豬圓環(huán)病毒2型（Porcine circovirus type 2,PCV2）引起豬圓環(huán)病毒�。≒orcine circovirus diseases,PCVDs）或豬圓環(huán)病毒相關疾�。≒orcine circovirus-associated diseases,PCVADs）,嚴重危害全球養(yǎng)豬業(yè)。PCV2吸附在細胞表面的糖胺聚糖上,經(jīng)胞吞入胞,并在胞內(nèi)蛋白酶作用下將核酸釋放進細胞質,之后,核酸在宿主因子的作用下轉移至細胞核中進行復制,并依賴宿主元件進行組裝,最后利用宿主因子釋放出病毒粒子。因此,研究宿主因子在病毒感染過程中的作用有望解析PCV2的致病機制。本研究基于前期PCV2感染PK-15細胞的轉錄組測序（RNA Sequence,RNA-Seq）結果,通過生物信息學分析篩選PCV2感染相關的宿主因子。結果篩選出18個差異表達基因,包括12個上調基因和6個下調基因。同時,利用實時熒光定量PCR（Real-time quantitative PCR,RT-qPCR）方法對18個差異表達基因進行驗證,發(fā)現(xiàn)5個下調基因HMGB2、CLDN6、TNFSF4、THBS1、IFNGR1的mRN... 

【文章來源】：吉林大學吉林省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

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【學位級別】：碩士

【部分圖文】：

AMPK亞基結構域[70]

271.3結果1.3.1差異基因的篩選和分析前期的測序數(shù)據(jù)質量監(jiān)控和差異基因篩選結果表明[96]：（1）測序結果良好、可利用率高；（2）實驗組和對照組顯著差異表達基因為3519個，顯著上調基因為756個，2763個顯著下調基因；（3）聚類分析結果顯示，大多數(shù)差異基因由同一分支進化而來，且基因功能相似。這些結果表明，所獲得的轉錄組數(shù)據(jù)可用于相關分析。因此，本研究對前期轉錄組數(shù)據(jù)進行進一步的分析驗證。1.3.2差異表達基因GO分析基于前期轉錄組分析數(shù)據(jù)質量結果的分析，本研究分別對差異上調和下調基因進行GO分析，GO分類分析結果如圖1.1所示，結果表明在生物學過程分類中差異表達基因集中于細胞過程；在細胞組分分類中，差異表達基因集中于二級分類的細胞中；在分子功能分類中，差異表達基因集中于分子結合。圖1.1差異表達基因GO分類分析左圖：差異表達上調基因右圖：差異表達下調基因Fig.1.1GOanalysisofdifferentiallyexpressedgenes（DEGs）Left：DifferentiallyexpressedupregulatedgenesRight：Differentiallyexpresseddownregulatedgenes為進一步分析PCV2感染后PK-15細胞中與病毒感染相關的細胞因子，從圖1.1中的生物學過程分類中選擇Immunesystemprocess、Responsetostimulus、Signaing三個過程中的163個差異上調基因和440個差異下調基因分別進行GO富集分析。GO富集結果表明，差異上調基因主要集中于細胞刺激反應等過程；

28差異下調基因集中于細胞過程和細胞調控過程等（圖1.2）。圖1.2BP-差異表達基因GO富集分析左圖：差異表達上調基因右圖：差異表達下調基因Fig.1.2GOanalysisofBP-DEGsLeft：DifferentiallyexpressedupregulatedgenesRight：Differentiallyexpresseddownregulatedgenes1.3.3差異表達基因KEGG分析將篩選的163個差異上調基因和440個差異下調基因進行KEGG分析，從而對差異基因進行生物通路分類。KEGG通路分為6個分支：細胞過程、環(huán)境信息處理、遺傳信息處理、人類疾并代謝、有機系統(tǒng)。KEGG分類分析結果表明：差異上調基因主要集中于有機系統(tǒng)中的免疫系統(tǒng)分類中；差異下調基因主要集中于環(huán)境信息處理的信號轉導分類中（圖1.3）。KEGG富集分析結果顯示：差異上調基因集中于細胞因子受體互作、Toll樣受體信號通路、趨化因子信號通路、NOD樣受體信號通路和人類巨細胞病毒感染等；差異下調基因集中于癌癥通路、MAPK通路和Ras信號通路等（圖1.4）。KEGG富集結果進一步表明PCV2通過激活胞內(nèi)DNA識別受體信號通路和負調控MAPK通路調節(jié)細胞免疫。

【參考文獻】：
碩士論文
[1]PCV2對人源細胞系感染的研究及轉錄組分析[D]. 劉曉慧.吉林大學 2019



本文編號：3100476