牛腸道菌群攜帶耐藥基因分析與志賀菌分離、分型及耐藥性研究
發(fā)布時間：2021-01-12 03:34
抗生素的發(fā)現(xiàn)與應(yīng)用對人類的文明發(fā)展具有不可磨滅的貢獻,但隨著抗生素的不合理使用和濫用,抗生素殘留和耐藥性的廣泛傳播已嚴(yán)重危害畜牧業(yè)健康發(fā)展和公共衛(wèi)生安全。近年來科學(xué)家們已經(jīng)意識到耐藥菌的流行病學(xué)研究和耐藥基因水平轉(zhuǎn)移的重要性,并對細(xì)菌耐藥性的傳播機制進行了探索。本文分兩條主線對耐藥性進行研究,一是從宏基因組角度,分析了不同養(yǎng)殖環(huán)境下牛腸道菌群耐藥基因的差異;二是從病原菌角度,分析牛源志賀菌的流行病學(xué)以及耐藥譜、耐藥基因和毒力基因的流行特征。1.通過宏基因組方法,從宏觀角度對來自甘肅不同地區(qū)和養(yǎng)殖環(huán)境下的牦牛、肉牛、奶牛腸道菌群結(jié)構(gòu)及耐藥基因儲存庫進行了綜合研究。無論是在腸道菌群攜帶耐藥基因的多樣性還是豐度水平上,牦牛組均顯著低于奶牛和肉牛組。2.分離鑒定了臨床樣品中的志賀菌,并確定了血清型。通過SS和麥康凱選擇培養(yǎng)基篩選,16S rDNA、API20E生化試驗、血清凝集試驗、多重PCR血清鑒定法共鑒定得到136株志賀菌,其中福氏志賀菌54株、宋內(nèi)志賀菌44株、痢疾志賀菌38株。填補了西北地區(qū)牛源志賀菌研究的空白,也為之后動物源志賀菌的研究奠定了基礎(chǔ)。3.建立了分別針對福氏志賀菌、宋內(nèi)志...
【文章來源】：中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院北京市
【文章頁數(shù)】：137 頁
【學(xué)位級別】：博士
【部分圖文】：
測序技術(shù)的發(fā)展史Fig1.1Thehistoryofsequencingtechnology
14圖 2.1 宏基因組信息分析流程圖Fig 2.1 The pipeline of metagenomic bioinformatics analysis
圖 2.2 部分樣品腸道菌群宏基因組Fig 2.2 Microflora metagenomic of part samples2.3.2 測序數(shù)據(jù)通過 Illumina HiSeq X ten 測序平臺測序，共獲得 404.26 Gb 的原始數(shù)據(jù) (Raw Data)，各
【參考文獻】：
期刊論文
[1]牦牛源鮑氏志賀菌的鑒定及對BALB/c小鼠的致病性[J]. 冉丹丹,于學(xué)輝,湯承,李鍵,宋定州. 畜牧獸醫(yī)學(xué)報. 2013(01)
[2]細(xì)菌外排泵與抗生素耐藥的相關(guān)性[J]. 孫淵,査偉斌,周芳,吳曉蘭,張經(jīng)緯,王廣基. 中國臨床藥理學(xué)與治療學(xué). 2012(05)
[3]DNA測序技術(shù)發(fā)展及其展望[J]. 孫海汐,王秀杰. 科研信息化技術(shù)與應(yīng)用. 2009(03)
[4]志賀菌毒力因子[J]. 郗寧,韓儉,丁進芳. 甘肅科技. 2009(03)
[5]某豬場斷奶腹瀉仔豬致病菌的調(diào)查[J]. 楊雪,郭定宗,祝海寶,吳慶儒,李文波,千國勝. 中國畜牧獸醫(yī). 2007(08)
[6]志賀菌毒力相關(guān)基因的PCR檢測分析[J]. 熊燕,江元山,陳智,龍一兵,朱焰,付秀章,蔣濤,周軍波. 中國衛(wèi)生檢驗雜志. 2007(05)
[7]幼犬志賀氏菌感染的微生物學(xué)診斷[J]. 高鳳山,胡桂學(xué). 安徽農(nóng)學(xué)通報. 2007(03)
[8]集約化兔場高致病性痢疾志賀菌的分離與鑒定[J]. 蔣建軍,王鵬雁,剡根強,康立超. 黑龍江畜牧獸醫(yī). 2006(08)
[9]雞志賀氏菌感染的血清流行病學(xué)調(diào)查[J]. 許蘭菊,王川慶,馬水鋒,薛雙,趙原亮. 中國獸醫(yī)學(xué)報. 2005(06)
[10]雞志賀菌病的病原鑒定[J]. 許蘭菊,臧為民,康相濤,胡功政,王川慶. 畜牧獸醫(yī)學(xué)報. 2004(04)
碩士論文
[1]北京地區(qū)實驗動物中綠膿桿菌耐藥分析及PFGE和MLVA分型方法比較[D]. 邢進.中國人民解放軍軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院 2012
[2]志賀菌臨床株耐藥性分析及對氟喹諾酮抗生素耐藥機制的研究[D]. 梁帆.天津醫(yī)科大學(xué) 2012
[3]基于自由詞的基因功能注釋和分子網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建[D]. 汪佳宏.南方醫(yī)科大學(xué) 2012
