基于不同靶基因的3種住肉孢子蟲PCR檢測方法比較
發(fā)布時(shí)間:2021-04-10 19:26
為篩選敏感、特異的住肉孢子蟲(Sarcocystis spp.)PCR檢測方法,對以住肉孢子蟲18S rRNA、28S rRNA和線粒體細(xì)胞色素C氧化酶I基因(cox 1)的部分片段為靶基因設(shè)計(jì)的3套引物建立的PCR方法進(jìn)行敏感性和特異性試驗(yàn),并對田間采集的100份牛源和豬源肌肉樣品進(jìn)行檢測。結(jié)果顯示,以18S rRNA和28S rRNA為靶基因的PCR檢測方法的敏感性相似,DNA最小檢出量均為1×10-2 ng/μL;而以cox 1為靶基因的PCR檢測方法敏感性相對較低,DNA的最低檢出量為1 ng/μL。對7種不同寄生蟲DNA進(jìn)行特異性試驗(yàn),結(jié)果以cox 1基因?yàn)榘谢虻腜CR方法特異性較好,僅能夠擴(kuò)增出枯氏住肉孢子蟲(Sarcocystis cruzi)DNA;以18S rRNA為靶基因的PCR法,除枯氏住肉孢子蟲外,剛地弓形蟲和微小隱孢子蟲也有相似擴(kuò)增條帶;以28S rRNA為靶基因的PCR法,除枯氏住肉孢子蟲外,剛地弓形蟲、微小隱孢子蟲和歐猥迭宮絳蟲DNA也能擴(kuò)增出雜帶,但大小不符。利用3種方法對100份牦牛和豬肉樣品進(jìn)行擴(kuò)增,發(fā)現(xiàn)以18S rRNA、2...
【文章來源】:動(dòng)物醫(yī)學(xué)進(jìn)展. 2020,41(12)北大核心
【文章頁數(shù)】:6 頁
【部分圖文】:
特異性試驗(yàn)
表3 田間樣品的檢測結(jié)果Table 3 Detection results of field samples 方法Method 樣品數(shù)Sample No. 陽性數(shù)Positive No. 陽性率/%Positive rate LSU rRNA-PCR 100 43 43.0 COI-PCR 100 38 38.0 SSU rRNA-PCR 100 36 36.0 平均值 Average value 100 39 39.0有研究表明,18S rRNA和28S rRNA基因由于其在基因組中的豐度很高,而且既有相對高變的區(qū)域,也有高度保守的序列,這些特性使其被廣泛應(yīng)用于包括住肉孢子蟲在內(nèi)的原蟲的種類鑒別及系統(tǒng)發(fā)育分析[10]。而線粒體DNA分子呈母系遺傳,具有快速進(jìn)化的特征,已被廣泛用于研究種群結(jié)構(gòu)、物種區(qū)分等方面[15]。cox1基因是線粒體基因組中比較保守的基因,具有中度的變異速率,適宜于種間的分類鑒別和系統(tǒng)發(fā)育分析,近年來已被應(yīng)用于住肉孢子蟲分類研究[16-17]。
本文編號:3130204
【文章來源】:動(dòng)物醫(yī)學(xué)進(jìn)展. 2020,41(12)北大核心
【文章頁數(shù)】:6 頁
【部分圖文】:
特異性試驗(yàn)
表3 田間樣品的檢測結(jié)果Table 3 Detection results of field samples 方法Method 樣品數(shù)Sample No. 陽性數(shù)Positive No. 陽性率/%Positive rate LSU rRNA-PCR 100 43 43.0 COI-PCR 100 38 38.0 SSU rRNA-PCR 100 36 36.0 平均值 Average value 100 39 39.0有研究表明,18S rRNA和28S rRNA基因由于其在基因組中的豐度很高,而且既有相對高變的區(qū)域,也有高度保守的序列,這些特性使其被廣泛應(yīng)用于包括住肉孢子蟲在內(nèi)的原蟲的種類鑒別及系統(tǒng)發(fā)育分析[10]。而線粒體DNA分子呈母系遺傳,具有快速進(jìn)化的特征,已被廣泛用于研究種群結(jié)構(gòu)、物種區(qū)分等方面[15]。cox1基因是線粒體基因組中比較保守的基因,具有中度的變異速率,適宜于種間的分類鑒別和系統(tǒng)發(fā)育分析,近年來已被應(yīng)用于住肉孢子蟲分類研究[16-17]。
本文編號:3130204
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