目的：采用Solexa高通量測(cè)序技術(shù)對(duì)濟(jì)寧青山羊和萊蕪黑山羊發(fā)情后卵巢組織轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行測(cè)序和功能分析，重點(diǎn)分析新發(fā)現(xiàn)的未注釋的新基因以及與繁殖性能相關(guān)的基因，分別檢測(cè)了處于自然發(fā)情期的濟(jì)寧青山羊和萊蕪黑山羊卵巢組織的基因表達(dá)情況，以期找出調(diào)控山羊高繁多胎基因，探討多胎的遺傳機(jī)制，以及濟(jì)寧青山羊和萊蕪黑山羊品種間繁殖力差異的分子生物學(xué)機(jī)理。方法：1.本實(shí)驗(yàn)選取青島奧特種羊場(chǎng)各項(xiàng)指標(biāo)符合實(shí)驗(yàn)要求的萊蕪黑山羊和濟(jì)寧青山羊各5只，對(duì)這10只母羊進(jìn)行同期發(fā)情處理。鑒定發(fā)情的方法我們采用的是陰道檢查法和公羊試情法，母羊發(fā)情發(fā)后四到五小時(shí)內(nèi)將其屠宰，把卵巢組織取出后，剪碎放入凍存管，編號(hào)并且迅速放入液氮罐中，用于提取組織總RNA。2.對(duì)萊蕪黑山羊和濟(jì)寧青山羊卵巢組織中提取的總RNA進(jìn)行純化，然后構(gòu)建solexa測(cè)序文庫(kù)，將構(gòu)建好的文庫(kù)進(jìn)行Solexa測(cè)序，進(jìn)行差異表達(dá)基因篩選。通過(guò)差異表達(dá)基因GO分析與Pathway分析，篩選出萊蕪黑山羊和濟(jì)寧青山羊之間差異表達(dá)的基因，對(duì)新基因做功能注釋和富集分析，可以分別得到差異表達(dá)基因的蛋白質(zhì)和COG功能注釋。根據(jù)蛋白數(shù)據(jù)庫(kù)注釋信息我們能得到GO功能注釋。根據(jù)KE... 

【文章來(lái)源】：中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院北京市

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【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

重測(cè)序分析流程圖

圖 1.2 Sanger 法測(cè)序流程Fig 1.2 The method process of Sanger sequencing technology.4.2 Solexa 測(cè)序原理及流程介紹Solexa 是一種基于邊合成邊測(cè)序技術(shù)(Sequencing-By-Synthesis，SBS)的新型測(cè)序方法。通用單分子陣列實(shí)現(xiàn)在小型芯片(FlowCell)上進(jìn)行 PCR 反應(yīng)。新的可逆阻斷技術(shù)可以實(shí)現(xiàn)每次成一個(gè)堿基，并標(biāo)記熒光基團(tuán)，再利用相應(yīng)的激光激發(fā)熒光基團(tuán)，捕獲激發(fā)光，從而讀取堿息。Solexa 實(shí)現(xiàn)高通量的方法有兩種，一是通過(guò)橋式 PCR，突破用一個(gè)容器來(lái)容納一個(gè)反應(yīng)的傳統(tǒng)做法即把模板 DNA“種”在一塊板上，像養(yǎng)竹子一樣在周圍擴(kuò)增（橋式 PCR）；二是通變反應(yīng)控制方式，這樣就放棄了跑電泳分辨熒光的方法，只能采取邊合成邊檢測(cè)信號(hào)的方法要一種可控的方式阻斷合成反應(yīng)，每次只反應(yīng)一個(gè)堿基，從空間的控制變?yōu)檫M(jìn)程控制。solex序有單向測(cè)序（Single-ReadSequencing）和雙向測(cè)序（Paired-EndSequencing）兩種方式，單序指只檢測(cè)基因片段一端的序列信息，雙向測(cè)序是指檢測(cè)基因片段的兩端序列信息。Solexa 點(diǎn)是：通量大且可擴(kuò)展；只要能夠讓 cluster 在可區(qū)分的情況下長(zhǎng)得密集就能增加通量；成本低列短；信噪比會(huì)隨著沖洗次數(shù)增加而降低；靈活性差，對(duì)小數(shù)據(jù)量測(cè)序不適用。

圖 1.3 Solexa 測(cè)序流程圖Fig 1.3 The method process of solexa sequencing technology4.3 454 測(cè)序454 測(cè)序的特點(diǎn)是“一代半”測(cè)序，即沒(méi)有擺脫容器反應(yīng)，只是把容器做小了。這種測(cè)序的特是不能在質(zhì)上不斷提高通量，并且有較高的通量，測(cè)序的序列長(zhǎng)，但是長(zhǎng)度需要根據(jù)序列的結(jié)而定，對(duì)于堿基有偏好性的 DNA，結(jié)果容易出現(xiàn) indel 錯(cuò)誤，測(cè)序流程如圖 1.4 所示。

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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