第一部分:蘇太豬血常規(guī)全基因組關(guān)聯(lián)分析;為定位影響家豬血細(xì)胞以及其蛋白濃度等血液性狀的數(shù)量性狀位點(diǎn)（Quantitative trait loci, QTL），理解并解析血細(xì)胞生成與代謝的分子機(jī)理，我們測(cè)定了495頭蘇太豬群體的紅、白細(xì)胞數(shù)目、濃度等15個(gè)血液參數(shù)，并用Illumina60K芯片判定了所有個(gè)體的基因型。在此基礎(chǔ)上，采用單標(biāo)記關(guān)聯(lián)分析（Single-marker association）以及單倍型關(guān)聯(lián)分析（Haplotype association）的模型，對(duì)所測(cè)定的血常規(guī)性狀進(jìn)行了全基因數(shù)量性狀位點(diǎn)定位（whole genome QTLmapping）。我們總共定位到了651個(gè)顯著關(guān)聯(lián)的單核苷酸多態(tài)性位點(diǎn)（SNPs）,其中達(dá)到全基因組水平SNPs有198個(gè)。在2號(hào)以及7號(hào)染色體上檢測(cè)到4個(gè)一因多效的SNPs，它們同時(shí)影響平均紅細(xì)胞容積（MCV）,平均紅細(xì)胞血紅蛋白含量（MCH）和大血小板比率（P-LCR）等多個(gè)表型。在單標(biāo)記全基因組關(guān)聯(lián)分析（singlemarkerGWAS）過程中，我們共鑒定到161個(gè)顯著SNPs，其中達(dá)到全基因組水平的SNPs44個(gè)，大部分位于2號(hào)染... 

【文章來源】：江西農(nóng)業(yè)大學(xué)江西省

【文章頁數(shù)】：51 頁

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
第一章 文獻(xiàn)綜述
    1.1 血液細(xì)胞
        1.1.1 血液細(xì)胞的組成及其功能
        1.1.2 血常規(guī)檢測(cè)及其意義
    1.2 全基因組關(guān)聯(lián)分析（GWAS）
    1.3 單倍型關(guān)聯(lián)分析
    1.4 家豬中血液性狀遺傳學(xué)的相關(guān)研究
    1.5 可視化的功能及意義
    1.6 對(duì)關(guān)聯(lián)分析結(jié)果可視化的相關(guān)工具
    1.7 本研究的目的及意義
第二章 蘇太豬血液性狀的全基因組關(guān)聯(lián)分析
    2.1 引言
    2.2 實(shí)驗(yàn)材料與方法
        2.2.1 實(shí)驗(yàn)動(dòng)物
        2.2.2 血液性狀的測(cè)定
        2.2.3 基因分型和質(zhì)量控制
        2.2.4 統(tǒng)計(jì)分析
    2.3 結(jié)果
        2.3.1 表型統(tǒng)計(jì)分析和質(zhì)量控制后的 SNP 特征
        2.3.2 質(zhì)量控制結(jié)果
        2.3.3 全基因組關(guān)聯(lián)分析結(jié)果
            2.3.3.1 紅細(xì)胞性狀
            2.3.3.2 白細(xì)胞性狀
            2.3.3.3 血小板性狀
    2.4 分析與討論
        2.4.1 與前人報(bào)道的比較
        2.4.2 比較單標(biāo)記 GWAS 與單倍型關(guān)聯(lián)分析的結(jié)果
        2.4.3 可能的一因多效 QTLs
        2.4.4 候選功能基因
第三章 RPARP：繪制關(guān)聯(lián)分析結(jié)果區(qū)域圖的 R 包
    3.1 引言
    3.2 實(shí)現(xiàn)
        3.2.1 數(shù)據(jù)庫
        3.2.2 默認(rèn)參數(shù)
        3.2.3 可選參數(shù)
    3.3 結(jié)果
小結(jié)
參考文獻(xiàn)
致謝
附錄


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]豬2、7和8號(hào)染色體上影響血常規(guī)指標(biāo)的數(shù)量性狀基因座（QTL）檢測(cè)[J]. 鞏元芳,盧昕,王志鵬,李珊,邱小田,張勤.  生物化學(xué)與生物物理進(jìn)展. 2008(11)
[2]中國(guó)瘦肉型豬新品種——蘇太豬[J]. 莊慶士,梁偉東,叢樹發(fā),陳國(guó)福,師慶偉.  現(xiàn)代化農(nóng)業(yè). 2007(12)



本文編號(hào)：3109216