綿羊高密度SNP芯片GGP OvineHD的設(shè)計
發(fā)布時間：2021-01-04 07:28
綿羊是主要的家畜之一,為人類提供重要的食物及紡織品原料。SNP芯片是人們進行現(xiàn)代遺傳育種便捷高效的工具。隨著基因組測序及生物信息學(xué)分析手段的豐富與成熟,人們對綿羊的基因組、特定變異與相關(guān)性狀的關(guān)系有了更為深入的了解。現(xiàn)有綿羊高密度芯片為新西蘭農(nóng)業(yè)研究所（AgResearch）設(shè)計的包含606K位點的OvineHD BeadChip,其主要依據(jù)國外品種綿羊數(shù)據(jù)進行篩選,缺乏中國綿羊品種特有的SNP標記,而且對功能性位點和區(qū)域的體現(xiàn)不足,位點均勻度不夠。為滿足當前育種生產(chǎn)上對芯片位點功能檢測、功能研究方面的需求,體現(xiàn)中國地方品種綿羊的遺傳特點,本文研究依托世界范圍內(nèi)共817只綿羊的重測序數(shù)據(jù),以綿羊v4.0基因組和最新三代綿羊基因組為參考,結(jié)合已有的與綿羊功能相關(guān)的研究,設(shè)計了一款636K高密度綿羊SNP芯片——Affymetrix GeneSeek Genomic Profiler OvineHD（GGP OvineHD）。主要研究結(jié)果如下:（1）該芯片最終包含位點636336個,距離小于1000bp和大于8000bp的位點數(shù)相較OvineHD BeadChip減少59.76%。（2）在...
【文章來源】：西北農(nóng)林科技大學(xué)陜西省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校
【文章頁數(shù)】：79 頁
【學(xué)位級別】：碩士
【部分圖文】：
綿羊數(shù)據(jù)來源及群體結(jié)構(gòu)分析(Zhaoetal.2017)
圖 1-2 依靠 SNP 數(shù)據(jù)進行的 GWAS 分析(Demars et al. 2013)Figure 1-2 GWAS analysis based on SNP data (Demars et al. 2013)吉陽等人在 2016(Yang et al. 2016)年的研究中，重測序了 77 個綿羊樣本的數(shù)據(jù)，用來分析綿羊?qū)O端環(huán)境的適應(yīng)模式及基因組層面的規(guī)律。為驗證重測序獲得的 SNP結(jié)果的可靠性，他們將重測序結(jié)果與綿羊dbSNP及33只綿羊個體OvineSNP50 Beadchip數(shù)據(jù)進行比較，最終得到兩個 SNP 集合的結(jié)果的平均一致率為 95.51%，從而證明了他們重測序 SNP 結(jié)果的可靠性。在生產(chǎn)方面，Brito 等人在 2017 年(Brito et al. 2017)的研究中通過綿羊高密度芯片獲得的 SNP 數(shù)據(jù)進行育種值的分析，并得到有關(guān)生長、產(chǎn)奶、產(chǎn)肉等重要生產(chǎn)相關(guān)性狀的育種值的預(yù)測方法。其在同年的另一項研究中(Brito et al. 2017)，通過綿羊高密度芯片獲得的數(shù)據(jù)分析了新西蘭綿羊群體結(jié)構(gòu)，得出不同品種的有效種群規(guī)模隨品種的不同而變化很大的結(jié)論。
圖 2-1 數(shù)據(jù)個體所屬區(qū)域展示Figure 2-1 Display of individual area通過這批數(shù)據(jù)，我們獲得的 SNP 數(shù)量是 40187239 個，通過 Affymetrix 公司的位點質(zhì)量評估系統(tǒng)評估后，公司從中評估出 26093865 個推薦位點，本次芯片設(shè)計所篩選的位點，除部分重要的功能位點外，基本全部來自這個 26M 位點集合。2.1.2 分析軟件及工具VCFtools 是一個程序包，用于處理 VCF 文件。VCFtools 的目的是提供易于訪問的方法，以 VCF 文件的形式處理復(fù)雜的遺傳變異數(shù)據(jù)。此工具集可用于對 VCF 文件執(zhí)行操作包括過濾掉特定的變體、比較文件、總結(jié)變體、轉(zhuǎn)換為不同的文件類型、驗證和合并文件及創(chuàng)建變體的交叉點和子集等。其可以通 http://vcftools.sourceforge.net/downloads.html 網(wǎng)址下載。本文研究所使用給 VCFtools 版本為 0.1.14。Perl 是一種豐富的計算機程序語言，為本文研究文本處理方面的問題提供大量解決工具，本文研究所使用的 Perl 版本為 5.10.1。其可以通過 http://www.perl.org/get.html網(wǎng)址下載。
