旨在分析健康鴨十二指腸、空腸、回腸和盲腸內(nèi)容物菌群組成、多樣性特征以及擬桿菌分布。本研究選擇健康高郵鴨20只,公母各半,70日齡時無菌采集十二指腸、空腸、回腸和盲腸內(nèi)容物,提取腸道內(nèi)容物細菌基因組,利用IonS5TMXL平臺進行高通量測序,分析腸道內(nèi)容物菌群結(jié)構與豐度特征以及擬桿菌的分布。結(jié)果表明,十二指腸、空腸內(nèi)容物菌群豐度顯著高于回腸和盲腸內(nèi)容物（P<0.05）,回腸內(nèi)容物菌群多樣性最低;十二指腸和空腸內(nèi)菌群群落結(jié)構較為相似,與回腸,特別是盲腸的相似度較小。健康鴨腸內(nèi)優(yōu)勢菌門為擬桿菌門（Bacteroidetes）、厚壁菌門（Firmicutes）、變形菌門（Proteobacteria）和梭桿菌門（Fusobacteria）,上述菌門在各腸段內(nèi)容物中相對豐度不同;不同腸段內(nèi)容物中定植了不同差異微生物物種,十二指腸、空腸、回腸和盲腸內(nèi)容物中差異菌門分別是變形菌門、放線菌門（Actinobacteria）、厚壁菌門和擬桿菌門。鴨腸道中共分析到28種擬桿菌種,其中B.acidifaciens、B.barnesiae、B.caccae、B.caecicola、B.coprocola... 

【文章來源】：畜牧獸醫(yī)學報. 2020,51(12)北大核心

【文章頁數(shù)】：12 頁

【部分圖文】：

十二指腸、空腸、回腸和盲腸內(nèi)容物微生物OTUs花瓣圖

主要細菌菌屬在不同腸段內(nèi)容物中也呈現(xiàn)出不同的豐度水平,相對豐度水平較高的10個優(yōu)勢菌屬如表4所示。和菌門水平結(jié)果一致,擬桿菌屬在盲腸內(nèi)容物中有最高相對豐度水平(29.12%),其在十二指腸、空腸和回腸內(nèi)容物中的相對豐度水平比較一致(6.82%～7.74%);乳桿菌屬(Lactobacillus)隨著腸段的延伸,從十二指腸到盲腸,表現(xiàn)為相對豐度越來越小。螺桿菌屬(Helicobacter)、腸球菌屬(Enterococcus)在十二指腸、空腸和回腸內(nèi)容物中有較高的相對豐度分布,盲腸內(nèi)容物中多個主要菌屬相對豐度小于其他腸段內(nèi)容物。表3 鴨十二指腸、空腸、回腸和盲腸內(nèi)容物中主要菌門的相對豐度Table 3 Relative abundance of top 10 phyla in duodenal, jejunal, ileal and caecal contents of duck% 菌門 Phyla 十二指腸 Duodenum 空腸 Jejunum 回腸 Ileum 盲腸 Cecum 擬桿菌門Bacteroidetes 17.70 15.92 13.91 39.84 厚壁菌門Firmicutes 33.81 38.40 61.17 37.52 變形菌門Proteobacteria 22.00 21.16 6.19 10.49 梭桿菌門Fusobacteria 1.57 0.99 7.57 6.73 放線菌門Actinobacteria 3.24 5.52 1.21 0.37 壁菌門Tenericutes 1.23 0.22 1.45 0.31 未知菌門Unidentified bacteria 15.85 7.32 6.55 0.19 生氧光細菌門Oxyphotobacteria 0.99 1.16 0.12 0.13 酸桿菌門Acidobacteria 0.54 3.14 0.40 0.03 綠彎菌門Chloroflexi 0.58 1.69 0.34 0.03 其他Others 2.50 4.48 1.08 4.35

