發(fā)布時(shí)間：2021-01-04 07:28

　　綿羊是主要的家畜之一,為人類(lèi)提供重要的食物及紡織品原料。SNP芯片是人們進(jìn)行現(xiàn)代遺傳育種便捷高效的工具。隨著基因組測(cè)序及生物信息學(xué)分析手段的豐富與成熟,人們對(duì)綿羊的基因組、特定變異與相關(guān)性狀的關(guān)系有了更為深入的了解�，F(xiàn)有綿羊高密度芯片為新西蘭農(nóng)業(yè)研究所（AgResearch）設(shè)計(jì)的包含606K位點(diǎn)的OvineHD BeadChip,其主要依據(jù)國(guó)外品種綿羊數(shù)據(jù)進(jìn)行篩選,缺乏中國(guó)綿羊品種特有的SNP標(biāo)記,而且對(duì)功能性位點(diǎn)和區(qū)域的體現(xiàn)不足,位點(diǎn)均勻度不夠。為滿(mǎn)足當(dāng)前育種生產(chǎn)上對(duì)芯片位點(diǎn)功能檢測(cè)、功能研究方面的需求,體現(xiàn)中國(guó)地方品種綿羊的遺傳特點(diǎn),本文研究依托世界范圍內(nèi)共817只綿羊的重測(cè)序數(shù)據(jù),以綿羊v4.0基因組和最新三代綿羊基因組為參考,結(jié)合已有的與綿羊功能相關(guān)的研究,設(shè)計(jì)了一款636K高密度綿羊SNP芯片——Affymetrix GeneSeek Genomic Profiler OvineHD（GGP OvineHD）。主要研究結(jié)果如下:（1）該芯片最終包含位點(diǎn)636336個(gè),距離小于1000bp和大于8000bp的位點(diǎn)數(shù)相較OvineHD BeadChip減少59.76%。（2）在... 

【文章來(lái)源】：西北農(nóng)林科技大學(xué)陜西省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁(yè)數(shù)】：79 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

綿羊數(shù)據(jù)來(lái)源及群體結(jié)構(gòu)分析(Zhaoetal.2017)

圖 1-2 依靠 SNP 數(shù)據(jù)進(jìn)行的 GWAS 分析(Demars et al. 2013)Figure 1-2 GWAS analysis based on SNP data (Demars et al. 2013)吉陽(yáng)等人在 2016(Yang et al. 2016)年的研究中，重測(cè)序了 77 個(gè)綿羊樣本的數(shù)據(jù)，用來(lái)分析綿羊?qū)O端環(huán)境的適應(yīng)模式及基因組層面的規(guī)律。為驗(yàn)證重測(cè)序獲得的 SNP結(jié)果的可靠性，他們將重測(cè)序結(jié)果與綿羊dbSNP及33只綿羊個(gè)體OvineSNP50 Beadchip數(shù)據(jù)進(jìn)行比較，最終得到兩個(gè) SNP 集合的結(jié)果的平均一致率為 95.51%，從而證明了他們重測(cè)序 SNP 結(jié)果的可靠性。在生產(chǎn)方面，Brito 等人在 2017 年(Brito et al. 2017)的研究中通過(guò)綿羊高密度芯片獲得的 SNP 數(shù)據(jù)進(jìn)行育種值的分析，并得到有關(guān)生長(zhǎng)、產(chǎn)奶、產(chǎn)肉等重要生產(chǎn)相關(guān)性狀的育種值的預(yù)測(cè)方法。其在同年的另一項(xiàng)研究中(Brito et al. 2017)，通過(guò)綿羊高密度芯片獲得的數(shù)據(jù)分析了新西蘭綿羊群體結(jié)構(gòu)，得出不同品種的有效種群規(guī)模隨品種的不同而變化很大的結(jié)論。

圖 2-1 數(shù)據(jù)個(gè)體所屬區(qū)域展示Figure 2-1 Display of individual area通過(guò)這批數(shù)據(jù)，我們獲得的 SNP 數(shù)量是 40187239 個(gè)，通過(guò) Affymetrix 公司的位點(diǎn)質(zhì)量評(píng)估系統(tǒng)評(píng)估后，公司從中評(píng)估出 26093865 個(gè)推薦位點(diǎn)，本次芯片設(shè)計(jì)所篩選的位點(diǎn)，除部分重要的功能位點(diǎn)外，基本全部來(lái)自這個(gè) 26M 位點(diǎn)集合。2.1.2 分析軟件及工具VCFtools 是一個(gè)程序包，用于處理 VCF 文件。VCFtools 的目的是提供易于訪問(wèn)的方法，以 VCF 文件的形式處理復(fù)雜的遺傳變異數(shù)據(jù)。此工具集可用于對(duì) VCF 文件執(zhí)行操作包括過(guò)濾掉特定的變體、比較文件、總結(jié)變體、轉(zhuǎn)換為不同的文件類(lèi)型、驗(yàn)證和合并文件及創(chuàng)建變體的交叉點(diǎn)和子集等。其可以通 http://vcftools.sourceforge.net/downloads.html 網(wǎng)址下載。本文研究所使用給 VCFtools 版本為 0.1.14。Perl 是一種豐富的計(jì)算機(jī)程序語(yǔ)言，為本文研究文本處理方面的問(wèn)題提供大量解決工具，本文研究所使用的 Perl 版本為 5.10.1。其可以通過(guò) http://www.perl.org/get.html網(wǎng)址下載。

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]基因芯片與高通量測(cè)序技術(shù)的原理與應(yīng)用的比較[J]. 徐曉麗,林娟,鄢仁祥.  中國(guó)生物化學(xué)與分子生物學(xué)報(bào). 2018(11)



本文編號(hào)：2956400