牦牛是高寒高海拔地區(qū)特有的家畜,主要分布在我國青藏高原海拔3000-5500米以上的地區(qū),并為高原地區(qū)的牧民提供了吃、住、行等基本生存保證。牦牛適應(yīng)高海拔地區(qū)的嚴(yán)寒、缺氧、缺草等惡劣自然條件,使其成為哺乳動物中研究低氧適應(yīng)性的理想模式物種。在第二代高通量測序技術(shù)的驅(qū)動下,我們用時(shí)多年開展了牦牛全基因組測序,以便為研究人員提供高質(zhì)量基因組序列；在獲得基因組序列的同時(shí),我們也花費(fèi)了近五年的時(shí)間構(gòu)建和優(yōu)化牦牛基因組數(shù)據(jù)庫,提供高質(zhì)量的參考基因集以及高密度的遺傳圖譜,讓廣大研究人員方便地訪問牦�；蚪M數(shù)據(jù)資源,從而獲得對牛類基因功能和分子育種研究有用的信息。我們采用多種生物信息學(xué)方法構(gòu)建牦牛基因組數(shù)據(jù)庫（Yak Genome Database:http://me.lzu.edu.cn/yak）,收集、分析、存儲和共享牦�；蚪M和相關(guān)數(shù)據(jù)資源；尤其是使用了Mercator和MAVID軟件,對人、黃牛和牦牛的基因組數(shù)據(jù)進(jìn)行了全基因組比對,完成了相應(yīng)的共線性同源區(qū)域的分析和展示；整合了3頭家養(yǎng)牦牛和3頭野生牦牛的基因組重測序數(shù)據(jù),以及SNP、InDel和結(jié)構(gòu)變異等遺傳變異的分析結(jié)果。數(shù)據(jù)庫使用Ubu... 

【文章來源】：蘭州大學(xué)甘肅省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：92 頁

【學(xué)位級別】：博士

【文章目錄】：
中文摘要
Abstract
第一章 研究背景
    1.1 基因組學(xué)概述
        1.1.1 基因組
        1.1.2 基因組測序技術(shù)
        1.1.3 第二代測序技術(shù)推動多物種全基因組測序
    1.2 牦�；蚪M研究進(jìn)展
    1.3 基因組數(shù)據(jù)庫研究進(jìn)展
        1.3.1 基因組數(shù)據(jù)庫的功能
        1.3.2 基因組數(shù)據(jù)庫的分類及特點(diǎn)
        1.3.3 基因組瀏覽器
    1.4 牦牛基因組數(shù)據(jù)庫相關(guān)數(shù)據(jù)
        1.4.1 重復(fù)序列
        1.4.2 基因功能注釋
        1.4.3 比較基因組數(shù)據(jù)
        1.4.4 群體基因組數(shù)據(jù)
    1.5 研究目的和意義
第二章 材料和方法
    2.1 數(shù)據(jù)準(zhǔn)備
        2.1.1 注釋重復(fù)序列
        2.1.2 基因功能注釋
        2.1.3 比較基因組數(shù)據(jù)
        2.1.4 牦牛群體基因組
    2.2 數(shù)據(jù)庫平臺構(gòu)建
        2.2.1 硬件與軟件平臺
        2.2.2 數(shù)據(jù)庫的結(jié)構(gòu)
        2.2.3 創(chuàng)建數(shù)據(jù)庫
    2.3 數(shù)據(jù)庫網(wǎng)頁構(gòu)建
        2.3.1 注釋檢索
        2.3.2 基因信息
        2.3.3 序列搜索
        2.3.4 基因組瀏覽器
        2.3.5 引物設(shè)計(jì)
        2.3.6 共線性瀏覽器
第三章 結(jié)果
    3.1 數(shù)據(jù)庫數(shù)據(jù)
        3.1.1 重復(fù)序列注釋
        3.1.2 基因功能注釋
        3.1.3 全基因組比對
    3.2 數(shù)據(jù)庫網(wǎng)頁
        3.2.1 文本搜索
        3.2.2 基因組瀏覽器
        3.2.3 序列搜索
        3.2.4 全基因組比對瀏覽器
        3.2.5 數(shù)據(jù)下載
        3.2.6 群體基因組
第四章 討論
    4.1 數(shù)據(jù)庫數(shù)據(jù)
        4.1.1 重復(fù)序列注釋
        4.1.2 基因功能注釋
        4.1.3 全基因組比對
    4.2 牦�；蚪M數(shù)據(jù)庫
    4.3 對數(shù)據(jù)庫分析平臺的展望
參考文獻(xiàn)
在學(xué)期間的研究成果
致謝
作者簡歷
附錄



本文編號：2976668