大約1百萬年前,兩個(gè)獨(dú)立的野豬種群從東南亞分化而來,并侵入整個(gè)歐亞大陸,此后不同豬種之間發(fā)生了各種各樣的由自然或人為影響所引起的基因交流事件,最終導(dǎo)致具有遺傳和性狀多樣性的豬種形成。目前豬不僅是世界上最受歡迎的肉類消費(fèi)品之一,還作為研究人類疾病的模型。然而由于缺少豬的功能區(qū)域和基因多態(tài)性的完整注釋,局限了人們對(duì)于豬的基因組的認(rèn)識(shí),并降低了豬作為醫(yī)學(xué)模型的可行性。為此,本論文基于多組學(xué)信息進(jìn)行豬的基因組注釋,并進(jìn)行基因組的多態(tài)性的檢測(cè)和應(yīng)用,主要包括以下六個(gè)部分:1)通過構(gòu)建豬的編碼基因（PCGs）表達(dá)譜,證實(shí)了來自20,401個(gè)PCGs的55,328個(gè)已知轉(zhuǎn)錄本,同時(shí)補(bǔ)充了 15,385個(gè)PCGs的136,537個(gè)新轉(zhuǎn)錄本。其中分別鑒定了 5,592個(gè)組織富集PCGs、948個(gè)系統(tǒng)富集PCGs以及5147個(gè)全組織表達(dá)PCGs。通過與人類轉(zhuǎn)錄圖譜進(jìn)行比較,可以發(fā)現(xiàn)一些同源PCGs在人類和豬生物體中具有相似的表達(dá)特征。此外,那些表達(dá)量在人類中遠(yuǎn)高于豬的PCGs主要與大腦和神經(jīng)系統(tǒng)有關(guān),而1,607個(gè)豬主導(dǎo)的PCGs在異體移植排斥反應(yīng)和嗅覺轉(zhuǎn)導(dǎo)通路具有顯著的富集,這些結(jié)果很好的反映了基因組功... 

【文章來源】：中國(guó)農(nóng)業(yè)大學(xué)北京市 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：171 頁

【學(xué)位級(jí)別】：博士

【部分圖文】：

圖２－１－１本研究中分析所涉及的３４個(gè)豬的樣本??Ｆｉｇｕｒｅ?２－１－１?３４?ｐｉｇ?ｓａｍｐｌｅｓ?ａｎａｌｙｚｅｄ?ｉｎ?ｔｈｉｓ?ｓｔｕｄｙ??注：選�。常磦�(gè)具有代表性的正常豬樣本作為轉(zhuǎn)錄組的資源

１００－??ｃＩ??Ｉ??０３??￡??ｈｕｍａｎ＿Ａｎｎｏ（ａｔｉｏｎ??ｕ?ＰＩＧ＿Ａｎｎｏｔａｂｏｎ??Ｉ?１〇－?＾?ＰＩＧ＿ｌｄ？ｉｔｉｆｉｅｄ??ｌＵＸｕ??Ｈｕｍａｎ＿Ａｎｒ＞ｏｔａｔｉｏｎ?ＰＩＧ＿Ａｒｎｏｌａｔｉｏｎ?Ｐ１Ｇ＿ｋｌｅｎｌｉｆｉｅｄ??圖２－１－２人與豬之間基因表達(dá)量的比較??ｒｅ?２－１－２?Ｃｏｍｐａｒｉｓｏｎ?ｏｆ?ｎｕｍｂｅｒ?ｏｆ?ｉｓｏｆｏｒｍｓ?ｅｘｐｒｅｓｓｅｄ?ｐｅｒ?ｇｅｎｅ?ｂｅｔｗｅｅｎ?ｈｕｍａｎｓ?ａ注釋的編碼基因的基礎(chǔ)上，構(gòu)建了一個(gè)組織表達(dá)相關(guān)圖譜，使用基的進(jìn)行層次聚類。如圖２－１－３，除了三個(gè)明顯的異常值——成人睪丸、據(jù)聚集成多個(gè)具有己知相似功能的連接組：肝、腎、肌肉系統(tǒng)（背腰最網(wǎng)膜，大腦和脊髓）；成人免疫器官（脾臟，唾腺和淋巴）；囊狀組織（的發(fā)現(xiàn)與人類組織預(yù)期的生物學(xué)表達(dá)譜相似［２３］，反映了人與豬之間建的轉(zhuǎn)錄本的可靠性。??

大學(xué)博士學(xué)位論文?第二部分豬的基因組功能區(qū)多細(xì)胞生物中，一些組織中表達(dá)的基因被認(rèn)為是具有組織特異性相關(guān)功能的組織富－５）。結(jié)果表明８，４８２（１４％）個(gè)完整注釋的轉(zhuǎn)錄本（５，５９２個(gè)編碼基因）表現(xiàn)出組織特異性以及１６，３５６（２７％）個(gè)完整注釋的轉(zhuǎn)錄本（９，７２６個(gè)編碼基因）在某一特定的組織中的表具有第二表達(dá)量的組織中的表達(dá)水平至少高于五倍的ＦＰＫＭ。與之前的人類研宄相豬的睪丸中發(fā)現(xiàn)了最多組織富集的基因，其次是幼年豬的大腦、視網(wǎng)膜以及成年豬的明，具有復(fù)雜生物過程的組織通常具有更多的組織富集基因，而這些組織富集的基的功能密切相關(guān)。例如視網(wǎng)膜中富集的＿?（Ｒｈｏｄｏｐｓｉｎ）基因所證明的，它在視網(wǎng)重要的作用［６９］。這種組織特異性不僅證實(shí)了已知基因的生物學(xué)特性，而且還可以用組中未知基因的潛在功能。??Ｗｅｌｌ－ａｎｒＫ）ｔａｔｅｄ?ｐｒｏｔｅｉｎ?ｉｓｏｆｏｒｍｓ?Ｕｎｋｎｏｗｎ?ｐｒｏｔｅｉｎ?ｉｓｏｆｏｒｍｓ??

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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本文編號(hào)：3019105