為了解豬流行性腹瀉病毒（PEDV）的遺傳變異情況,本研究對2016—2018年間從河南和山西等地多個(gè)規(guī)模化豬場隨機(jī)采集的25份患有腹瀉仔豬小腸及內(nèi)容物提取RNA進(jìn)行PEDV RT-PCR檢測,陽性樣品進(jìn)行S全基因克隆、遺傳進(jìn)化與重組分析。結(jié)果顯示,25份腹瀉仔豬樣品中檢測出18個(gè)PEDV陽性樣品,成功克隆18株P(guān)EDV毒株S全基因序列,與GenBank中發(fā)表的30條PEDV S基因序列進(jìn)行比較分析,核苷酸同源性均在92.8%以上,存在多處堿基點(diǎn)突變、插入與缺失,且SX-TY1-2017毒株在3 291～4 132 nt位置處發(fā)生重組,可能是由親本株CH/HNZZ47/2016和HN-KF-2017重組產(chǎn)生的�；赟全基因遺傳進(jìn)化樹結(jié)果,克隆的18株P(guān)EDV屬于G2群且位于不同分支,表明PEDV流行株在2016—2018年間出現(xiàn)一定的變異。 

【文章來源】：中國獸醫(yī)學(xué)報(bào). 2020,40(09)北大核心

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【部分圖文】：

PEDV檢測結(jié)果

表3 PEDV S基因序列樣品信息 毒株名稱 來源地區(qū) GenBank 登錄號(hào) S基因長度/bp 采樣時(shí)間 HN/XX1/2016 河南,�？h MN412562 4 161 2016.03 HN/XX2/2016 河南,�？h MN412563 4 161 2016.03 HN/XX3/2016 河南,浚縣 MN412564 4 161 2016.03 HN/XX/2016 河南,新鄉(xiāng) MN412569 4 161 2016.12 HN/PY/2016 河南,濮陽 MN412568 4 161 2016.12 SX/TY1/2017 山西,太原 MN412571 4 158 2017.02 SX/TY2/2017 山西,太原 MN412572 4 158 2017.02 HN/KF/2017 河南,開封 MN412567 4 158 2017.03 HN/XZ/2017 河南,新鄭 MN412570 4 158 2017.12 SX/WS1/2018 山西,文水 MN412573 4 161 2018.02 SX/WS2/2018 山西,文水 MN412574 4 161 2018.02 HN/YY1/2018 河南,原陽 MN412565 4 161 2018.03 HN/YY2/2018 河南,原陽 MN412566 4 161 2018.04 HN/XC1/2018 河南,許昌 MN412560 4 161 2018.02 HN/XC2/2018 河南,許昌 MN412561 4 161 2018.02 HN/HB1/2018 河南,鶴壁 MN412558 4 161 2018.03 HN/HB2/2018 河南,鶴壁 MN412559 4 161 2018.03 HN/JY/2018 河南,濟(jì)源 MN412557 4 158 2018.042.4 S基因的遺傳進(jìn)化樹

通過對S基因編碼氨基酸突變結(jié)果表明,與30株參考株相比,存在多處的點(diǎn)突變、堿基插入和缺失。這些點(diǎn)突變、堿基插入和缺失會(huì)改變氨基酸表達(dá),是產(chǎn)生新型變異毒株的主要原因。同源性分析結(jié)果表明,18株P(guān)EDV S全基因間的同源性為96.0%～99.9%,與參考株S基因同源性為92.8%～99.3%。與河南往年分離株的同源性為96.2%～99.3%,與經(jīng)典CV777毒株的核苷酸同源性為93.2%～93.7%,與美國新型毒株USA/IL20697/2014同源性為93.8%～96.0%。由此可見,近年來,從S基因的核苷酸和氨基酸的水平上看,PEDV S基因的突變主要集中在S1區(qū)域,本試驗(yàn)得到的18條流行株S全基因均在164～166 nt處有3個(gè)堿基(TTG)插入,177～185 nt有9個(gè)堿基(GGGTGTCAA)的插入,在427～429 nt有3個(gè)堿基(AAT)插入,在487～492 nt有6個(gè)堿基(CGTGAT)缺失。這幾處的變異是與傳統(tǒng)毒株區(qū)別,其毒力增強(qiáng)的主要原因。將本試驗(yàn)獲得的18株S全基因核苷酸序列與GenBank中的30條PEDV參考株序列進(jìn)行演化關(guān)系分析,結(jié)果將所有毒株分為2個(gè)群。G1群包括早些年分離得到的經(jīng)典毒株序列以及疫苗株;G2群包括本試驗(yàn)擴(kuò)增的18株毒株以及其他參考毒株,主要是2010年以后分離得到的流行株。與近幾年的河南地區(qū)PEDV毒株均處在統(tǒng)一分支,具有較近的親緣關(guān)系,這與趙麗等[16]和喬涵等[17]對河南地區(qū)PEDV S 基因序列分析的結(jié)果一致。本試驗(yàn)擴(kuò)增的18株毒株與近幾年的河南地區(qū)PEDV毒株以及國內(nèi)外的流行株均處在同一分支,具有較近的親緣關(guān)系。但是,在G2群內(nèi),又分出一些小分支,其中HN/KF/2017、HN/XZ/2017、SX/TY1/2017、HN/JY/2018和SX/TY2-2017與GDGZ、AJ1102處于同一小分支,核苷酸同源性為97.2%～99.6%,具有較近的親緣關(guān)系。HN/XX/2016、HN/XX3/2016、HN/XX1/2016與CH/LXC/2014以及SX/WS2/2018與CH/HNLH/2015、CH/HNAY/2015、CH/HNKF/16和CH/HSY/2013分別處于一個(gè)小的分支,核苷酸同源性分別為98.2%～99.9%,98.5%～99.3%。本試驗(yàn)中的HN/PY/2016、HN/XX2/2016、SX/WS1/2018、HN/HB1/2018、HN/HB2/2018、HN/XC1/2018、HN/XC2/2018、HN/YY1/2018和HN/YY2/2018 9株毒株單獨(dú)處于一個(gè)小分支,核苷酸同源性為98.9%～99.9%,親緣關(guān)系較近,表明在2016—2018年間,PEDV S基因出現(xiàn)了一定的變異。


本文編號(hào)：2970174