發(fā)布時(shí)間：2020-04-08 17:03

【摘要】：全基因組水平研究為群體遺傳多樣性、群體結(jié)構(gòu)及種群內(nèi)和種群間分化提供重要信息,也可鑒定得到山羊在內(nèi)的各種家畜有關(guān)生產(chǎn)性能、繁殖性能和適應(yīng)性等性狀相關(guān)的潛在基因或基因組區(qū)域。高通量基因分型技術(shù)的快速發(fā)展使得如全基因組測(cè)序(WGS)、SNP芯片等技術(shù)成為山羊群體研究中強(qiáng)有力且成本較低的工具,利用這些技術(shù),個(gè)體基因組上數(shù)百萬(wàn)個(gè)SNPs和群體中全基因組遺傳變異的發(fā)現(xiàn)成為可能。然而在一定程度上,利用這些平臺(tái)對(duì)埃塞俄比亞和中國(guó)山羊群體進(jìn)行全面的研究工作仍有限。因此,本論文中使用了兩組數(shù)據(jù),第一組數(shù)據(jù)來自6個(gè)中國(guó)山羊群體共193只山羊的SNP50K芯片分型數(shù)據(jù),其中南疆絨山羊23只,青格達(dá)山羊24只,阿爾巴斯絨山羊40只,濟(jì)寧青山羊39只,羅平黃山羊24只和廣豐山羊24只;第二組數(shù)據(jù)來自5個(gè)表型分離的埃塞俄比亞山羊群體共44只山羊的全基因組重測(cè)序數(shù)據(jù),平均測(cè)序深度為16×,其中Abergelle山羊11只,Afar山羊5只,Begait山羊11只,Central Highland山羊12只和Meafure山羊5只。第二章對(duì)亞非山羊起源、馴化和遺傳資源,埃塞俄比亞土山羊的概況和分布,分子鑒定技術(shù)及其重要性以及遺傳多樣性和種群結(jié)構(gòu)的重要性進(jìn)行了全面的文獻(xiàn)綜述,闡明了分子技術(shù)在山羊群體研究、育種和保存的重要意義。第三章旨在研究中國(guó)山羊品種的遺傳多樣性和種群結(jié)構(gòu),以了解其品種特性,然后進(jìn)行適當(dāng)?shù)木S持、利用、保護(hù),這對(duì)于遺傳改良至關(guān)重要。在中國(guó)山羊群體中,SNP比對(duì)率較高,范圍在83.9%(羅平黃山羊)-93%(濟(jì)寧青山羊),平均比對(duì)率為97.1%。雜合度分析顯示群體間呈低至中等遺傳分化,但在群體內(nèi)分別呈高度分化。系統(tǒng)發(fā)育分析將山羊品種按照其起源地分成了四個(gè)分支。本章提供了有關(guān)品種內(nèi)多樣性的寶貴遺傳信息,為中國(guó)山羊品種的遺傳資源改良提供了可持續(xù)利用和維持的實(shí)踐指導(dǎo)。第四章研究了6個(gè)中國(guó)山羊群體全基因組連鎖不平衡(LD)水平和有效群體大小(Ne)程度。在山羊29對(duì)常染色體中,1號(hào)染色體上的最小等位基因頻率最高,為0.321;而在25號(hào)染色體上最小等位基因頻率最低,為0.309。濟(jì)寧青山羊和青格達(dá)山羊群體在13代之前呈較高的Ne估計(jì)值,而在阿爾巴斯絨山羊和廣豐山羊Ne較低。在本章中,LD和Ne分析結(jié)果為進(jìn)一步對(duì)阿爾巴斯絨山羊和廣豐山羊基因組選擇分析提供基礎(chǔ)。第五章重點(diǎn)介紹了埃塞俄比亞本地山羊的遺傳多樣性和群體結(jié)構(gòu),以闡明群體特性及更好地了解其遺傳潛力。對(duì)44只埃塞俄比亞本地山羊進(jìn)行全基因組重測(cè)序共獲得超過1600萬(wàn)個(gè)SNP和123577個(gè)插入缺失位點(diǎn)。Begait山羊群體的遺傳多樣性水平最高,Afar山羊群體遺傳多樣性水平最低。近交系數(shù)、系統(tǒng)發(fā)育樹以及主成分分析結(jié)果表明山羊群體間存在較近的親緣關(guān)系。其中,Begait山羊與其他山羊群體的遺傳背景顯著分離。本章表明了埃塞俄比亞山羊遺傳資源的遺傳特性。第六章進(jìn)行了全基因組選擇信號(hào)研究。通過群體分化指數(shù)(Fst)和核苷酸多態(tài)性(π)比值兩種方法,對(duì)Begait山羊組和其余埃塞俄比亞山羊組進(jìn)行比較分析,共檢測(cè)到211個(gè)共同選擇窗口�；蛲�(GO)富集分析鑒定到36條GO通路和6條KEGG通路。候選基因涉及機(jī)體生長(zhǎng)、產(chǎn)奶和生產(chǎn)性能(ZNF385B,GLYCAM1,PDE1B和PPP1R1A),繁殖性狀(MCTP1和STK35),耐熱性(MAPK13和MAPK14)和免疫應(yīng)答(SCN7A,IL12A和DEFB119)�？傮w而言,本文提供了亞非山羊遺傳多樣性、群體結(jié)構(gòu)和選擇信號(hào)等重要信息,可能為埃塞俄比亞和中國(guó)地方山羊種群可持續(xù)利用和維持提供有力機(jī)會(huì)。
【學(xué)位授予單位】：中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院
【學(xué)位級(jí)別】：博士
【學(xué)位授予年份】：2019
【分類號(hào)】：S827

【相似文獻(xiàn)】

相關(guān)期刊論文 前10條

1 焦雪;張培軍;冷東澤;王建超;巴翠玉;李月紅;;2株溫和氣單胞菌SNP位點(diǎn)比較分析[J];中國(guó)獸醫(yī)學(xué)報(bào);2017年03期

2 招麗蓉;王巍;伍婧;胡斌;林秀強(qiáng);徐綺華;林奔;馮芬;陳永昌;;VEGF的SNP狀態(tài)預(yù)測(cè)貝伐株單抗治療轉(zhuǎn)移性結(jié)直腸癌的長(zhǎng)期療效[J];實(shí)用癌癥雜志;2017年04期

3 閆曉玲;李會(huì)彬;孫鑫博;邊秀舉;王麗宏;;低溫層積和SNP處理對(duì)白穎薹草種子萌發(fā)的影響[J];種子;2017年05期

4 王麗麗;林余霖;陳曉辰;廖保生;王曉s，

本文編號(hào)：2619605