍醫(yī)大學(xué) 2003

碩士論文
[1]獺兔青紫藍(lán)毛色候選基因篩選的初步研究[D]. 施麗娟.揚州大學(xué) 2015
[2]TYR、ASIP基因多態(tài)性與綿羊毛色相關(guān)的研究[D]. 孟浩浩.石河子大學(xué) 2014
[3]TYR、TYRP1基因與朝鮮鵪鶉羽色相關(guān)性研究[D]. 徐瑩.河南科技大學(xué) 2014
[4]10個中國地方綿羊品種MC1R和ASIP基因多態(tài)性及其與毛色關(guān)聯(lián)性分析[D]. 付冬麗.甘肅農(nóng)業(yè)大學(xué) 2013
[5]山羊TYRP1基因序列分析及SNPs研究[D]. 鄭會芹.河北農(nóng)業(yè)大學(xué) 2010
[6]山羊Agouti基因與毛色表型相關(guān)分析及其遺傳變異的研究[D]. 唐春娟.河北農(nóng)業(yè)大學(xué) 2008
[7]清平豬部分種質(zhì)特性的研究[D]. 楊志軍.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2008
[8]豬黑素皮質(zhì)素受體1（MC1R）基因與毛色表型相關(guān)及5’UTR變異研究[D]. 頓桂玲.河北農(nóng)業(yè)大學(xué) 2007



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