發(fā)布時(shí)間：2019-09-03 12:56

【摘要】：牦牛(Bos grunniens)是我國的珍稀物種,是牧民賴以生存的生產(chǎn)生活資料。與平原黃牛相比,牦牛的繁殖能力較低。因此,研究和改善牦牛繁殖能力對促進(jìn)高原經(jīng)濟(jì)發(fā)展有著重要意義。卵巢是雌性動物的生殖器官,以往針對牦牛卵巢的研究集中在解剖學(xué)和基因?qū)用?本研究采用RNA-Seq技術(shù)對卵巢轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行測序,結(jié)合牦�；蚪M和黃牛轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行了對比和分析。結(jié)果如下:1.提取牦牛及黃牛卵巢總RNA,利用RNA-Seq技術(shù)測序,分別獲得53653032條和54855396條clean reads,質(zhì)量控制分析表明所建測序文庫質(zhì)量良好。2.與牦牛基因組比對分析顯示,牦牛卵巢總映射reads為33168751條,占產(chǎn)出序列的61.82%,共發(fā)現(xiàn)6321個新轉(zhuǎn)錄本,長度分布為180~14884 bp,其中2264個新轉(zhuǎn)錄本被預(yù)測具有編碼蛋白質(zhì)能力,此結(jié)果為進(jìn)一步挖掘牦牛卵巢生理生殖相關(guān)功能基因提供了數(shù)據(jù)。3.比較gene model與現(xiàn)有注釋基因的差別,牦�；蚪M上共有7340個基因可在原有牦牛基因組位置的基礎(chǔ)上發(fā)生了延伸,其中5′端延伸的基因?yàn)?241個,3′端延伸的基因?yàn)?099個基因。4.可變剪接分析及SNP分析結(jié)果顯示,牦牛共有3734條已比對上的基因涉及可變剪接,可變剪接數(shù)量為6996個。其中比例最大的為內(nèi)含子保留性剪接方式,其次為外顯子跳躍剪接及3′端可變剪接。SNP分析顯示,牦牛卵巢轉(zhuǎn)錄組基因中存在81647個單核苷酸多態(tài)性位點(diǎn)。5.差異表達(dá)基因篩選結(jié)果顯示牦牛卵巢組織共有16815個表達(dá)基因,與黃牛相比,牦牛卵巢組織中差異表達(dá)的基因數(shù)量有1307個,其中上調(diào)661個,下調(diào)646個。差異表達(dá)基因GO富集分析表明,細(xì)胞組分差異集中在細(xì)胞外區(qū)域和細(xì)胞質(zhì)膜上,這些區(qū)域?qū)⑴c和調(diào)節(jié)牦牛卵巢分泌激素具有重要意義。分子功能差異主要是跨膜運(yùn)輸和離子轉(zhuǎn)運(yùn)、糖胺聚糖結(jié)合,提示可能與母牦牛卵巢抵抗和適應(yīng)高原惡劣環(huán)境有關(guān)。KEGG注釋共涉及247個通路,其中補(bǔ)體和凝血級聯(lián)反應(yīng)最為富集,其次為代謝細(xì)胞色素P450的外源性物質(zhì)及藥物代謝。哺乳動物晝夜節(jié)律差異富集可成為解開牦牛生殖生理特性成因的重要途徑。本研究通過RNA-Seq轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)獲得了牦牛與黃牛卵巢轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù),并結(jié)合牦�；蚪M和基因進(jìn)行對比,篩選出差異表達(dá)基因,利用生物信息學(xué)分析方法,從轉(zhuǎn)錄組學(xué)角度探討牦牛卵巢與黃牛的差異,從而為從分子角度揭示牦牛繁殖特性、解決牦牛生殖生理問題以及完善基因組的結(jié)構(gòu)信息和探索可能存在的新基因提供數(shù)據(jù)支持。
【學(xué)位授予單位】：西南民族大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2015
【分類號】：S823.85

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本文編號：2531367