從生產(chǎn)角度,脂肪組織在不同部位的沉積對豬胴體性狀和肉品質(zhì)產(chǎn)生不同的影響,皮下脂肪沉積在皮下組織主要影響豬胴體性狀,而肌內(nèi)脂肪沉積在肌肉組織中主要影響豬肉品質(zhì)。在組織發(fā)育特征上,皮下脂肪和肌內(nèi)脂肪具有明顯的時空特異性；進(jìn)一步研究發(fā)現(xiàn),在脂肪細(xì)胞生成過程中,來源于皮下和肌內(nèi)的脂肪前體細(xì)胞呈現(xiàn)出不同的分化潛能。這些結(jié)果均暗示了在皮下和肌內(nèi)脂肪前體脂肪成脂分化過程中可能存在不同的調(diào)控機(jī)制。因此,本研究的目的一方面通過比較豬皮下和肌內(nèi)脂肪前體細(xì)胞在成脂分化過程中基因的表達(dá)水平,研究豬皮下和肌內(nèi)脂肪前體細(xì)胞在分化過程中轉(zhuǎn)錄水平上的差異；另一方面通過篩選和分析豬皮下和肌內(nèi)脂肪前體細(xì)胞成脂分化過程中的差異表達(dá)基因,鑒定出影響豬皮下和肌內(nèi)脂肪分化的重要調(diào)控因子。本研究的內(nèi)容分為三部分：第一部分主要是利用RNA-Seq技術(shù)比較皮下和肌內(nèi)脂肪前體細(xì)胞在成脂分化過程中基因的表達(dá)水平；并研究皮下和肌內(nèi)脂肪前體細(xì)胞之間的差異表達(dá)基因在成脂分化過程中表達(dá)變化規(guī)律。第二部分主要是在豬皮下和肌內(nèi)脂肪前體細(xì)胞成脂分化過程中分別研究基因表達(dá)的變化情況,并通過后續(xù)的生物信息學(xué)分析來靶定影響豬脂肪分化的重要候選調(diào)控因子。第三部... 

【文章來源】：華中農(nóng)業(yè)大學(xué)湖北省 211工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：142 頁

【學(xué)位級別】：博士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
縮略語表
第一章 文獻(xiàn)綜述
    1 前言
    2 豬脂肪組織沉積
        2.1 豬脂肪組織沉積部位的分布
        2.2 皮下脂肪與肌內(nèi)脂肪的比較
    3 脂肪細(xì)胞生成
        3.1 動物體內(nèi)脂肪細(xì)胞的來源
        3.2 脂肪生成過程
        3.3 調(diào)控脂肪分化的主要信號通路
        3.4 調(diào)控脂肪分化的主要轉(zhuǎn)錄因子
            3.4.1 轉(zhuǎn)錄因子在脂肪分化過程中的作用
            3.4.2 脂肪分化的核心轉(zhuǎn)錄因子-PPARγ
            3.4.3 脂肪分化的關(guān)鍵轉(zhuǎn)錄因子-C/EBPs家族
    4 KLFs家族調(diào)控脂肪分化的研究進(jìn)展
        4.1 KLFs家族成員的結(jié)構(gòu)和功能
        4.2 KLFs在脂肪分化過程中的作用及方式
            4.2.1 促進(jìn)脂肪分化的KLFs
            4.2.2 抑制脂肪分化的KLFs
        4.3 KLF13研究進(jìn)展
            4.3.1 KLF13結(jié)構(gòu)及特點
            4.3.2 KLF13的功能研究
    5 從轉(zhuǎn)錄水平篩選和鑒定豬脂肪分化過程中重要轉(zhuǎn)錄因子
        5.1 高通量篩選差異表達(dá)基因的技術(shù)
            5.1.1 表達(dá)譜芯片
            5.1.2 RNA-Seq技術(shù)
        5.2 從差異表達(dá)基因到轉(zhuǎn)錄因子
        5.3 生物信息學(xué)分析和靶定與豬脂肪分化相關(guān)的轉(zhuǎn)錄因子
        5.4 鑒定豬脂肪分化過程中新轉(zhuǎn)錄因子的研究策略
    6 課題研究的目的意義
第二章 豬皮下和肌內(nèi)脂肪前體細(xì)胞成脂分化過程中基因表達(dá)水平的比較與分析
    1 前言
    2 材料與方法
        2.1 分離豬皮下脂肪和肌肉中SV細(xì)胞
        2.2 皮下脂肪和肌肉內(nèi)SV細(xì)胞的成脂誘導(dǎo)以及樣品收集
        2.3 總RNA抽提
