抗生素的發(fā)現(xiàn)與應(yīng)用對(duì)人類的文明發(fā)展具有不可磨滅的貢獻(xiàn),但隨著抗生素的不合理使用和濫用,抗生素殘留和耐藥性的廣泛傳播已嚴(yán)重危害畜牧業(yè)健康發(fā)展和公共衛(wèi)生安全。近年來科學(xué)家們已經(jīng)意識(shí)到耐藥菌的流行病學(xué)研究和耐藥基因水平轉(zhuǎn)移的重要性,并對(duì)細(xì)菌耐藥性的傳播機(jī)制進(jìn)行了探索。本文分兩條主線對(duì)耐藥性進(jìn)行研究,一是從宏基因組角度,分析了不同養(yǎng)殖環(huán)境下牛腸道菌群耐藥基因的差異;二是從病原菌角度,分析牛源志賀菌的流行病學(xué)以及耐藥譜、耐藥基因和毒力基因的流行特征。1.通過宏基因組方法,從宏觀角度對(duì)來自甘肅不同地區(qū)和養(yǎng)殖環(huán)境下的牦牛、肉牛、奶牛腸道菌群結(jié)構(gòu)及耐藥基因儲(chǔ)存庫(kù)進(jìn)行了綜合研究。無論是在腸道菌群攜帶耐藥基因的多樣性還是豐度水平上,牦牛組均顯著低于奶牛和肉牛組。2.分離鑒定了臨床樣品中的志賀菌,并確定了血清型。通過SS和麥康凱選擇培養(yǎng)基篩選,16S rDNA、API20E生化試驗(yàn)、血清凝集試驗(yàn)、多重PCR血清鑒定法共鑒定得到136株志賀菌,其中福氏志賀菌54株、宋內(nèi)志賀菌44株、痢疾志賀菌38株。填補(bǔ)了西北地區(qū)牛源志賀菌研究的空白,也為之后動(dòng)物源志賀菌的研究奠定了基礎(chǔ)。3.建立了分別針對(duì)福氏志賀菌、宋內(nèi)志... 

【文章來源】：中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院北京市

【文章頁(yè)數(shù)】：137 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：博士

【部分圖文】：

測(cè)序技術(shù)的發(fā)展史Fig1.1Thehistoryofsequencingtechnology

14圖 2.1 宏基因組信息分析流程圖Fig 2.1 The pipeline of metagenomic bioinformatics analysis

圖 2.2 部分樣品腸道菌群宏基因組Fig 2.2 Microflora metagenomic of part samples2.3.2 測(cè)序數(shù)據(jù)通過 Illumina HiSeq X ten 測(cè)序平臺(tái)測(cè)序，共獲得 404.26 Gb 的原始數(shù)據(jù) (Raw Data)，各

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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碩士論文
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