基質(zhì)金屬蛋白酶14（MMP14）是基質(zhì)金屬蛋白酶家族中首個被發(fā)現(xiàn)的膜型基質(zhì)金屬蛋白酶。MMP14蛋白能水解多種細胞外基質(zhì)組分和血清蛋白,促進細胞外基質(zhì)降解,并可水解細胞因子、趨化因子和生長因子等。研究發(fā)現(xiàn)豬肺泡巨噬細胞（PAM）中存在2種豬MMP14轉(zhuǎn)錄本,利用熒光定量PCR技術(shù)檢測了PRRSV感染的豬PAM細胞中豬MMP14基因不同轉(zhuǎn)錄本的表達水平變化,發(fā)現(xiàn)PRRSV感染后導致轉(zhuǎn)錄本NM₂14239.2顯著下調(diào)表達（P<0.05）,而轉(zhuǎn)錄本XM₀21098303.1極顯著上調(diào)表達（P<0.01）。通過生物信息學分析發(fā)現(xiàn),2種轉(zhuǎn)錄本編碼的蛋白前肽區(qū)序列存在明顯差異。XM₀21098303.1編碼的蛋白比NM₂14239.2編碼的蛋白序缺少了RRKR基序和PG_binding₁功能區(qū),可能導致MMP14蛋白不具有功能活性。推測PRRSV感染后抑制MMP14活性,與PRRSV刺激細胞因子與趨化因子的大量表達相關(guān)。然而,MMP14在PRRSV感染中的具... 

【文章來源】：湖北農(nóng)業(yè)科學. 2020,59(23)

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MMP14不同轉(zhuǎn)錄本熒光定量檢測引物設(shè)計位置

根據(jù)以上特征，本研究設(shè)計了3對熒光定量PCR引物，第1對引物（MMP14-F1）只能擴增出XM＿021098303.1序列，第2對引物（MMP14-F2）只能擴增出NM＿214239.2序列，而第3對引物（MMP14-F3)2種轉(zhuǎn)錄本均能擴增出來。在PRRSV感染24 h后的PAM細胞中，分別采用以上3對引物檢測MMP14不同轉(zhuǎn)錄本的表達情況，結(jié)果如圖2所示。由圖2可知，與未感染組（MOCK）相比，PRRSV感染組MMP14表達量整體下調(diào)，其中轉(zhuǎn)錄本NM＿214239.2表達量顯著下調(diào)（P<0.05），而轉(zhuǎn)錄本XM＿021098303.1表達量卻極顯著上調(diào)（P<0.01）。2.2 豬MMP14基因不同轉(zhuǎn)錄本編碼蛋白結(jié)構(gòu)預測分析

轉(zhuǎn)錄本XM＿021098303.1編碼的蛋白為XP＿020953962.1，由594個氨基酸組成；另一個轉(zhuǎn)錄本NM＿214239.2編碼的蛋白為NP＿999404.2，由580個氨基酸組成。2種編碼的蛋白序列主要是前端序列有差異，如圖3中下劃線區(qū)域的序列所示。利用生物信息學工具TMHMM-2.0分析蛋白質(zhì)跨膜螺旋結(jié)構(gòu)區(qū)域，發(fā)現(xiàn)這2種蛋白均具有明顯的跨膜功能區(qū)（圖4），說明2種蛋白的序列差異并不影響蛋白的跨膜功能。在此基礎(chǔ)上，利用CDD和Pfam數(shù)據(jù)庫分析2種蛋白的結(jié)構(gòu)域，結(jié)果如圖5所示。由圖5可知，2種蛋白都具有MMP蛋白家族的典型結(jié)構(gòu)域，如基質(zhì)蛋白酶（Peptidase＿M10,Matrixin）和血紅蛋白樣重復結(jié)構(gòu)（HX,Hemopexin-like repeats）。其主要區(qū)別是XM＿021098303.1編碼的XP＿020953962.1蛋白缺少1個假定肽聚糖結(jié)合域（PG＿binding＿1,Putative peptidoglycan binding domain）。圖4 MMP14不同轉(zhuǎn)錄本編碼蛋白膜跨越區(qū)域預測結(jié)果

【參考文獻】：
期刊論文
[1]細菌肽聚糖及其應用[J]. 陳國勝,谷欣,張想竹.  安陽工學院學報. 2007(06)



本文編號：3111129