內(nèi)蒙古絨山羊是我國著名的絨、肉兼用型地方優(yōu)良山羊品種,經(jīng)過30多年的系統(tǒng)選育工作,其不僅以絨毛品質(zhì)優(yōu)良聞名于世界,而且產(chǎn)絨量在所有絨山羊品種中亦具有明顯優(yōu)勢。隨著選育目標(biāo)轉(zhuǎn)變和市場需求變化,優(yōu)質(zhì)絨毛纖維生產(chǎn)是目前絨山羊育種的主要目標(biāo),在保持產(chǎn)絨量的同時如何降低絨纖維細(xì)度性狀是今后分子生物學(xué)和數(shù)量遺傳育種研究的主要方向。在生產(chǎn)實(shí)踐及本課題組前期研究中發(fā)現(xiàn),絨山羊群體中毛被類型存在遺傳多樣性,統(tǒng)計(jì)學(xué)和遺傳參數(shù)估計(jì)表明,粗毛纖維性狀與絨毛品質(zhì)性狀存在一定的遺傳相關(guān)和表型相關(guān),長毛型在各絨毛經(jīng)濟(jì)性狀等方面具有優(yōu)勢。但關(guān)于毛被類型的性狀變異的調(diào)控機(jī)制和遺傳機(jī)理尚不清楚,在一定程度上阻礙了絨山羊的遺傳改良進(jìn)展。高通量測序技術(shù)的不斷成熟以及測序成本的不斷降低,為從多組學(xué)的角度解析復(fù)雜性狀的遺傳機(jī)制提供了可能。本研究以2018-2019年內(nèi)蒙古億維白絨山羊有限責(zé)任公司（原內(nèi)蒙古白絨山羊種羊場）4-5月份生產(chǎn)性能測定數(shù)據(jù)記錄為基礎(chǔ),通過毛被類型的詳細(xì)表型觀測描述、系譜記錄信息、絨毛纖維的實(shí)驗(yàn)室測量、全基因組DNA重測序以及皮膚毛囊周期轉(zhuǎn)錄組測序等數(shù)據(jù)的綜合挖掘分析,揭示毛被類型表型特征、遺傳方式、遺傳基... 

【文章來源】：內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué)內(nèi)蒙古自治區(qū)

