本研究旨在通過不同品種綿羊背最長肌的全基因組甲基化差異分析,鑒定差異甲基化區(qū)域（DMR）和差異甲基化基因（DMG）,為解析綿羊骨骼肌發(fā)育差異奠定基礎。采用全基因組重亞硫酸鹽測序（WGBS）技術開展了周歲齡灘羊、湖羊和灘湖F2代背最長肌全基因組DNA的甲基化水平檢測和差異甲基化區(qū)域分析,探討品種間DNA甲基化水平的差異。結果顯示,全基因組范圍內(nèi)灘羊、湖羊和灘湖F2代胞嘧啶（C）甲基化（mC）率分別為3.55%、3.18%和3.56%,3個群體的甲基化水平基本一致。對灘羊和湖羊的甲基化水平進行比較,在不同序列環(huán)境下共檢測到97 731個DMRs和10 784個DMGs。在CG、CHH、CHG序列環(huán)境下3個群體甲基化水平無顯著差異。對DMGs通過基因本體（GO）和相關信號通路（KEGG）分析,共檢測到419個GO條目和20個信號通路,顯著富集在細胞過程、細胞組分、結合、長期抑制等相關條目中。篩選出5個與肌肉調(diào)控有關的候選基因ACTA2、ROCK1、CALD1、MYH3、MYH10。本研究繪制了灘羊、湖羊和灘湖F2代全基因組甲基化圖譜,為表觀遺傳調(diào)控肌肉發(fā)育研究和肉質(zhì)候選基因的篩選提供理論參考... 

【文章來源】：中國畜牧獸醫(yī). 2020,47(10)北大核心

【文章頁數(shù)】：11 頁

【文章目錄】：
1 材料與方法
    1.1 試驗動物
    1.2 灘羊、湖羊和灘湖F2代背最長肌全基因組測序
        1.2.1 綿羊背最長肌樣本DNA的提取
        1.2.2 上機測序
    1.3 數(shù)據(jù)分析
        1.3.1 參考序列比對
        1.3.2 測序深度統(tǒng)計和胞嘧啶甲基化分析
        1.3.3 差異性甲基化區(qū)域（DMR）分析
        1.3.4 聚類分析
        1.3.5 DMR相關基因富集分析
2 結 果
    2.1 灘羊、湖羊和灘湖F2代背最長肌全基因組測序數(shù)據(jù)比對
    2.2 綿羊背最長肌全基因組甲基化率比較
        2.2.1 綿羊背最長肌全基因組甲基化位點分布
        2.2.2 綿羊背最長肌全基因組甲基化密度圖譜
        2.2.3 綿羊背最長肌全基因組染色體甲基化水平分析
        2.2.4 綿羊背最長肌全基因組基因功能區(qū)域甲基化水平分析
    2.3 綿羊背最長肌CHG、CHH中甲基化C附近堿基的序列特征分析
    2.4 綿羊背最長肌全基因組DMR分析
        2.4.1 綿羊背最長肌全基因組DMRs統(tǒng)計
        2.4.2 綿羊背最長肌全基因組DMRs聚類分析
        2.4.3 綿羊背最長肌全基因組DMR相關基因富集分析
3 討 論
4 結 論


【參考文獻】：
期刊論文
[1]不同性別大白豬肌肉全基因組高分辨率單堿基甲基化差異分析[J]. 郭添福,張志燕,陳冬,姚天雄,肖石軍,黃路生.  畜牧獸醫(yī)學報. 2018(11)

博士論文
[1]杜寒雜交羊與小尾寒羊背最長肌全基因組甲基化與轉(zhuǎn)錄組比較分析[D]. 曹陽.吉林大學 2017
[2]豬不同年齡段骨骼肌的差異甲基化組分析[D]. 樓平兒.四川農(nóng)業(yè)大學 2013

碩士論文
[1]豬肌內(nèi)脂肪全基因組甲基化差異分析及候選基因研究[D]. 張?zhí)?中國農(nóng)業(yè)科學院 2016
[2]豬背部淺層和背部深層脂肪組織全基因組甲基化研究[D]. 張小麗.四川農(nóng)業(yè)大學 2013



本文編號：3155316