為闡明閩西地區(qū)豬流行性腹瀉病毒（PEDV）的遺傳進(jìn)化和重組事件。本研究從福建龍巖感染PEDV仔豬送檢樣品中鑒定出1株P(guān)EDV（閩西FILY1703株）,采用PCR方法擴(kuò)增其N(xiāo)、E、M以及S基因序列并測(cè)序。N、E、M以及S基因同源性及進(jìn)化分析顯示,FJLY1703株與CV777等早期經(jīng)典株同源性較低且親緣關(guān)系較遠(yuǎn),而與2010年后國(guó)內(nèi)分離株的同源性較高且進(jìn)化關(guān)系較近。S基因編碼的氨基酸序列與疫苗株CV777 S蛋白的氨基酸序列相比,FJLY1703株S蛋白抗原表位COE中存在8個(gè)突變,這些變化與2010年后中國(guó)PEDV分離株相似;且FJLY1703株E、M以及N基因編碼的氨基酸序列中分別存在1個(gè)、3個(gè)和12個(gè)突變位點(diǎn),均與我國(guó)當(dāng)前流行株突變位點(diǎn)相似。S基因的重組分析表明,FJLY1703株是一株以CV777株為代表的早期經(jīng)典株與2010年后PEDV變異株的重組流行株,上述研究結(jié)果提示在閩西地區(qū)需要研制針對(duì)PEDV流行株的疫苗來(lái)控制PEDV的感染。本研究為閩西地區(qū)PEDV流行病學(xué)研究提供參考依據(jù)。 

【文章來(lái)源】：中國(guó)預(yù)防獸醫(yī)學(xué)報(bào). 2020,42(04)北大核心

【文章頁(yè)數(shù)】：5 頁(yè)

【部分圖文】：

S基因重組事件分析

利用特異性引物，以1.4中獲得的PEDV c DNA為模板，PCR擴(kuò)增其E、M、N和S基因的4個(gè)片段。結(jié)果顯示，獲得231 bp、681 bp、1 326 bp、1 031 bp、1 146 bp、1 154 bp和1 355 bp的目的條帶，均與預(yù)期相符（圖1）。測(cè)序結(jié)果顯示，所獲得的基因序列均為PEDV相應(yīng)目的基因大小一致（圖1）。表明，獲得PEDV FJLY1703株4個(gè)結(jié)構(gòu)基因目的片段。2.2 PEDV結(jié)構(gòu)基因的同源性分析

利用GARD對(duì)FJLY1703株S基因進(jìn)行系統(tǒng)發(fā)育不一致和重組事件的比對(duì)分析與初步篩選。結(jié)果顯示，其突變點(diǎn)主要位于S基因5"端1 000 bp～1 500 bp之間（圖3）。通過(guò)SimPlotv.3.5.1評(píng)價(jià)S基因核苷酸序列的相似性，結(jié)果顯示FJLY1703株在S基因核苷酸序列5"端1 bp～1 200 bp區(qū)域與G1群病毒株相似性較低，而與G2b亞群以及G2a亞群病毒株相似性較高，推測(cè)這一區(qū)域可能來(lái)自于G2群病毒株，即來(lái)自PEDV流行變異株。同時(shí)，F(xiàn)JLY1703株S基因1 200 bp～4 101 bp區(qū)域與G1群病毒株相似性高，推測(cè)這一區(qū)域可能來(lái)自于G1群病毒株，即PEDV早期經(jīng)典株（圖4）。上述結(jié)果表明，F(xiàn)JLY1703株為一株經(jīng)典株與變異株重組的閩西地區(qū)流行變異株。圖4 S基因重組事件分析

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]閩西地區(qū)豬流行性腹瀉病毒M基因遺傳進(jìn)化及分子結(jié)構(gòu)特征分析[J]. 董波,安永帥,戴愛(ài)玲,李曉華,楊小燕.  浙江農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào). 2018(06)



本文編號(hào)：3045693