為研究microRNA（miRNA）在五指山豬和長(zhǎng)白豬肌肉發(fā)育過(guò)程中的差異及其對(duì)骨骼肌發(fā)育轉(zhuǎn)錄后調(diào)控的影響,以8月齡的五指山豬和長(zhǎng)白豬背最長(zhǎng)肌為材料,通過(guò)Solexa測(cè)序技術(shù)結(jié)合生物信息學(xué)篩選與骨骼肌發(fā)育相關(guān)的差異miRNAs。結(jié)果從2個(gè)文庫(kù)中共鑒定獲得311種己知的豬miRNAs,五指山豬和長(zhǎng)白豬分別鑒定出300和293個(gè)已知miRNAs,同時(shí)分別發(fā)現(xiàn)了96和79新的miRNAs。篩選到的17個(gè)差異的miRNAs中有15個(gè)miRNAs在五指山豬背肌中表達(dá)量顯著下調(diào),2個(gè)miRNAs表達(dá)量顯著上調(diào)。這些差異miRNAs靶基因預(yù)測(cè)共靶向574個(gè)基因,富集到30個(gè)差異顯著生物學(xué)通路（P<0.05）,其中富集到胰島素信號(hào)通路的miRNAs有5個(gè)（ssc-miR-362,ssc-miR-455-3p,ssc-miR-497,ssc-miR-499-5p和ssc-miR-874）。本研究從miRNA層面揭示了8月齡五指山豬和長(zhǎng)白豬骨骼肌生長(zhǎng)發(fā)育的差異,為進(jìn)一步研究骨骼肌生長(zhǎng)發(fā)育的分子機(jī)理提供基礎(chǔ)數(shù)據(jù)。 

【文章來(lái)源】：生物技術(shù)通報(bào). 2020,36(10)北大核心CSCD

【文章頁(yè)數(shù)】：9 頁(yè)

【部分圖文】：

8C和8W文庫(kù)小RNA長(zhǎng)度分布圖

運(yùn)用miRNA靶基因預(yù)測(cè)軟件RNAhybrid、miRanda和TargetScan來(lái)預(yù)測(cè)五指山豬和長(zhǎng)白豬差異miRNAs的靶基因,17個(gè)差異miRNAs共預(yù)測(cè)到574個(gè)靶基因轉(zhuǎn)錄本,為更加深入的了解這些基因的生物學(xué)功能,對(duì)這些靶基因進(jìn)行了KEGG通路富集分析,發(fā)現(xiàn)共富集到263條生物學(xué)通路,其中有30個(gè)顯著富集通路(P<0.05)(表6)。這些顯著富集到的通路中,有已報(bào)道的與肌肉生長(zhǎng)發(fā)育相關(guān)的胰島素信號(hào)通路。該信號(hào)通路共有13個(gè)靶基因參與,涉及到5個(gè)差異miRNAs,分別為:ssc-miR-362,ssc-miR-455-3p,ssc-miR-497,ssc-miR-499-5p和ssc-miR-874,其中ssc-miR-874有7個(gè)靶基因參與到胰島素信號(hào)通路(表7)。表6 差異miRNA靶基因的KEGG通路分析 通路 基因數(shù) 通路 基因數(shù) Chemokine signaling pathway 19 Insulin signaling pathway 14 Leukocyte transendothelial migration 16 Apoptosis 9 Carbohydrate digestion and absorption 8 Pathways in cancer 27 Inositol phosphate metabolism 9 VEGF signaling pathway 7 NOD-like receptor signaling pathway 10 Gap junction 9 Fc gamma R-mediated phagocytosis 12 Jak-STAT signaling pathway 12 Rap1 signaling pathway 23 Regulation of lipolysis in adipocytes 6 Estrogen signaling pathway 12 Insulin secretion 8 Phospholipase D signaling pathway 15 Leishmaniasis 6 B cell receptor signaling pathway 10 Type II diabetes mellitus 6 Focal adhesion 21 Pancreatic cancer 7 T cell receptor signaling pathway 13 Toxoplasmosis 9 Fc epsilon RI signaling pathway 8 Propanoate metabolism 4 Toll-like receptor signaling pathway 10 Phosphatidylinositol signaling system 10 Bacterial invasion of epithelial cells 10 Aldosterone-regulated sodium reabsorption 5

圖1 8C和8W文庫(kù)小RNA長(zhǎng)度分布圖首先,將測(cè)序所得的clean reads與miRbase22.1.中已知的豬miRNA前體序列進(jìn)行比對(duì),結(jié)果顯示,從2個(gè)文庫(kù)中共鑒定獲得311種己知的豬miRNAs,長(zhǎng)白豬和五指山豬分別鑒定出293和300個(gè)已知miRNAs,其中有283個(gè)miRNAs共表達(dá),這些miRNAs分別能被定位到266和271個(gè)豬已知的miRNA前體上(表3)。對(duì)miRNAs表達(dá)量進(jìn)行統(tǒng)計(jì)后發(fā)現(xiàn),ssc-miR-206、ssc-miR-1、ssc-miR-26a、ssc-miR-let7家族、ssc-miR-10、ssc-miR-133等多個(gè)miRNAs在背肌8月齡五指山豬和長(zhǎng)白豬背肌組織中均高表達(dá)(表4)。對(duì)于比對(duì)上豬基因組但未注釋上任何RNA類型的 clean reads,結(jié)合miRNA的生物學(xué)特征,運(yùn)用mireap 預(yù)測(cè)軟件對(duì)其進(jìn)行新miRNA預(yù)測(cè)分析,結(jié)果在五指山豬中共發(fā)現(xiàn)了96新的miRNAs,長(zhǎng)白豬中有79個(gè)新miRNAs被發(fā)現(xiàn)。新發(fā)現(xiàn)的miRNAs表達(dá)量都很低,RPKM值均大于300的miRNA僅有1個(gè),為ssc-novel-miR-4(表4)。


本文編號(hào)：3142412