[4]福氏志賀菌F4cv和F4s新亞型的表型及基因型特性研究[D]. 陳琛.中國人民解放軍軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院 2011
[5]不同株雞源志賀菌的生物學(xué)特性及致病性研究[D]. 楊永珍.河南農(nóng)業(yè)大學(xué) 2011
[6]志賀菌、豬鏈球菌和鮑曼不動桿菌分子分型及遺傳變異分析[D]. 王中強.中國人民解放軍軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院 2011
本文編號：2972063
【文章來源】：中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院北京市
【文章頁數(shù)】：137 頁
【學(xué)位級別】：博士
【部分圖文】：
測序技術(shù)的發(fā)展史Fig1.1Thehistoryofsequencingtechnology
14圖 2.1 宏基因組信息分析流程圖Fig 2.1 The pipeline of metagenomic bioinformatics analysis
圖 2.2 部分樣品腸道菌群宏基因組Fig 2.2 Microflora metagenomic of part samples2.3.2 測序數(shù)據(jù)通過 Illumina HiSeq X ten 測序平臺測序，共獲得 404.26 Gb 的原始數(shù)據(jù) (Raw Data)，各
【參考文獻】：
期刊論文
[1]牦牛源鮑氏志賀菌的鑒定及對BALB/c小鼠的致病性[J]. 冉丹丹,于學(xué)輝,湯承,李鍵,宋定州. 畜牧獸醫(yī)學(xué)報. 2013(01)
[2]細(xì)菌外排泵與抗生素耐藥的相關(guān)性[J]. 孫淵,査偉斌,周芳,吳曉蘭,張經(jīng)緯,王廣基. 中國臨床藥理學(xué)與治療學(xué). 2012(05)
[3]DNA測序技術(shù)發(fā)展及其展望[J]. 孫海汐,王秀杰. 科研信息化技術(shù)與應(yīng)用. 2009(03)
[4]志賀菌毒力因子[J]. 郗寧,韓儉,丁進芳. 甘肅科技. 2009(03)
[5]某豬場斷奶腹瀉仔豬致病菌的調(diào)查[J]. 楊雪,郭定宗,祝海寶,吳慶儒,李文波,千國勝. 中國畜牧獸醫(yī). 2007(08)
[6]志賀菌毒力相關(guān)基因的PCR檢測分析[J]. 熊燕,江元山,陳智,龍一兵,朱焰,付秀章,蔣濤,周軍波. 中國衛(wèi)生檢驗雜志. 2007(05)
[7]幼犬志賀氏菌感染的微生物學(xué)診斷[J]. 高鳳山,胡桂學(xué). 安徽農(nóng)學(xué)通報. 2007(03)
[8]集約化兔場高致病性痢疾志賀菌的分離與鑒定[J]. 蔣建軍,王鵬雁,剡根強,康立超. 黑龍江畜牧獸醫(yī). 2006(08)
[9]雞志賀氏菌感染的血清流行病學(xué)調(diào)查[J]. 許蘭菊,王川慶,馬水鋒,薛雙,趙原亮. 中國獸醫(yī)學(xué)報. 2005(06)
[10]雞志賀菌病的病原鑒定[J]. 許蘭菊,臧為民,康相濤,胡功政,王川慶. 畜牧獸醫(yī)學(xué)報. 2004(04)
碩士論文
[1]北京地區(qū)實驗動物中綠膿桿菌耐藥分析及PFGE和MLVA分型方法比較[D]. 邢進.中國人民解放軍軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院 2012
[2]志賀菌臨床株耐藥性分析及對氟喹諾酮抗生素耐藥機制的研究[D]. 梁帆.天津醫(yī)科大學(xué) 2012
[3]基于自由詞的基因功能注釋和分子網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建[D]. 汪佳宏.南方醫(yī)科大學(xué) 2012
[4]福氏志賀菌F4cv和F4s新亞型的表型及基因型特性研究[D]. 陳琛.中國人民解放軍軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院 2011
[5]不同株雞源志賀菌的生物學(xué)特性及致病性研究[D]. 楊永珍.河南農(nóng)業(yè)大學(xué) 2011
[6]志賀菌、豬鏈球菌和鮑曼不動桿菌分子分型及遺傳變異分析[D]. 王中強.中國人民解放軍軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院 2011
本文編號：2972063
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