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基于16S rRNA技術研究菌群移植調(diào)控肉雞回腸和盲腸微生物組的機制

發(fā)布時間:2021-01-06 02:09
  本研究的目的是探索菌群移植對肉雞生長性能和回腸、盲腸微生物組的影響,并探討肉雞菌群移植替代抗生素的可行性。試驗選擇480只體重相近的1日齡AA雄性肉雞,試驗隨機分為4個處理,每個處理120只雞,每10只為一個重復。試驗處理為日糧(有抗、無抗)和接種(接種,不接種)兩個試驗因素組合成4個處理。其中有抗日糧在基礎日糧中添加100mg/kg金霉素,無抗日糧為不添加任何抗生素的基礎日糧;A日糧采用玉米-豆粕-棉粕型日糧。占位菌接種組于1日齡和2日齡各灌服占位菌原液0.3 ml/只,共灌服2d。試驗期42 d。結果如下:菌群移植對肉雞生長性能的影響研究分別于21和42日齡以重復為單位稱重、結料,計算各生長階段平均體重、平均日增重、平均日耗料和飼料轉(zhuǎn)化效率。結果表明,全群肉雞死淘率為4.58%,雞只健康狀況良好;飼料添加抗生素和雞只接種占位菌未影響肉雞各生長階段的死淘率(P>0.05);飼料添加抗生素和雞只接種占位菌均未影響肉雞生長前期和后期平均體重、日增重、日采食量和飼料轉(zhuǎn)化率(P>0.05)。菌群移植對肉雞回腸和盲腸微生物組的調(diào)控機制研究利用Illumina MiSeq測序平臺進... 

【文章來源】:中國農(nóng)業(yè)科學院北京市

【文章頁數(shù)】:58 頁

【學位級別】:博士

【部分圖文】:

基于16S rRNA技術研究菌群移植調(diào)控肉雞回腸和盲腸微生物組的機制


圖3-1信息交互分類圖

統(tǒng)計圖,分類單元,可操作,鑒定結果


?'‘:文々.霧??I?^?%??圖3-1信息交互分類圖。圓圈從內(nèi)到外依次代表門、綱、目、科、屬和種六個分??類水平,扇形的大小反映了不同分類單元的相對豐度高低,并給出具體數(shù)值??Figure?3-1?Taxonomy?of?information?interaction.?The?circle?represents?the??classification?levels?of?phylum,?class,?order,?family,?genus?and?species?from?the?inside??to?the?outside?successively.?The?size?of?the?sector?reflects?the?relative?abundance?of??different?classification?units?and?specific?values??2.2分類操作單元劃分??試驗獲得139629條高質(zhì)量序列(表3-1?)。對照組每個樣品平均有5706個序??列,而菌群移植組有5930個序列。所有樣品共包括19057個OTU?(圖3-2);??于97%相似性,對照組盲腸包括9個菌門、16個綱、18個目、27個科、53個屬??和92個種,而對照組回腸包括3個菌門、6個綱、7個目、9個科、10個屬和??25個種。菌群移植組的盲腸檢測出8個菌門、15個綱、16個目、25個科、19??個屬和87個種,回腸檢測出2個菌門、4個綱、5個目、6個科、7個屬和19??個種。對照組和菌群移植組有417個共有OTU?(圖3-3),對照組檢測數(shù)193個??特有OTU

盲腸,菌群,對照組,樣品


it?was?possible)?and?are?reported?as?means?of?each?group?(global?R?=?0.71?P?<?0.001,??Analysis?of?Similarity)??對照組和菌群移植組有417個共有OTU?(圖3-3),對照組檢測出193個特??有OTU,而菌群移植組檢測出191個特有OTU。??,,'V:?_?^?,?.??,.?-??A?B????.龜??…????610?417?608????'?^?^?%?>???,、?\??....?.奪__鑛__驛.??雙電參釋費漱鱗■I:?曾以??圖3-3共有OTU的韋恩氏圖。圓A表示對照組盲腸(M1-M6)和回腸(H1-H6)??樣品。圓B表示菌群移植組盲腸(M13-M18)和回腸(H13-H18)樣品??Figure?3-3?Venn?diagram?of?common?OTU.?Circle?A?indicates?cecum?(Ml—M6)?and??ileum?(H1-H6)?samples?without?microbiota?transplantation.?Circle?B?indicates?cecum??(M13-M18)?and?ileum?(H13-H18)?samples?with?microbiota?transplantation??2.3?a和p多樣性??對照組盲腸樣品中的Chaol、ACE、Simpson和Shannon指數(shù)分別為295.64、??328.79、0.95?和?5.70

【參考文獻】:
期刊論文
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[4]菌群移植體系建設的理念[J]. 張發(fā)明,龍楚彥.  轉(zhuǎn)化醫(yī)學雜志. 2018(01)
[5]移植不同飼料利用效率豬的糞便可定向改變偽無菌小鼠的生長性能[J]. 李天天,何貝貝,李娜,劉婷,時夢,肖英平,楊華,展德文,王軍軍.  中國實驗動物學報. 2018(02)
[6]家禽腸道微生物穩(wěn)定性影響因素及其生理功能研究進展[J]. 王姝妹,盧立志.  中國家禽. 2017(15)
[7]糞菌移植體系的整體整合醫(yī)學思考[J]. 張發(fā)明,龍楚彥,李潘.  生命科學. 2017(07)
[8]高產(chǎn)期不同產(chǎn)蛋水平蛋雞腸道微生物群落特征[J]. 張亞楠,魏單平,韓瑞麗,張彥庭,劉小軍,康相濤,王彥彬.  中國獸醫(yī)學報. 2017(06)
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[10]糞菌移植的方法學及其治療炎癥性腸病的研究進展[J]. 向杰,張發(fā)明,黃光明.  胃腸病學. 2016(02)

博士論文
[1]地衣芽孢桿菌對蛋雞生產(chǎn)性能的影響及機理研究[D]. 雷凱.浙江大學 2015

碩士論文
[1]糞菌移植治療慢性功能性便秘和潰瘍性結腸炎的臨床研究[D]. 田艷.成都醫(yī)學院 2018
[2]不同飼養(yǎng)環(huán)境對蛋雞健康的影響[D]. 林曉艷.山東農(nóng)業(yè)大學 2018
[3]菌群移植對家兔生產(chǎn)性能、盲腸微生態(tài)和免疫性能的影響[D]. 宋冰.西北農(nóng)林科技大學 2017
[4]不同偏熱環(huán)境對肉雞盲腸菌群多樣性與氮代謝的影響[D]. 彭騫騫.河北工程大學 2016
[5]基于16SrRNA基因的食源性致病菌的實時熒光PCR檢測研究[D]. 劉玲雪.山東師范大學 2016
[6]微生物16S rRNA基因序列分類單元(OTUs)聚類算法的設計與實現(xiàn)[D]. 鄧飛龍.四川農(nóng)業(yè)大學 2016
[7]采用ERIC-PCR技術研究雞白痢、新城疫感染雛雞及健康雞腸道菌群結構[D]. 李猶平.四川農(nóng)業(yè)大學 2007



本文編號:2959722

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