【摘要】：豬源耐甲氧西林金黃色葡萄球菌(Methicillin-resistant Staphylococcus aureus,MRSA)不僅嚴(yán)重危害養(yǎng)殖業(yè),還對(duì)生物食品安全以及公共衛(wèi)生安全帶來極大的威脅。然而,我國生豬養(yǎng)殖加工銷售鏈中豬源MRSA的流行病學(xué)特征仍缺乏系統(tǒng)的評(píng)估,其流行克隆的遺傳進(jìn)化特征也缺少系統(tǒng)的闡述。因此,本研究在2014年10月至2015年9月從廈門某養(yǎng)殖場(chǎng)、屠宰加工環(huán)節(jié)以及超市采集1485份豬源樣本,評(píng)估豬源MRSA菌株在整個(gè)豬肉生產(chǎn)加工銷售過程中各個(gè)環(huán)節(jié)的污染狀況;采用紙片法調(diào)查豬源MRSA菌株對(duì)21種抗生素的藥物敏感性;通過聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(Polymerase chain reaction,PCR)檢測(cè)豬源MRSA菌株中的38個(gè)耐藥基因、37個(gè)毒力基因以及可移動(dòng)元件(mobile genetic elements,MGEs)lsa(E)基因簇和Tn558的攜帶情況;通過葡萄球菌基因盒(Staphylococcal cassette chromosome mec,SCCmec)分型、多位點(diǎn)序列分型(Multilocus sequence typing,MLST)、金黃色葡萄球菌蛋白A基因多態(tài)性分型(spa分型)以及脈沖場(chǎng)凝膠電泳(Pulsed field gel electrophoresis,PFGE)分型探究不同環(huán)節(jié)中豬源MRSA的流行克隆;利用二代高通量全基因組測(cè)序技術(shù)研究其流行克隆的遺傳進(jìn)化、抗性和毒力基因的遺傳背景。1、采樣共1485份,分離到豬源MRSA共54株,檢出率為3.6%。其中,養(yǎng)豬場(chǎng)、屠宰加工環(huán)節(jié)以及超市的檢出率分別為2.4%(13/542)、4.0%(31/780)以及6.1%(10/163)。藥物敏感性試驗(yàn)結(jié)果顯示,來自養(yǎng)殖場(chǎng)的MRSA菌株對(duì)≥6類抗生素耐藥的菌株比例為100.0%(13/13),大于屠宰加工環(huán)節(jié)(80.6%,25/31)以及超市(40.0%,4/10)的比例。2、同時(shí)攜帶lsa(E)基因簇和Tn558的MRSA在養(yǎng)殖場(chǎng)(92.3%,12/13)中MRSA的比例高于屠宰加工環(huán)節(jié)(80.6%,25/31)和超市(10.0%,1/10)的比例。毒力基因hla、hlb、seg、sei、sem、ebpS、fnbA和cap5基因在養(yǎng)殖場(chǎng)(84.6%,84.6%,84.6%,100.0%,100.0%,100.0%,100.0%,100.0%)中MRSA的攜帶率也高于來自屠宰加工環(huán)節(jié)(77.4%,74.2%,64.5%,67.7%,90.3%,93.5%,90.3%,87.1%)和超市(70.0%,20.0%,0.0%,0.0%,70.0%,10.0%,90.0%,60.0%)。而且,能凝固牛血漿和山羊血漿的MRSA菌株占養(yǎng)殖場(chǎng)中菌株的比例(100.0%,13/13)高于來自屠宰加工環(huán)節(jié)(90.3%,28/31)和超市環(huán)節(jié)(20.0%,2/10)的比例。3、分子分型試驗(yàn)結(jié)果顯示,養(yǎng)殖場(chǎng)和屠宰加工環(huán)節(jié)的菌株以ST9-MRSA-SCCmecⅫ型為主,分別占84.6%(11/13)和80.6%(25/31),但是ST9-MRSA-SCCmecⅫ型菌株未能在超市發(fā)現(xiàn)。而且,14株屬于ST9-MRSA-t899-SCCmecⅫ/J的相似菌株分別來自豬養(yǎng)殖場(chǎng)以及屠宰加工環(huán)節(jié),表明ST9-MRSA-t899-SCCmecⅫ可能在豬養(yǎng)殖場(chǎng)和屠宰加工環(huán)節(jié)之間傳播。4、利用軟件OrthoMCL和kSNP構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)生樹來評(píng)估測(cè)序的兩株豬源ST9-MRSA-SCCmecⅫ型菌株與135個(gè)早先報(bào)道過的金葡菌之間的進(jìn)化關(guān)系。這135個(gè)金葡菌參考基因組序列中含有78株來自人源金葡菌株,39株來自牛源金葡菌株以及18株來自豬源金葡菌株。這135株參考菌株包括11株ST9-MRSA-SCCmecⅫ菌株,62株非ST9-MRSA-SCCmecⅫ型MRSA菌株以及62株MSSA菌株,系統(tǒng)發(fā)生樹結(jié)果表明來自不同宿主(豬、牛、人)的ST9-MRSA-SCCmecⅫ型菌株屬于同一分支。與其他非ST9-MRSA-SCCmecⅫ型金葡菌相比,所有ST9-MRSA-SCCmecⅫ菌株都含有可移動(dòng)元件(SCCmecⅫ、SaPIbov4、Tn552以及l(fā)sa(E)基因簇)。5、兩株豬源ST9-MRSA-SCCmecⅫ型菌株M3和M6中發(fā)現(xiàn)攜帶新的V型νSaα基因組島,該結(jié)構(gòu)同時(shí)攜帶有氨基糖苷類耐藥基因aadE以及毒力基因vwb、scn、ssl、lpl等。相比于牛源ST9-MRSA-SCCmecⅫ型克隆BA01611的基因組序列,豬源菌株M3和M6基因組的黏附素基因上具有相同的非同義替換以及在磷酸ABC鹽轉(zhuǎn)運(yùn)假基因上具有相同的插入缺失(Insertion/deletions,indels)。綜上所述,該生豬養(yǎng)殖加工銷售鏈中豬源MRSA菌株的流行克隆為ST9-MRSA-SCCmecⅫ型,該克隆菌株都對(duì)≥6類抗生素耐藥、攜帶可移動(dòng)元件lsa(E)基因簇和Tn558、含有多個(gè)毒力基因以及均能凝固反芻動(dòng)物血漿。而且,ST9-MRSA-SCCmecⅫ型克隆可能在豬、牛、人之間傳播。這些ST9-MRSA-SCCmecⅫ型克隆在不同宿主中定植的關(guān)鍵很可能是其攜帶多種可移動(dòng)元件,包括新V型νSaα基因組島。該克隆在不同宿主之間傳播過程中,基因組攜帶黏附素基因以及新陳代謝相關(guān)基因的功能可能會(huì)發(fā)生改變。
【學(xué)位授予單位】：華南理工大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：博士
【學(xué)位授予年份】：2018
【分類號(hào)】：S852.611
【圖文】：

