本試驗旨在研究奶牛金黃色葡萄球菌型乳腺炎感染后基因的表達變化。運用基因表達譜芯片和實時熒光定量PCR技術(shù)對差異表達基因進行篩選、分析和驗證,從而找出奶牛金黃色葡萄球菌型乳腺炎免疫應(yīng)答過程中的關(guān)鍵候選基因。本試驗選取了3頭中國荷斯坦奶牛作為供試奶牛,利用金黃色葡萄球菌人工感染其乳腺,并觀察感染后奶牛的全身反應(yīng),感染后24h,利用臨床診斷、奶牛乳中體細(xì)胞計數(shù)等方法診斷奶牛成功感染乳腺炎后,采用外科手術(shù)的辦法采集供試奶牛乳腺組織樣本,利用Agilent�；蚪M表達譜芯片分析供試奶牛乳腺組織全基因組范圍內(nèi)的基因差異表達結(jié)果,利用Q-PCR技術(shù)對基因芯片的結(jié)果進行驗證分析,并對芯片結(jié)果及Q-PCR結(jié)果進行關(guān)聯(lián)性分析。同時對差異表達基因進行GO和Pathway等功能分析,主要結(jié)果如下：1、基因表達譜芯片分析共篩選出顯著差異表達基因297個,其中188個基因上調(diào)表達,109個基因下調(diào)表達（FC>2,P<0.05）。2、對差異表達基因進行GO分析,發(fā)現(xiàn)這些基因共涉及到151個GO Terms （GO注釋）（P<0.05）。3、對差異表達基因進行Pathway分析,共篩選到15條顯著的... 

【文章來源】：揚州大學(xué)江蘇省

【文章頁數(shù)】：75 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
英文縮略詞表
第一章 文獻綜述
    1.1 前言
    1.2 奶牛乳腺炎抗性選擇研究進展
        1.2.1 奶牛乳腺炎致病因素
        1.2.2 奶牛乳腺免疫及防御機制
        1.2.3 奶牛乳腺炎抗性性狀的挑選
    1.3 金黃色葡萄球菌型奶牛乳腺炎研究進展
    1.4 基因芯片技術(shù)在奶牛上應(yīng)用研究進展
        1.4.1 基因芯片技術(shù)簡介
        1.4.2 基因芯片技術(shù)研究現(xiàn)狀
        1.4.3 基因芯片技術(shù)在奶牛上的應(yīng)用
        1.4.4 基因芯片技術(shù)研究前景
    1.5 熒光定量PCR技術(shù)在奶牛上的研究進展
        1.5.1 熒光定量PCR技術(shù)簡介
        1.5.2 熒光定量PCR的分類及方法
        1.5.3 熒光定量PCR技術(shù)在奶牛乳腺炎中的應(yīng)用
    1.6 研究目的與意義
第二章 材料與方法
    2.1 材料
        2.1.1 實驗動物
        2.1.2 菌種
        2.1.3 奶樣
        2.1.4 組織樣
    2.2 主要試劑及儀器設(shè)備
        2.2.1 主要試劑及配制方法
        2.2.2 主要儀器設(shè)備
    2.3 差異表達基因的生物信息學(xué)分析
        2.3.1 主要生物學(xué)數(shù)據(jù)庫
        2.3.2 主要分析軟件
    2.4 方法與步驟
        2.4.1 RNA提取（mirVana RNA Isolation Kit提取Total RNA）
        2.4.2 金黃色葡萄球菌復(fù)蘇、培養(yǎng)、鑒定及保存
        2.4.3 奶牛金黃色葡萄球菌型乳腺炎人工誘導(dǎo)
        2.4.4 奶牛人工誘導(dǎo)金葡菌型乳腺炎全基因組表達譜分析
        2.4.5 芯片結(jié)果數(shù)據(jù)分析與處理
        2.4.6 差異表達基因的Q-PCR驗證分析
第三章 結(jié)果與分析
    3.1 總RNA提取及檢測
    3.2 金黃色葡萄球菌復(fù)蘇、培養(yǎng)及鑒定
    3.3 奶牛金黃色葡萄球菌型乳腺炎人工誘導(dǎo)試驗
        3.3.1 攻毒后奶牛臨床表現(xiàn)變化
        3.3.2 攻毒后奶牛BMT檢測情況
        3.3.3 攻毒后奶牛乳中SCC變化情況
        3.3.4 攻毒后奶牛乳腺組織切片觀察
    3.4 奶牛金黃色葡萄球菌人工誘導(dǎo)型乳腺炎全基因組表達譜分析
        3.4.1 總RNA提取質(zhì)量控制
        3.4.2 基因芯片雜交及數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化
        3.4.3 表達譜芯片差異表達基因的篩選
    3.5 差異表達基因的Q-PCR驗證
        3.5.1 目的基因與內(nèi)參基因的溶解曲線
        3.5.2 進行Q-PCR驗證基因的擴增曲線
        3.5.3 進行Q-PCR驗證基因的表達水平相對定量分析
第四章 討論與結(jié)論
    4.1 人工誘導(dǎo)奶牛金黃色葡萄球菌型乳腺炎試驗
        4.1.1 奶牛乳腺炎疾病模型的建立與應(yīng)用
        4.1.2 病原菌及供試奶牛的選擇
        4.1.3 人工誘導(dǎo)奶牛乳腺炎癥狀及變化
    4.2 奶牛金黃色葡萄球菌人工誘導(dǎo)型乳腺炎全基因組表達譜分析
        4.2.1 差異表達基因的篩選
        4.2.2 差異表達基因的GO分析
        4.2.3 差異表達基因的Pathway分析
    4.3 奶牛金黃色葡萄球菌人工誘導(dǎo)型乳腺炎Q-PCR驗證分析
    4.4 關(guān)于相關(guān)基因作為奶牛乳腺炎候選基因的討論
結(jié)論
參考文獻
附錄
致謝
攻讀學(xué)位期間發(fā)表的學(xué)術(shù)論文目錄


【參考文獻】：
期刊論文
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碩士論文
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本文編號：2974569