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利用雞胚表達譜數(shù)據(jù)篩選皮膚發(fā)育相關基因的研究

發(fā)布時間:2021-04-12 16:29
  家雞(Gallus domesticus)軀體被覆羽毛而跖部為鱗片狀皮膚,代表了比較典型的皮膚結(jié)構(gòu),是研究皮膚調(diào)控機理的理想模型。本研究利用來航雞胚胎期背部和跖部皮膚的表達譜數(shù)據(jù)(GSE62882),篩選不同日齡胚胎背部羽毛皮膚上皮(7 d、9 d)、間充質(zhì)(7 d、9 d)和跖部鱗片皮膚上皮(9 d、11 d)、間充質(zhì)(9 d、11d)的差異表達基因,探討胚胎皮膚發(fā)育的調(diào)控通路。結(jié)果顯示:羽毛皮膚上皮(7d、9d)鱗片皮膚上皮(9 d、11 d)差異表達顯著基因(Padj<0.05),分別為28個和116個;對4組極表達差異顯著基因(P<0.01)進行GO分析,發(fā)現(xiàn)富集在單細胞組織發(fā)育相關條目的差異基因最多,羽毛上皮(7 d、9 d)部分差異基因富集在細胞黏附;4組差異基因的KEGG分析中,篩選出共同的信號通路黏附斑激酶(FAK)信號通路,該通路介導的細胞黏附活動可能參與雞胚胎皮膚發(fā)育過程。血小板源性生長因子(Platelet Derived Growth FactorSubunitB,PDFGB)、關鍵基因纖維連接蛋白1(Fibronectin1,FN1)和細胞基質(zhì)蛋白... 

【文章來源】:中國畜牧雜志. 2020,56(09)北大核心

【文章頁數(shù)】:6 頁

【部分圖文】:

利用雞胚表達譜數(shù)據(jù)篩選皮膚發(fā)育相關基因的研究


20個樣本表達量數(shù)據(jù)標準化后的統(tǒng)計信息

基因,差異分析,核心


4組差異基因(P<0.01)韋恩圖解分析結(jié)果如圖2所示,脂肪酸結(jié)合蛋白(Fatty Acid Binding Protein7,FABP7)在4組差異分析中均為差異基因(P<0.01),FE7-9、FM7-9和SE9-11有27個共同基因。FE7-9和SE9-11含有184個共同基因(FE-SE)。對FE7-9、FM7-9、SE9-11、SM9-11和FE-SE的基因進行核心基因分析并合并作圖(圖3),可見核心基因組成一個較大的互作網(wǎng)絡,并通過關鍵基因纖維連接蛋白1(Fibronectin1,FN1)和血小板源性生長因子(Platelet Derived Growth Factor Subunit B,PDFGB)連接在一起。圖3 4組差異分析的核心基因合并后的互作圖

基因,差異分析,核心


4組差異分析的核心基因合并后的互作圖


本文編號:3133608

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