華南理工大學(xué)博士學(xué)位論文ec 元件元件中分子量最大的，約為 67kb[104]。該元件的 J 區(qū)域攜因的質(zhì)粒和轉(zhuǎn)座子，包括含有四環(huán)素耐藥基因的質(zhì)粒 pT181，含座子 Tn554 以及含有重金屬鎘抗性基因的假 Tn554 結(jié)構(gòu)。IV 型美國被報(bào)道，分子量約為 21-24kb[106]。V 型 SCCmec 元件首次是量約為 28kb[107]。相比于其他 SCCmec 元件，IV 型和 V 型 SCCm移動(dòng)性較強(qiáng)。

圖 1-2 多位點(diǎn)序列分析原理圖[124]Figure 1-2 The principal of MLST[124]a 分型SA 中，編碼 SPA 蛋白的 spa 基因的下游 X 區(qū)域內(nèi)的重復(fù)序列具有多態(tài)根據(jù)該重復(fù)序列的多態(tài)性進(jìn)行的序列分型方法。spa 基因的下游 X 區(qū)為 24bp 的重復(fù)序列（Repeat，r）。不同克隆來源菌株的這些重復(fù)序列式具有差異。因此，將測(cè)試菌株的該區(qū)域 的序列結(jié)果上傳到www.ridom.de/spaserver/）中，確定重復(fù)序列的種類和排列順序（rA-序列組成信息與數(shù)據(jù)庫中標(biāo)準(zhǔn)的 spa 型別的重復(fù)序列組成信息進(jìn)行對(duì)特定的 spa 型別（Type，t）。如果測(cè)試菌株含有新的未曾發(fā)現(xiàn)的重復(fù)方式，可以通過上傳數(shù)據(jù)庫審核測(cè)序結(jié)果，對(duì)該重復(fù)序列或重復(fù)序列然 spa 分型的分辨力不如 PFGE 高，但是該方法耗時(shí)較短、價(jià)格低廉性強(qiáng)、實(shí)驗(yàn)儀器要求較低，因此對(duì)于 MRSA 的流行爆發(fā)研究更為適

華南理工大學(xué)博士學(xué)位論文133、CC398 等；雞源 MRSA 中出現(xiàn)過 CC5、CRSA 中出現(xiàn)過 CC1、CC8、CC398 等克隆群；羊隆群[117]。值得注意的是，CC97 型 MRSA 是引區(qū)相關(guān) MRSA 的主要流行克隆之一，研究表明捕獲甲氧西林耐藥性之后又傳播到人類中[134]。要流行克隆群[23, 135]，其中豬是 CC398 克隆群SA 大多屬于 CC9 克隆群[5, 27, 136]。

【參考文獻(xiàn)】

相關(guān)期刊論文 前1條

1 胡力文;姚新月;胡福泉;;細(xì)菌基因組島轉(zhuǎn)移機(jī)制、進(jìn)化歷程及功能特點(diǎn)[J];生命的化學(xué);2013年02期

本文編號(hào)：2793695