豬圓環(huán)病毒2型（Porcine circovirus type 2,PCV2）引起豬圓環(huán)病毒病（Porcine circovirus diseases,PCVDs）或豬圓環(huán)病毒相關(guān)疾�。≒orcine circovirus-associated diseases,PCVADs）,嚴(yán)重危害全球養(yǎng)豬業(yè)。PCV2吸附在細(xì)胞表面的糖胺聚糖上,經(jīng)胞吞入胞,并在胞內(nèi)蛋白酶作用下將核酸釋放進(jìn)細(xì)胞質(zhì),之后,核酸在宿主因子的作用下轉(zhuǎn)移至細(xì)胞核中進(jìn)行復(fù)制,并依賴宿主元件進(jìn)行組裝,最后利用宿主因子釋放出病毒粒子。因此,研究宿主因子在病毒感染過程中的作用有望解析PCV2的致病機(jī)制。本研究基于前期PCV2感染PK-15細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄組測序（RNA Sequence,RNA-Seq）結(jié)果,通過生物信息學(xué)分析篩選PCV2感染相關(guān)的宿主因子。結(jié)果篩選出18個差異表達(dá)基因,包括12個上調(diào)基因和6個下調(diào)基因。同時,利用實時熒光定量PCR（Real-time quantitative PCR,RT-qPCR）方法對18個差異表達(dá)基因進(jìn)行驗證,發(fā)現(xiàn)5個下調(diào)基因HMGB2、CLDN6、TNFSF4、THBS1、IFNGR1的mRN... 

【文章來源】：吉林大學(xué)吉林省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：109 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

AMPK亞基結(jié)構(gòu)域[70]

271.3結(jié)果1.3.1差異基因的篩選和分析前期的測序數(shù)據(jù)質(zhì)量監(jiān)控和差異基因篩選結(jié)果表明[96]：（1）測序結(jié)果良好、可利用率高；（2）實驗組和對照組顯著差異表達(dá)基因為3519個，顯著上調(diào)基因為756個，2763個顯著下調(diào)基因；（3）聚類分析結(jié)果顯示，大多數(shù)差異基因由同一分支進(jìn)化而來，且基因功能相似。這些結(jié)果表明，所獲得的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)可用于相關(guān)分析。因此，本研究對前期轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)進(jìn)行進(jìn)一步的分析驗證。1.3.2差異表達(dá)基因GO分析基于前期轉(zhuǎn)錄組分析數(shù)據(jù)質(zhì)量結(jié)果的分析，本研究分別對差異上調(diào)和下調(diào)基因進(jìn)行GO分析，GO分類分析結(jié)果如圖1.1所示，結(jié)果表明在生物學(xué)過程分類中差異表達(dá)基因集中于細(xì)胞過程；在細(xì)胞組分分類中，差異表達(dá)基因集中于二級分類的細(xì)胞中；在分子功能分類中，差異表達(dá)基因集中于分子結(jié)合。圖1.1差異表達(dá)基因GO分類分析左圖：差異表達(dá)上調(diào)基因右圖：差異表達(dá)下調(diào)基因Fig.1.1GOanalysisofdifferentiallyexpressedgenes（DEGs）Left：DifferentiallyexpressedupregulatedgenesRight：Differentiallyexpresseddownregulatedgenes為進(jìn)一步分析PCV2感染后PK-15細(xì)胞中與病毒感染相關(guān)的細(xì)胞因子，從圖1.1中的生物學(xué)過程分類中選擇Immunesystemprocess、Responsetostimulus、Signaing三個過程中的163個差異上調(diào)基因和440個差異下調(diào)基因分別進(jìn)行GO富集分析。GO富集結(jié)果表明，差異上調(diào)基因主要集中于細(xì)胞刺激反應(yīng)等過程；

28差異下調(diào)基因集中于細(xì)胞過程和細(xì)胞調(diào)控過程等（圖1.2）。圖1.2BP-差異表達(dá)基因GO富集分析左圖：差異表達(dá)上調(diào)基因右圖：差異表達(dá)下調(diào)基因Fig.1.2GOanalysisofBP-DEGsLeft：DifferentiallyexpressedupregulatedgenesRight：Differentiallyexpresseddownregulatedgenes1.3.3差異表達(dá)基因KEGG分析將篩選的163個差異上調(diào)基因和440個差異下調(diào)基因進(jìn)行KEGG分析，從而對差異基因進(jìn)行生物通路分類。KEGG通路分為6個分支：細(xì)胞過程、環(huán)境信息處理、遺傳信息處理、人類疾并代謝、有機(jī)系統(tǒng)。KEGG分類分析結(jié)果表明：差異上調(diào)基因主要集中于有機(jī)系統(tǒng)中的免疫系統(tǒng)分類中；差異下調(diào)基因主要集中于環(huán)境信息處理的信號轉(zhuǎn)導(dǎo)分類中（圖1.3）。KEGG富集分析結(jié)果顯示：差異上調(diào)基因集中于細(xì)胞因子受體互作、Toll樣受體信號通路、趨化因子信號通路、NOD樣受體信號通路和人類巨細(xì)胞病毒感染等；差異下調(diào)基因集中于癌癥通路、MAPK通路和Ras信號通路等（圖1.4）。KEGG富集結(jié)果進(jìn)一步表明PCV2通過激活胞內(nèi)DNA識別受體信號通路和負(fù)調(diào)控MAPK通路調(diào)節(jié)細(xì)胞免疫。

【參考文獻(xiàn)】：
碩士論文
[1]PCV2對人源細(xì)胞系感染的研究及轉(zhuǎn)錄組分析[D]. 劉曉慧.吉林大學(xué) 2019



本文編號：3100476