由鴨腸道內(nèi)容物細菌門、屬水平豐度分布結(jié)果發(fā)現(xiàn),擬桿菌是健康鴨腸道內(nèi)容物中的絕對優(yōu)勢菌,但是在不同腸段內(nèi)容物中的相對豐度分布差異較大,在盲腸內(nèi)容物中表現(xiàn)出最高的相對豐度。進一步在種(species)水平分析擬桿菌種,結(jié)果在健康鴨腸道內(nèi)容物中共測序到28種擬桿菌種,具體擬桿菌種見表5,相對豐度分布較高的為:B. caecigallinarum、B. plebeius和B. barnesiae,在盲腸內(nèi)容物或者十二指腸、回腸內(nèi)容物中的相對豐度大于1%,B. caecigallinarum在盲腸內(nèi)容物中的相對豐度高達8.37%;其他有9種擬桿菌種如:B. acidifaciens、B. caccae、B. coprocola、B. coprophilus等在多個腸道中的相對豐度大于0.1%。表5 擬桿菌種在鴨腸道內(nèi)容物中的平均相對豐度Table 5 Relative abundance of Bacteroides in duodenal, jejunal, ileal and caecal contents of duck% 擬桿菌種 Bacteroides 命名 Term 十二指腸 Duodenum 空腸 Jejunum 回腸 Ileum 盲腸 Cecum Bacteroidaceae bacterium DJF B220 B1 0.005 9 0.000 0 0.000 4 0.000 0 B. acidifaciens B2 0.342 6 0.258 7 0.116 7 0.036 0 B. barnesiae B3 0.485 9 0.282 0 0.702 1 4.009 4 B. caccae B4 0.081 8 0.219 5 0.153 7 0.005 3 B. caecicola B5 0.000 4 0.000 3 0.000 0 0.000 0 B. caecigallinarum B6 1.093 5 0.672 5 1.958 4 8.374 3 B. clarus B7 0.003 6 0.005 0 0.006 3 0.000 7 B. coprocola B8 0.167 1 0.361 1 0.352 6 0.473 7 B. coprophilus B9 0.120 6 0.095 3 0.135 0 0.335 2 B. eggerthii B10 0.032 1 0.010 4 0.015 7 0.000 1 B. fragilis B11 0.578 6 0.261 8 0.059 4 0.025 6 B. gallinaceum B12 0.000 0 0.000 0 0.000 0 0.000 0 B. graminisolvens B13 0.001 3 0.001 0 0.000 0 0.000 0 B. luti B14 0.000 0 0.000 0 0.000 1 0.000 0 B. massiliensis B15 0.051 7 0.263 4 0.086 8 0.006 5 B. ovatus B16 0.098 2 0.185 7 0.062 0 0.009 2 B. plebeius B17 1.163 1 0.643 4 1.617 5 4.809 9 B. pyogenes B18 0.000 0 0.000 0 0.000 0 0.000 0 B. salanitronis B19 0.007 3 0.003 6 0.001 6 0.026 1 B. sartorii B20 0.005 0 0.001 6 0.006 8 0.000 6 B. sp B21 0.007 2 0.013 7 0.005 8 0.001 2 B. sp Marseille P3108 B22 0.000 0 0.000 0 0.006 3 0.001 0 B. sp Marseille P3166 B23 0.024 8 0.013 0 0.028 8 0.293 6 B. sp Marseille P3208T B24 0.000 4 0.001 2 0.000 4 0.000 4 B. stercoris B25 0.101 5 0.226 3 0.039 9 0.006 0 B. thetaiotaomicron B26 0.026 5 0.022 7 0.009 4 0.003 3 B. vulgatus B27 0.004 7 0.020 4 0.013 4 0.000 3 Prevotella heparinolytica B28 0.002 9 0.000 9 0.000 0 0.000 0

【參考文獻】：
博士論文
[1]健康人群腸道中低豐度擬桿菌的篩選及生理作用研究[D]. 譚惠子.江南大學 2019



本文編號：3005052