【文章頁數(shù)】：165 頁

【學(xué)位級別】：博士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
1 引言
    1.1 哺乳動物被毛的起源與演化
    1.2 哺乳動物被毛的生物學(xué)特征與開發(fā)利用
        1.2.1 哺乳動物被毛的生物學(xué)特征
        1.2.2 哺乳動物被毛的開發(fā)利用
    1.3 哺乳動物皮膚毛囊的生物學(xué)特征
    1.4 皮膚毛囊發(fā)生發(fā)育的基本規(guī)律
        1.4.1 毛囊的形態(tài)發(fā)生過程
        1.4.2 毛囊的周期性變化過程
        1.4.3 皮膚毛囊與絨毛生長發(fā)育的相關(guān)因子
    1.5 山羊起源與絨山羊遺傳資源現(xiàn)狀
    1.6 動物毛被特征多樣性研究進(jìn)展
        1.6.1 哺乳動物毛被特征多樣性及其遺傳基礎(chǔ)
        1.6.2 絨山羊毛被類型多樣性研究進(jìn)展
    1.7 遺傳標(biāo)記種類
    1.8 高通量測序技術(shù)及其在山羊中的研究應(yīng)用
        1.8.1 全基因組重測序
        1.8.2 轉(zhuǎn)錄組測序
        1.8.3 基因芯片
    1.9 家畜育種的理論方法與生物技術(shù)
    1.10 本文研究的目的、意義和內(nèi)容方法
    1.11 技術(shù)路線圖
2 研究一 內(nèi)蒙古絨山羊不同被毛類型的性狀差異分析
    2.1 前言
    2.2 試驗(yàn)材料
    2.3 試驗(yàn)方法
        2.3.1 檢測指標(biāo)
        2.3.2 數(shù)據(jù)處理與統(tǒng)計(jì)分析
    2.4 結(jié)果與分析
        2.4.1 不同毛被類型絨山羊的表型特征描述
        2.4.2 不同毛被類型絨毛樣品的實(shí)驗(yàn)室觀察
        2.4.3 毛被類型的遺傳方式
        2.4.4 不同年齡毛被類型的比例
        2.4.5 不同毛被類型的特征分布
        2.4.6 不同毛被類型對產(chǎn)絨量、絨厚和抓絨后體重的影響
        2.4.7 不同毛被類型極端個體表型性狀的統(tǒng)計(jì)與方差分析
    2.5 討論
        2.5.1 不同毛被類型的分布與遺傳方式
        2.5.2 不同毛被類型的絨毛品質(zhì)差異
    2.6 小結(jié)
3 研究二 內(nèi)蒙古絨山羊的遺傳變異檢測及FST分化位點(diǎn)的挖掘研究
    3.1 前言
    3.2 試驗(yàn)材料
    3.3 試驗(yàn)方法
        3.3.1 基因組DNA的提取
        3.3.2 全基因組測序
        3.3.3 基因組遺傳變異檢測與注釋
        3.3.4 功能突變的基因注釋與GO/KEGG富集分析
        3.3.5 全基因組SNP位點(diǎn)FST篩選與GO/KEGG富集分析
    3.4 結(jié)果與分析
        3.4.1 DNA提取結(jié)果
        3.4.2 測序質(zhì)量與結(jié)果統(tǒng)計(jì)
        3.4.3 遺傳變異的基因組區(qū)域分布特征
        3.4.4 錯義突變SNP基因注釋與GO/KEGG研究
        3.4.5 移碼突變InDels的基因注釋與GO/KEGG功能研究
        3.4.6 功能突變的韋恩圖分析
ST分布特征">        3.4.7 全基因組SNP位點(diǎn)F_ST分布特征
        3.4.8 FST遺傳分化SNP位點(diǎn)的基因組區(qū)域注釋
        3.4.9 候選基因的GO功能注釋與KEGG富集分析
    3.5 討論
        3.5.1 遺傳變異的基因組特征
        3.5.2 錯義突變基因的挖掘分析
        3.5.3 移碼突變基因的挖掘分析
        3.5.4 具有移碼突變和錯義突變基因的挖掘分析
        3.5.5 遺傳分化較大的候選基因
        3.5.6 FGF5基因突變信息
    3.6 小結(jié)
4 研究三 絨山羊不同毛被類型的全基因組掃描分析
    4.1 前言
    4.2 試驗(yàn)材料
    4.3 試驗(yàn)方法
        4.3.1 連鎖不平衡分析
        4.3.2 群體遺傳結(jié)構(gòu)分析
        4.3.3 全基因組選擇信號掃描分析
        4.3.4 受選擇基因的GO功能注釋與KEGG富集分析
    4.4 結(jié)果與分析
        4.4.1 群體遺傳結(jié)構(gòu)特征
        4.4.2 不同毛被絨山羊選擇信號
        4.4.3 長毛型絨山羊受選擇基因的功能富集分析
        4.4.4 短毛型絨山羊受選擇基因的功能富集分析
    4.5 討論
        4.5.1 絨山羊遺傳結(jié)構(gòu)特征
        4.5.2 長毛型絨山羊的受選擇候選基因
        4.5.3 短毛型絨山羊的受選擇候選基因
        4.5.4 共有的受選擇基因
    4.6 小結(jié)
5 研究四 絨山羊不同毛被類型及毛長的全基因組關(guān)聯(lián)分析
    5.1 前言
    5.2 試驗(yàn)材料
    5.3 試驗(yàn)方法
        5.3.1 不同毛被類型的試驗(yàn)-對照GWAS分析
        5.3.2 毛長性狀的混合線性模型分析
    5.4 結(jié)果與分析
        5.4.1 典型毛被類型表型描述性統(tǒng)計(jì)分析結(jié)果
        5.4.2 不同毛被類型的GWAS分析
        5.4.3 不同毛被類型的候選基因的蛋白互作分析
        5.4.4 毛長性狀的GWAS
        5.4.5 毛長候選基因的GO功能注釋與KEGG富集分析
    5.5 討論
        5.5.1 毛被類型GWAS的候選基因
        5.5.2 毛長性狀GWAS的候選基因
    5.6 小結(jié)
6 研究五 整合GWAS和WGCNA分析挖掘毛被類型相關(guān)的候選基因
    6.1 前言
    6.2 試驗(yàn)材料
    6.3 試驗(yàn)方法
        6.3.1 數(shù)據(jù)篩選與獲得
        6.3.2 權(quán)重共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建
        6.3.3 毛被類型相關(guān)模塊的篩選及基因表達(dá)模式分析
        6.3.4 模塊基因的GO/KEGG富集分析
        6.3.5 模塊基因互作網(wǎng)絡(luò)關(guān)系圖的構(gòu)建
        6.3.6 基因蛋白-蛋白互作網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建
    6.4 結(jié)果與分析
        6.4.1 權(quán)重基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建
        6.4.2 共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建及模塊篩選
        6.4.3 模塊基因表達(dá)模式分析
        6.4.4 模塊基因GO功能注釋與KEGG富集分析
        6.4.5 基因網(wǎng)絡(luò)關(guān)系圖
        6.4.6 蛋白-蛋白互作網(wǎng)絡(luò)分析
    6.5 討論
        6.5.1 WGCNA的Yellow模塊的候選基因
        6.5.2 候選基因的功能分析
        6.5.3 共有基因的潛在功能研究
    6.6 小結(jié)
7 研究六 候選基因的表達(dá)趨勢及與毛被類型的關(guān)聯(lián)分析驗(yàn)證
    7.1 前言
    7.2 試驗(yàn)材料
    7.3 試驗(yàn)方法
        7.3.1 候選基因的RPKM表達(dá)趨勢分析
        7.3.2 DNA提取與質(zhì)檢
        7.3.3 引物設(shè)計(jì)
        7.3.4 PCR反應(yīng)
        7.3.5 Sanger測序
        7.3.6 相關(guān)性統(tǒng)計(jì)分析
    7.4 結(jié)果與分析
        7.4.1 樣本DNA質(zhì)量與完整性
        7.4.2 Sanger測序結(jié)果
        7.4.3 候選基因的表達(dá)趨勢分析
        7.4.4 候選SNP位點(diǎn)與毛被類型關(guān)聯(lián)分析
    7.5 討論
    7.6 小結(jié)
8 全文主要研究結(jié)論
9 展望
致謝
參考文獻(xiàn)
附錄
作者簡介



本文編號：3148476