        2.4 cDNA文庫的構(gòu)建和HiSeq 2000平臺的測序
        2.5 差異表達(dá)基因（differentially expressed genes,DEGs）的篩選
        2.6 Q-PCR分析
        2.7 基因的功能注釋
        2.8 基因表達(dá)模式的聚類分析
    3 結(jié)果與分析
        3.1 Illumina HiSeq2000高通量測序結(jié)果的數(shù)據(jù)統(tǒng)計分析
        3.2 注釋基因的分析
        3.3 在成脂分化過程中比較ASVC和MSVC的基因表達(dá)
        3.4 Q-PCR驗證DEGs的表達(dá)
        3.5 ASVC和MSVC之間DEGs的功能注釋
        3.6 ASVC和MSVC之間DEGs在成脂分化中表達(dá)模式的聚類分析
    4 討論
        4.1 比較ASVC和MSVC在成脂分化過程中基因表達(dá)水平的差異
        4.2 ASVC和MSVC之間DEGs的功能注釋
第三章 豬皮下和肌內(nèi)脂肪前體細(xì)胞成脂分化過程中差異表達(dá)基因的篩選與分析
    1 前言
    2 材料與方法
        2.1 分離豬皮下脂肪和肌肉中SV細(xì)胞
        2.2 皮下脂肪和肌肉內(nèi)SV細(xì)胞的成脂誘導(dǎo)以及樣品收集
        2.3 總RNA抽提
        2.4 差異表達(dá)基因的篩選
        2.5 基因表達(dá)模式的聚類分析
        2.6 基因的功能注釋
        2.7 轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點的分析
    3 結(jié)果與分析
        3.1 ASVC和MSVC成脂分化過程中DEGs的篩選
        3.2 ASVC和MSVC成脂分化過程中DEGs表達(dá)模式的聚類分析
        3.3 顯著性表達(dá)模式中DEGs的功能注釋
        3.5 ASVC和MSVC成脂分化過程中候選轉(zhuǎn)錄因子基因的篩選
    4 討論
        4.1 ASVC和MSVC成脂分化過程中的DEGs
        4.2 ASVC和MSVC成脂分化過程中DEGs的表達(dá)模式聚類分析
        4.3 顯著性表達(dá)模式中DEGs的功能注釋
        4.4 ASVC和MSVC成脂分化過程中的候選轉(zhuǎn)錄因子
第四章 KLF13特異性調(diào)控豬脂肪分化的機(jī)制
    1 前言
    2 材料和方法
        2.1 試驗材料
            2.1.1 動物、細(xì)胞和細(xì)菌材料
            2.1.2 載體和質(zhì)粒
        2.2 主要儀器、試劑和溶液的配制
            2.2.1 主要儀器
            2.2.2 主要試劑和試劑盒
            2.2.3 主要溶液的配制
        2.3 試驗方法
            2.3.1 豬脂肪和肌肉SV細(xì)胞的分離同第二章2.1
            2.3.2 豬成熟脂肪細(xì)胞的分離和DFAT細(xì)胞的獲得
            2.3.3 成脂誘導(dǎo)的方式
            2.3.4 油紅O染色
            2.3.5 總RNA抽提及反轉(zhuǎn)錄
            2.3.6 基因組DNA的抽提
            2.3.7 基因的克隆和表達(dá)質(zhì)粒的構(gòu)建
            2.3.8 Real-time PCR
            2.3.9 Western Blot
            2.3.10 啟動子的突變和刪除
            2.3.11 細(xì)胞轉(zhuǎn)染
            2.3.12 雙熒光素酶活性檢測
            2.3.13 染色質(zhì)免疫沉淀
            2.3.14 統(tǒng)計分析
    3 結(jié)果與分析
        3.1 KLF13對豬脂肪SV細(xì)胞成脂分化的影響
