西北部分地區(qū)牛源分枝桿菌的分離鑒定及耐藥性分析
發(fā)布時(shí)間:2021-03-06 22:25
結(jié)核病是流行于世界各地、嚴(yán)重威脅人和動(dòng)物健康的一類人畜共患傳染病。牛作為人類生產(chǎn)生活資料的重要來源,在結(jié)核病的傳播過程中有著重要地位。本研究對分離自寧夏和新疆為主的西北部分地區(qū)規(guī);膛鲋蠵PD陽性奶牛的疑似致病菌,采用多位點(diǎn)PCR進(jìn)行菌種鑒定。利用MIRU-VNTR基因分型技術(shù)探究牛源分離株的基因型。經(jīng)過藥物敏感試驗(yàn)了解牛源分離株的表型耐藥情況。通過對耐藥基因測序,研究耐藥菌株耐藥基因突變與表型耐藥和基因型之間的相關(guān)性。運(yùn)用基因測序技術(shù),探究西北五省非結(jié)核分枝桿菌(nontuberculosis mycobacterium,NTM)的種類,為西北地區(qū)控制牛結(jié)核病提供可靠的理論依據(jù)。采用酸性羅氏無淀粉培養(yǎng)基對82株結(jié)核病疑似致病菌的凍存菌株進(jìn)行復(fù)壯和傳代培養(yǎng),最終成功復(fù)壯80株分離株。經(jīng)16SrRNA初步鑒定,80株臨床分離株均屬于分枝桿菌屬。通過MPT64基因和多位點(diǎn)PCR鑒定出30株MTBC,其中一株為寧夏株,其余29株分離株均為新疆株。采用比例法進(jìn)行一線抗結(jié)核藥物(異煙肼、利福平、鏈霉素和乙胺丁醇)敏感試驗(yàn),20株(20/30,66.7%)結(jié)核分枝桿菌對四種一線抗結(jié)核藥均敏感,...
【文章來源】:寧夏大學(xué)寧夏回族自治區(qū) 211工程院校
【文章頁數(shù)】:69 頁
【學(xué)位級別】:碩士
【部分圖文】:
圖1-2?1995-2017年全球范圍內(nèi)的肺結(jié)核耐藥監(jiān)測數(shù)據(jù)(WHO?2017年報(bào)告)[3]??Figure?1-2?Global?surveillance?data?on?tuberculosis?resistance?during?period?1995-2017?(WHO?2017?report)?^??1.1牛結(jié)核病流彳T特征研咒??根據(jù)報(bào)道,在全球范圍內(nèi)大約15%結(jié)核病人是因?yàn)轱嬘媒Y(jié)核病牛生產(chǎn)的牛奶而受?
1.3.4?MIRU-VNTR?分型技術(shù)??MIRU-VNTR技術(shù)的基本原理就是基于同一位點(diǎn)的不同的串聯(lián)重復(fù)拷貝數(shù),并且同一菌株中??不同位點(diǎn)的拷貝數(shù)不同對菌株進(jìn)行基因分型【6S】(如圖1-4)。該基因分型是在真核生物中常用的方??法,具有操作簡單、所需樣本量少、分辨力髙、穩(wěn)定性和重復(fù)性好、結(jié)果易于數(shù)字化等優(yōu)點(diǎn),便??于全球不同實(shí)驗(yàn)室進(jìn)行結(jié)果比較[37】,對于IS6110拷貝數(shù)很低的菌株也有很高的分型能力[69],是目??前最有前景的分型方法[7(K721。1997年,Supply等對BCG和M??wZ)ercw/o^senX3-regX3基因序列進(jìn)??行比較分析,證實(shí)不同結(jié)核分枝桿菌的基因組中都存在多個(gè)相似的重復(fù)序列[73]。通過對H37RV進(jìn)??行全基因組序列分析,發(fā)現(xiàn)了?41個(gè)MIRU位點(diǎn)。通過設(shè)計(jì)特異性引物對41個(gè)MIRU位點(diǎn)進(jìn)行PCR擴(kuò)??增再進(jìn)行測序分析,發(fā)現(xiàn)其中的12個(gè)位點(diǎn)具有多態(tài)性,因此可作為MIRU-VNTR基因分型的依據(jù)??[叫。??采用MIRU-VNTR技術(shù)對結(jié)核分枝桿菌臨床株進(jìn)行基因分型的過程中
p、:_*;!??I?iff[??圖2-1結(jié)核分枝桿菌臨床分離株L-J培養(yǎng)結(jié)果??Figure?2-1?Results?of?L-J?culture?of?clinical?isolates?of?Mycobacterium?tuberculosis??2.3.3?DNA提取結(jié)果??經(jīng)NanoDrop?8000檢測提取的DNA濃度和純度。經(jīng)過檢測,采用柱式分枝桿菌核酸提取試??劑盒提取的DNA純度較高,濃度較低。采用雙蒸水或者TE緩沖液將提取的DNA稀釋成合適的??工作濃度,并置于-20°C冰箱內(nèi)保存?zhèn)溆谩??2.3.4?PCR鑒定結(jié)果??80株臨床分離株均擴(kuò)增出陽性條帶(如圖2-2)。??圖2-2部分臨床分離株擴(kuò)增結(jié)果??Figure?2-2?Results?of?16SrRNA?amplification?of?some?clinical?isolates??注:M:2000bp?DNAMarker;?1:陰性對照;2:陽性對照(標(biāo)準(zhǔn)株H37Rv);?3-11:臨床分離株;12:空白對照;目的片段:543bp??2.3.5?測序結(jié)果??將7沾測序結(jié)果在NCBI上進(jìn)行BLAST比對,一致性均為100%,表明該80株臨床分??離株均屬于分枝桿菌屬。??-15-??