【參考文獻】：
期刊論文
[1]基因芯片與高通量測序技術(shù)的原理與應(yīng)用的比較[J]. 徐曉麗,林娟,鄢仁祥. 中國生物化學(xué)與分子生物學(xué)報. 2018(11)
本文編號：2956400
【文章來源】：西北農(nóng)林科技大學(xué)陜西省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校
【文章頁數(shù)】：79 頁
【學(xué)位級別】：碩士
【部分圖文】：
綿羊數(shù)據(jù)來源及群體結(jié)構(gòu)分析(Zhaoetal.2017)
圖 1-2 依靠 SNP 數(shù)據(jù)進行的 GWAS 分析(Demars et al. 2013)Figure 1-2 GWAS analysis based on SNP data (Demars et al. 2013)吉陽等人在 2016(Yang et al. 2016)年的研究中，重測序了 77 個綿羊樣本的數(shù)據(jù)，用來分析綿羊?qū)O端環(huán)境的適應(yīng)模式及基因組層面的規(guī)律。為驗證重測序獲得的 SNP結(jié)果的可靠性，他們將重測序結(jié)果與綿羊dbSNP及33只綿羊個體OvineSNP50 Beadchip數(shù)據(jù)進行比較，最終得到兩個 SNP 集合的結(jié)果的平均一致率為 95.51%，從而證明了他們重測序 SNP 結(jié)果的可靠性。在生產(chǎn)方面，Brito 等人在 2017 年(Brito et al. 2017)的研究中通過綿羊高密度芯片獲得的 SNP 數(shù)據(jù)進行育種值的分析，并得到有關(guān)生長、產(chǎn)奶、產(chǎn)肉等重要生產(chǎn)相關(guān)性狀的育種值的預(yù)測方法。其在同年的另一項研究中(Brito et al. 2017)，通過綿羊高密度芯片獲得的數(shù)據(jù)分析了新西蘭綿羊群體結(jié)構(gòu)，得出不同品種的有效種群規(guī)模隨品種的不同而變化很大的結(jié)論。
圖 2-1 數(shù)據(jù)個體所屬區(qū)域展示Figure 2-1 Display of individual area通過這批數(shù)據(jù)，我們獲得的 SNP 數(shù)量是 40187239 個，通過 Affymetrix 公司的位點質(zhì)量評估系統(tǒng)評估后，公司從中評估出 26093865 個推薦位點，本次芯片設(shè)計所篩選的位點，除部分重要的功能位點外，基本全部來自這個 26M 位點集合。2.1.2 分析軟件及工具VCFtools 是一個程序包，用于處理 VCF 文件。VCFtools 的目的是提供易于訪問的方法，以 VCF 文件的形式處理復(fù)雜的遺傳變異數(shù)據(jù)。此工具集可用于對 VCF 文件執(zhí)行操作包括過濾掉特定的變體、比較文件、總結(jié)變體、轉(zhuǎn)換為不同的文件類型、驗證和合并文件及創(chuàng)建變體的交叉點和子集等。其可以通 http://vcftools.sourceforge.net/downloads.html 網(wǎng)址下載。本文研究所使用給 VCFtools 版本為 0.1.14。Perl 是一種豐富的計算機程序語言，為本文研究文本處理方面的問題提供大量解決工具，本文研究所使用的 Perl 版本為 5.10.1。其可以通過 http://www.perl.org/get.html網(wǎng)址下載。
【參考文獻】：
期刊論文
[1]基因芯片與高通量測序技術(shù)的原理與應(yīng)用的比較[J]. 徐曉麗,林娟,鄢仁祥. 中國生物化學(xué)與分子生物學(xué)報. 2018(11)
本文編號：2956400
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