            3.1.1 KLF13在豬脂肪SV細(xì)胞成脂分化過程中的表達(dá)模式
            3.1.2 siRNA干涉KLF13的表達(dá)對豬脂肪SV細(xì)胞成脂分化的影響
            3.1.3 超表達(dá)KLF13對豬脂肪SV細(xì)胞成脂分化的影響
        3.2 KLF13對豬肌肉SV細(xì)胞成脂分化的影響
            3.2.1 KLF13在豬肌肉SV細(xì)胞成脂分化過程中的表達(dá)模式
            3.2.2 干涉KLF13對豬肌肉SV細(xì)胞成脂分化的影響
        3.3 KLF13對豬DFAT細(xì)胞成脂分化的影響
            3.3.1 KLF13在豬DFAT細(xì)胞成脂分化過程中的表達(dá)模式
            3.3.2 干涉KLF13對豬DFAT細(xì)胞成脂分化的影響
        3.4 KLF13調(diào)控豬脂肪分化所介導(dǎo)的靶基因的篩選
            3.4.1 干涉KLF13對豬脂肪SV細(xì)胞成脂分化關(guān)鍵基因表達(dá)的影響
            3.4.2 超表達(dá)KLF13對豬脂肪SV細(xì)胞成脂分化關(guān)鍵基因表達(dá)的影響
            3.4.3 在成脂誘導(dǎo)條件下干涉KLF13對豬脂肪SV細(xì)胞成脂分化關(guān)鍵基因表達(dá)的影響
            3.4.4 在成脂誘導(dǎo)條件下超表達(dá)KLF13對豬脂肪SV細(xì)胞成脂分化關(guān)鍵基因表達(dá)的影響
            3.4.5 在成脂誘導(dǎo)條件下干涉KLF13對豬DFAT細(xì)胞成脂分化關(guān)鍵基因表達(dá)的影響
            3.4.6 候選靶基因啟動子上KLF13結(jié)合位點的預(yù)測
            3.4.7 在成脂誘導(dǎo)條件下干涉和超表達(dá)KLF13對豬脂肪SV細(xì)胞PPARγ蛋白水平的影響
        3.5 KLF13調(diào)控豬脂肪分化的機(jī)制
            3.5.1 KLF13對截短的豬源PPARγ啟動子活性的影響
            3.5.2 KLF13對突變和刪除KLF13結(jié)合位點的PPARγ啟動子活性的影響
            3.5.3 ChIP試驗驗證KLF13與豬源PPARγ啟動子的結(jié)合
        3.6 KLF13對鼠脂肪分化的影響
            3.6.1 KLF13對鼠源前脂肪細(xì)胞系3T3-L1成脂分化過程中的表達(dá)模式
            3.6.2 干涉KLF13對鼠源前脂肪細(xì)胞系3T3-L1成脂分化的影響
            3.6.3 在成脂誘導(dǎo)條件下干涉KLF13對鼠成脂分化關(guān)鍵基因表達(dá)的影響
            3.6.4 在成脂誘導(dǎo)條件下超表達(dá)KLF13對鼠成脂分化關(guān)鍵基因表達(dá)的影響
            3.6.5 KLF13對鼠源PPARγ2啟動子活性的影響
    4 討論
        4.1 KLF13可以影響豬脂肪前體細(xì)胞成脂分化
        4.2 KLF13通過PPARγ介導(dǎo)來影響豬脂肪分化
        4.3 KLF13調(diào)控豬和鼠脂肪分化存在種屬特異性
第五章 結(jié)語
    1 研究結(jié)論
    2 創(chuàng)新點
    3 本研究不足之處
參考文獻(xiàn)
研究生在讀期間發(fā)表論文
致謝


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]A familiar stranger:CD34 expression and putative functions in SVF cells of adipose tissue[J]. Arnaud Scherberich,Nunzia Di Maggio,Kelly M McNagny.  World Journal of Stem Cells. 2013(01)
[2]基因芯片與高通量DNA測序技術(shù)前景分析[J]. 滕曉坤,肖華勝.  中國科學(xué)（C輯:生命科學(xué)）. 2008(10)



本文編號：3082148