本文編號:3067927
【文章來源】:寧夏大學(xué)寧夏回族自治區(qū) 211工程院校
【文章頁數(shù)】:69 頁
【學(xué)位級別】:碩士
【部分圖文】:
圖1-2?1995-2017年全球范圍內(nèi)的肺結(jié)核耐藥監(jiān)測數(shù)據(jù)(WHO?2017年報(bào)告)[3]??Figure?1-2?Global?surveillance?data?on?tuberculosis?resistance?during?period?1995-2017?(WHO?2017?report)?^??1.1牛結(jié)核病流彳T特征研咒??根據(jù)報(bào)道,在全球范圍內(nèi)大約15%結(jié)核病人是因?yàn)轱嬘媒Y(jié)核病牛生產(chǎn)的牛奶而受?
1.3.4?MIRU-VNTR?分型技術(shù)??MIRU-VNTR技術(shù)的基本原理就是基于同一位點(diǎn)的不同的串聯(lián)重復(fù)拷貝數(shù),并且同一菌株中??不同位點(diǎn)的拷貝數(shù)不同對菌株進(jìn)行基因分型【6S】(如圖1-4)。該基因分型是在真核生物中常用的方??法,具有操作簡單、所需樣本量少、分辨力髙、穩(wěn)定性和重復(fù)性好、結(jié)果易于數(shù)字化等優(yōu)點(diǎn),便??于全球不同實(shí)驗(yàn)室進(jìn)行結(jié)果比較[37】,對于IS6110拷貝數(shù)很低的菌株也有很高的分型能力[69],是目??前最有前景的分型方法[7(K721。1997年,Supply等對BCG和M??wZ)ercw/o^senX3-regX3基因序列進(jìn)??行比較分析,證實(shí)不同結(jié)核分枝桿菌的基因組中都存在多個(gè)相似的重復(fù)序列[73]。通過對H37RV進(jìn)??行全基因組序列分析,發(fā)現(xiàn)了?41個(gè)MIRU位點(diǎn)。通過設(shè)計(jì)特異性引物對41個(gè)MIRU位點(diǎn)進(jìn)行PCR擴(kuò)??增再進(jìn)行測序分析,發(fā)現(xiàn)其中的12個(gè)位點(diǎn)具有多態(tài)性,因此可作為MIRU-VNTR基因分型的依據(jù)??[叫。??采用MIRU-VNTR技術(shù)對結(jié)核分枝桿菌臨床株進(jìn)行基因分型的過程中
p、:_*;!??I?iff[??圖2-1結(jié)核分枝桿菌臨床分離株L-J培養(yǎng)結(jié)果??Figure?2-1?Results?of?L-J?culture?of?clinical?isolates?of?Mycobacterium?tuberculosis??2.3.3?DNA提取結(jié)果??經(jīng)NanoDrop?8000檢測提取的DNA濃度和純度。經(jīng)過檢測,采用柱式分枝桿菌核酸提取試??劑盒提取的DNA純度較高,濃度較低。采用雙蒸水或者TE緩沖液將提取的DNA稀釋成合適的??工作濃度,并置于-20°C冰箱內(nèi)保存?zhèn)溆谩??2.3.4?PCR鑒定結(jié)果??80株臨床分離株均擴(kuò)增出陽性條帶(如圖2-2)。??圖2-2部分臨床分離株擴(kuò)增結(jié)果??Figure?2-2?Results?of?16SrRNA?amplification?of?some?clinical?isolates??注:M:2000bp?DNAMarker;?1:陰性對照;2:陽性對照(標(biāo)準(zhǔn)株H37Rv);?3-11:臨床分離株;12:空白對照;目的片段:543bp??2.3.5?測序結(jié)果??將7沾測序結(jié)果在NCBI上進(jìn)行BLAST比對,一致性均為100%,表明該80株臨床分??離株均屬于分枝桿菌屬。??-15-??
本文編號:3067927
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