【摘要】：蘭州大尾羊具有耐粗飼、飼料利用率高、適應(yīng)性強(qiáng)、肉質(zhì)鮮美等特點(diǎn),尤以尾大而著稱。本研究對(duì)3只蘭州大尾羊皮下脂肪組織、內(nèi)臟脂肪組織以及肌肉組織進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序和基因差異表達(dá)分析,利用生物信息學(xué)技術(shù)篩選出不同部位脂肪組織間的差異表達(dá)基因,并對(duì)其進(jìn)行功能注釋及通路分析,從轉(zhuǎn)錄組層面揭示蘭州大尾羊不同部位脂肪組織間的差異,進(jìn)一步挖掘出與肉品質(zhì)相關(guān)的基因,為綿羊育種提供參考。本研究主要結(jié)論如下:(1)構(gòu)建了三種不同部位脂肪組織9個(gè)cDNA文庫(kù),并完成轉(zhuǎn)錄組測(cè)序。樣品的Clean ratio均在77.9%以上,GC含量均在49%左右,Mapping ratio均在74.43%以上。(2)蘭州大尾羊皮下脂肪組織與肌肉組織中共得到4620個(gè)差異表達(dá)基因,其中上調(diào)基因有3642個(gè),下調(diào)基因有978個(gè);內(nèi)臟脂肪組織與肌肉組織中共得到6214個(gè)差異表達(dá)基因,上調(diào)基因有5156個(gè),下調(diào)基因有1058個(gè);內(nèi)臟脂肪組織與皮下脂肪組織共得到2504個(gè)差異表達(dá)基因,其中有1398個(gè)上調(diào)基因,1106個(gè)下調(diào)基因。(3)差異表達(dá)基因的功能注釋與統(tǒng)計(jì):蘭州大尾羊皮下脂肪組織與肌肉組織差異表達(dá)基因共分類到63個(gè)條目中,其中生物過(guò)程27個(gè)、細(xì)胞成分21個(gè)、分子功能15個(gè);內(nèi)臟脂肪組織與肌肉組織差異表達(dá)基因共分類到63個(gè)條目中,其中生物過(guò)程27個(gè)、細(xì)胞成分21個(gè)、分子功能15個(gè);內(nèi)臟脂肪組織與皮下脂肪組織差異表達(dá)基因共分類到62個(gè)條目中,其中生物過(guò)程26個(gè)、細(xì)胞成分21個(gè)、分子功能15個(gè)。皮下脂肪組織、內(nèi)臟脂肪組織、肌肉組織的差異表達(dá)基因在生物過(guò)程、細(xì)胞成分和分子功能三個(gè)GO本體中所占比例最高的條目相同。在生物過(guò)程GO條目中,差異表達(dá)基因所占比例較高的條目為細(xì)胞過(guò)程、單一生物過(guò)程以及代謝過(guò)程等;在細(xì)胞成分GO條目中,細(xì)胞、細(xì)胞組分和細(xì)胞器等條目中差異表達(dá)基因的數(shù)目較高;在分子功能方面,結(jié)合以及催化活性等條目中差異表達(dá)基因的比例則較高。皮下脂肪組織與肌肉組織差異表達(dá)基因中共有3968個(gè)被注釋到3434個(gè)GO條目中,內(nèi)臟脂肪組織與肌肉組織差異表達(dá)基因中則有5395個(gè)被注釋到4258個(gè)GO條目中,而內(nèi)臟脂肪組織與皮下脂肪組織差異表達(dá)基因中的2143個(gè)被注釋到2541個(gè)GO條目中。(4)通過(guò)KEGG富集分析,蘭州大尾羊皮下脂肪組織、肌肉組織和內(nèi)臟脂肪組織的差異表達(dá)基因主要富集到內(nèi)分泌系統(tǒng)、免疫系統(tǒng)、碳水化合物代謝、脂質(zhì)代謝、氨基酸代謝、折疊分類和降解、信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)以及運(yùn)輸分解等KEGG通路中。通過(guò)KEGG功能注釋,蘭州大尾羊皮下脂肪組織與肌肉組織差異表達(dá)基因中有1156個(gè)富集到290個(gè)KEGG通路;內(nèi)臟脂肪組織與肌肉組織差異表達(dá)基因中有1739個(gè)富集到298個(gè)KEGG通路;內(nèi)臟脂肪組織與皮下脂肪組織差異表達(dá)基因中有729個(gè)富集到281個(gè)KEGG通路。(5)通過(guò)對(duì)差異表達(dá)基因進(jìn)GO功能分析和KEGG通路分析,篩選出了SCD、FASN、ACACA、AGPAT2、PCK、FABP5、CPT1B等與脂肪代謝相關(guān)的基因和與肉品質(zhì)性狀相關(guān)的脂類代謝、糖酵解途徑等通路,初步揭示了蘭州大尾羊不同部位脂肪組織間與肉質(zhì)性狀相關(guān)基因表達(dá)差異,為肉羊育種提供參考。
【學(xué)位授予單位】：西北民族大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2018
【分類號(hào)】：S826
【圖文】：

西北民族大學(xué)生命科學(xué)與工程學(xué)院 2018 屆碩士研究生畢業(yè)論文第 3 章 結(jié)果與分析 提取與質(zhì)量檢測(cè)Aiso Plus 法對(duì)蘭州大尾羊的肌肉脂肪組織、內(nèi)臟脂 RNA 的提取，并通過(guò) Agilent 2100 檢測(cè)樣品總 RN-2 可知，28S/18S 的值在 1.4 以上，RIN 值在 7.2 以上較好，可以用于測(cè)序。

圖 3-2 不同脂肪組織總 RNA 的 Agilent 2100 Bioanalyzer 檢測(cè)Figure 3-2 Ttotal RNA based on Agilent 2100 Bioanalyzer for different adipose tissues注：MVsle 為肌肉組織，S.C.fat 為皮下脂肪組織，V.C.fat 為內(nèi)臟脂肪組織。Notes: MVsle is muscle tissue, S.C.fat is subcutaneous fat tissue, V.C.fat is visceral fat tissue.對(duì)所建文庫(kù)使用 Qubit 2.0 Fluorometer 檢測(cè)濃度（表 3-1），Agilent 210檢測(cè)文庫(kù)的大�。▓D 3-3）。通過(guò)檢測(cè)，說(shuō)明各樣品所建文庫(kù)符合上機(jī)測(cè)試要求

【參考文獻(xiàn)】

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本文編號(hào)：2719300