發(fā)布時(shí)間：2019-08-01 17:47

【摘要】：拷貝數(shù)變異(copy number variation,CNV)是一種重要的基因組結(jié)構(gòu)變異,主要通過(guò)擾亂基因及劑量效應(yīng)來(lái)影響動(dòng)物的表型性狀和改變基因的表達(dá)量。本實(shí)驗(yàn)室通過(guò)Illumina公司生產(chǎn)的Illumia procine 60K芯片在120頭香豬中檢測(cè)到了213個(gè)CNVRs。本研究中采用實(shí)時(shí)熒光定量PCR(Realtime Quantitative PCR,qPCR)方法對(duì)選取的7個(gè)CNVR(6個(gè)芯片顯示在香豬高低產(chǎn)中拷貝數(shù)變異頻率有差異的區(qū)間和含KIT基因的CNVR108)進(jìn)行大樣本驗(yàn)證,研究香豬基因組結(jié)構(gòu)和功能。同時(shí)結(jié)合相關(guān)性分析及功能注釋來(lái)研究拷貝數(shù)變異對(duì)香豬生長(zhǎng)繁殖的調(diào)控機(jī)理。獲得主要結(jié)果包括:1、6個(gè)CNVR中,CNVR21、CNVR115、CNVR137以拷貝數(shù)增加為主;CNVR69、CNVR81以拷貝數(shù)缺失為主;CNVR206以正常拷貝為主,但拷貝數(shù)增加所占比例大于缺失比例。經(jīng)卡方檢驗(yàn)知CNVR21、CNVR81、CNVR206拷貝數(shù)變異頻率在高低產(chǎn)中差異性不顯著(P0.05);CNVR69、CNVR115、CNVR137三個(gè)區(qū)間的拷貝數(shù)變異頻率在高低產(chǎn)中差異性顯著(P0.05)。2、相關(guān)性分析得,CNVR21,樣本拷貝數(shù)與香豬經(jīng)產(chǎn)產(chǎn)仔數(shù)、體高、體長(zhǎng)、體寬和胸圍之間呈輕度相關(guān),相關(guān)系數(shù)為0.283,0.309,0.286,0.347,0.334;CNVR115,樣本拷貝數(shù)與體寬、胸圍呈輕度正相關(guān),相關(guān)系數(shù)為0.293,0.263;與總?cè)轭^數(shù)、初產(chǎn)、二產(chǎn)、經(jīng)產(chǎn)產(chǎn)仔數(shù)都達(dá)到了輕度相關(guān),相關(guān)系數(shù)為0.314,0.474,0.255,0.250。功能注釋發(fā)現(xiàn)兩個(gè)區(qū)間包含多個(gè)嗅覺(jué)基因,豬品種間比較得香豬在4種豬品種CNVR21區(qū)間的拷貝數(shù)增加的比例是最大的為88.46%,次之為可樂(lè)豬(35.71%)、大白豬(30.00%)、榮昌豬(0%)。推測(cè)CNVR21中嗅覺(jué)基因多拷貝數(shù)現(xiàn)象增加了香豬對(duì)食物的敏感性,可能是香豬對(duì)野外放牧養(yǎng)殖方式的適應(yīng)性反應(yīng)。CNVR115,統(tǒng)計(jì)顯示,香豬,可樂(lè)豬、榮昌豬及大白豬的拷貝數(shù)均以增加為主,且增加比例榮昌豬(84.38%)大白豬(77.27%)可樂(lè)豬(75.00%)香豬(71.43%)。推測(cè)CNVR115拷貝數(shù)的增加對(duì)產(chǎn)仔數(shù)具有正調(diào)控作用。3、相關(guān)性分析得,CNVR69,樣本拷貝數(shù)與體寬呈輕度相關(guān),相關(guān)系數(shù)為0.283。CNVR81,樣本拷貝數(shù)與體高、體長(zhǎng)呈輕度負(fù)相關(guān),相關(guān)系數(shù)為-0.264,-0.272。功能注釋兩個(gè)區(qū)域的相關(guān)基因ANKS1B;SFRS11和LRRC40。豬品種間比較,缺失比例均為榮昌豬大白豬可樂(lè)豬香豬。推測(cè)在香豬中ANKS1B基因的拷貝數(shù)缺失可能與高產(chǎn)相關(guān),同時(shí)也可能是香豬抗病性的原因。SFRS11、LRRC40兩個(gè)基因在香豬的繁殖和生長(zhǎng)方面起負(fù)調(diào)控。4、相關(guān)性分析得到,CNVR137,樣本拷貝數(shù)與體長(zhǎng)、管?chē)瘦p度負(fù)相關(guān),相關(guān)系數(shù)為-0.311,-0.278;與總?cè)轭^數(shù)/初產(chǎn)產(chǎn)仔數(shù)的相關(guān)性達(dá)到輕度相關(guān),相關(guān)系數(shù)為0.291和0.294。CNVR206,所檢測(cè)樣本拷貝數(shù)與香豬經(jīng)產(chǎn)產(chǎn)仔數(shù)呈輕度相關(guān),相關(guān)系數(shù)為0.458;與各項(xiàng)體尺指標(biāo)間相關(guān)性均不相關(guān)。功能注釋CNVR137、CNVR206兩個(gè)區(qū)間不含有任何基因。推測(cè)CNVR137可能抑制香豬的生長(zhǎng)速度,且與產(chǎn)仔數(shù)有一定關(guān)系。因CNVR137/206區(qū)段為新發(fā)現(xiàn)的拷貝數(shù)變異區(qū),且區(qū)間注釋還未完善,故具體作用機(jī)制有待進(jìn)一步研究。5、采用qPCR技術(shù)對(duì)以黑/棕毛色為主的4個(gè)貴州地方豬品種及以白毛色為主的大白豬和可樂(lè)豬樣本中CNVR108中的KIT基因的拷貝數(shù)進(jìn)行檢測(cè),結(jié)果發(fā)現(xiàn)貴州地方豬品種中全黑/全棕毛色個(gè)體的KIT基因拷貝數(shù)以缺失為主,黑色帶白斑個(gè)體的KIT基因拷貝數(shù)全部缺失,而棕色帶白個(gè)體的KIT基因拷貝數(shù)增加、正常各占50%。作為對(duì)照的大白豬樣本的KIT基因拷貝數(shù)顯著增加,榮昌豬中KIT基因拷貝數(shù)以正常類(lèi)型為主。表明大白豬的白毛色由KIT基因拷貝數(shù)增加決定,但榮昌豬的白毛色可能與KIT基因的拷貝數(shù)變異之間沒(méi)有直接的聯(lián)系;4個(gè)貴州地方豬品種的全黑/全棕色毛色與KIT基因拷貝數(shù)的缺失有關(guān),但可樂(lè)豬和香豬中帶白斑個(gè)體的KIT基因拷貝數(shù)并未增加,提示貴州地方豬品種的白斑毛色的形成機(jī)制有一定的特殊性。
【學(xué)位授予單位】：貴州大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2015
【分類(lèi)號(hào)】：S828

【相似文獻(xiàn)】

相關(guān)碩士學(xué)位論文 前1條

1 何樹(shù)芳;從江香豬7個(gè)CNVR群體遺傳多態(tài)性研究[D];貴州大學(xué);2015年

，

本文編號(hào)：2521907