隨著基因分型技術(shù)以及高通量測序技術(shù)的飛速發(fā)展,使得畜禽重要經(jīng)濟(jì)性狀的精細(xì)基因定位成為可能。本研究以807頭西門塔爾牛為研究對象,采用Illumina BovineHD基因分型技術(shù),構(gòu)建群體的全基因組單體型塊和拷貝數(shù)變異圖譜并進(jìn)行了針對里脊重和金錢腱重的全基因組關(guān)聯(lián)分析研究,以期通過對西門塔爾牛全基因組不同類型遺傳變異的深入了解,為后續(xù)實施分子育種提供重要的前提和基礎(chǔ)。本論文研究內(nèi)容如下：采用基于最大似然算法（EM）的PLINK軟件對本群體的連鎖不平衡情況進(jìn)行篩查,然后根據(jù)r2值構(gòu)建出各個單體型塊。最終在西門塔爾�；蚪M獲得了92553個單體型區(qū)域。其中最大的單體型塊含有SNP的個數(shù)為116,最小的僅含有2個SNP,所有單體型共包含526822個SNP。單體型塊的長度從22bp到199Kb不等,每個單體型塊的平均長度為5.69Mb,總共覆蓋西門塔爾牛全基因組1.62Gb的長度。接下來又進(jìn)行了基于單體型和基于單位點的全基因組關(guān)聯(lián)分析研究,分別發(fā)現(xiàn)了與里脊重顯著相關(guān)的7個基因和與金錢腱重顯著相關(guān)的3個基因。分別利用Penncnv和CNVpartition軟件包對個體拷貝數(shù)變異進(jìn)行檢測,并根據(jù)... 

【文章來源】：中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院北京市

【文章頁數(shù)】：59 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

單體型概念示意圖

然后沿恥骨前下方把里脊副出，然后由里脊頭向里脊尾，逐個剝離腰椎橫突，取下完整的里脊（圖2.1)。■■■■■,圖2.1里脊部位示意圖Figure 2, 1 Site of tenderloin金錢腱為牛前腱，取自前腿時關(guān)節(jié)至腕關(guān)節(jié)處的精肉。修整時，必須去掉脂肪和暴露的筋腱，保持肉質(zhì)新鮮，形態(tài)完整（圖2.2)。12

表3. 2 Q-PCR引物及內(nèi)參基因Table 3-2 Information of primer pairs for selected CNVRs and reference genes編號 染色體 類型 長度 引物序列CNVR No. Chr. Type Length(bp) Primer sequence(5’-3’）89-F 6 Loss 148 CAGGTTCGATGCACGATACT89-R 6 Loss 148 ATTGGTTTTGCCATATATCAACA194-F 12 both 102 GAGCTATTACCTCTTACTTCTCCCTG194~R 12 both 102 GTTTGAAATCCCACTCTACCACTTA189-F 12 Loss 205 TTTTACTTGTGCCTTGCTCTG189-R 12 Loss 205 GTCTCAGTGATGATCAGGCAGC283-F 21 Gain 151 AAAGCCTTGAAGCATACC283-R 21 Gain 151 CATTGACGCCAAACTCTC229-F 15 both 110 GCACTGTAGCACTGAACTCTATTGA229-R 15 both 110 GCATAGTAATAGGAACAGACTCCAAGG391-F X Gain 179 GGAAGCCAGAATAGTGAATG391-R X Gain 179 TGAGGTCCAAGTGAGCGTAT96-F 7 both 115 CAACACTAGCCCCTAACTTTGTCTAC96-R 7 both 115 CTTGCTTCATCATATTCAAGGTCATABTF3-F 20 163 GGCAGCAAACACTTTCACCATTBTF3-R 20 163 AGCAAAACCGCTACTAGCAAACTC


本文編號：3072945