【摘要】：近年來,全轉(zhuǎn)錄組高通量測序技術(shù)(RNA-seq)技術(shù)被廣泛應(yīng)用于綿羊的功能基因組學(xué)研究當(dāng)中。轉(zhuǎn)錄組高通量測序技術(shù)能夠快速全面的獲得特定組織處于某個狀態(tài)下的幾乎所有轉(zhuǎn)錄本,該技術(shù)的這一特點使得我們能夠發(fā)現(xiàn)組織中未經(jīng)注釋的新轉(zhuǎn)錄本,進(jìn)而鑒別出新的基因信息。本研究采用生物信息學(xué)技術(shù)和半定量RT-PCR技術(shù),對小尾寒羊和杜泊羊的臂二頭肌轉(zhuǎn)錄組文庫中的新轉(zhuǎn)錄本及新長非編碼RNA進(jìn)行了發(fā)掘、鑒別和驗證。取得研究結(jié)果如下:(1)在兩個轉(zhuǎn)錄組文庫間,發(fā)現(xiàn)了共同表達(dá)的轉(zhuǎn)錄本40129條,并從中識別出在現(xiàn)有綿羊參考基因組中無注釋信息的新轉(zhuǎn)錄本5553條。(2)對新轉(zhuǎn)錄本進(jìn)行序列同源性比對分析和人工篩選鑒別,從中鑒別出分屬473個已注釋基因的634條新轉(zhuǎn)錄本,分屬27個新基因的49條新轉(zhuǎn)錄本,分屬88個長非編碼RNA位點的100條新轉(zhuǎn)錄本,分屬4個假基因的4條新轉(zhuǎn)錄本,以及分屬27個未知蛋白位點的30條新轉(zhuǎn)錄本。(3)通過對未能獲得鑒別,且編碼潛能預(yù)測結(jié)果為非編碼的新轉(zhuǎn)錄本進(jìn)行進(jìn)一步分析,從中預(yù)測出分屬于2282個位點的2312條高可信度長非編碼RNA轉(zhuǎn)錄本。并為其中620條長非編碼RNA預(yù)測了547個互作基因,通過對互作基因的注釋預(yù)測了長非編碼RNA的功能,從中揭示出113條可能與骨骼肌生長發(fā)育相關(guān)的長非編碼RNA。。(4)從獲得鑒別結(jié)果的新轉(zhuǎn)錄本與長非編碼RNA中選擇15條進(jìn)行克隆測序,并利用測序結(jié)果驗證外顯子結(jié)構(gòu),結(jié)果13條轉(zhuǎn)錄本克隆并檢驗成功。使用半定量RT-PCR對12條新轉(zhuǎn)錄本與長非編碼RNA進(jìn)行組織間表達(dá)分析,發(fā)現(xiàn)其在不同組織間存在差異表達(dá),并發(fā)現(xiàn)部分新轉(zhuǎn)錄本在骨骼肌或其他組織中特異性表達(dá)。綜上所述,本研究借助生物信息學(xué)技術(shù)和分子生物學(xué)實驗技術(shù),從小尾寒羊和杜泊羊的臂二頭肌轉(zhuǎn)錄組文庫中成功發(fā)掘并鑒別了一批新轉(zhuǎn)錄本,從中注釋了一批新基因,預(yù)測出一批新長非編碼RNA,并進(jìn)而對鑒別和預(yù)測結(jié)果進(jìn)行了試驗驗證。本研究為綿羊基因組提供了補充性的注釋信息,也為下一步開展對骨骼肌中轉(zhuǎn)錄調(diào)控機(jī)制的研究建立了基礎(chǔ)。
【學(xué)位授予單位】：山東農(nóng)業(yè)大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2015
【分類號】：S826

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本文編號：2561610