發(fā)布時間：2018-12-30 17:34

【摘要】：長鏈非編碼RNA(long noncoding RNA,lncRNA)是一類轉錄本長度超過200個核苷酸,不參與蛋白編碼的功能性RNA分子,直接以RNA形式在表觀遺傳水平、轉錄水平、轉錄后水平、翻譯水平和翻譯后水平調控基因的表達,在家畜體內的各種生物學過程中起重要作用。作者對長鏈非編碼RNA的來源、分類和結構特征、實現(xiàn)生物學功能的4種分子調控機制(信號分子、誘餌分子、引導分子、支架分子)、調控基因表達的5個層面及采用高通量RNA測序技術分析測序數(shù)據(jù)和預測家畜lncRNA的方法進行了綜述,為合理地研究家畜的lncRNA提供基礎。家畜lncRNA預測方法主要包括深度測序、轉錄組重建、新轉錄本預測、lncRNA識別4個部分,在lncRNA識別階段,作者所在研究團隊前期采用將蛋白質編碼潛能評估工具CPAT(coding potential assessment tool)和在線的序列編碼能力預測工具CPC(coding potential calculator)結合取交集的方法,較好地從預測得到的大量的候選轉錄本中快速排除具蛋白編碼能力的轉錄本,預測獲得68 604條內蒙古絨山羊的皮膚組織lncRNA,豐富了NONCODE數(shù)據(jù)庫中羊lncRNA轉錄本的基礎數(shù)據(jù)。
[Abstract]:Long strand noncoding RNA (long noncoding RNA,lncRNA) is a class of functional RNA molecules with length of more than 200 nucleotides that are not involved in protein coding and are directly expressed as RNA at the epigenetic level and post-transcriptional level. Translation level and posttranslational level regulate the expression of genes, which play an important role in various biological processes in domestic animals. The origin, classification and structural characteristics of long chain noncoding RNA were analyzed. Four molecular regulation mechanisms (signal molecule, decoy molecule, lead molecule, scaffold molecule) were used to realize biological function. Five levels of regulating gene expression and the methods of analyzing sequencing data and predicting lncRNA of domestic animals by high-throughput RNA sequencing were reviewed in order to provide a basis for the rational study of lncRNA in domestic animals. Animal lncRNA prediction methods include deep sequencing, transcriptome reconstruction, new transcripts prediction, lncRNA recognition, and lncRNA recognition. The authors used a combination of protein coding potential assessment tool CPAT (coding potential assessment tool) and online sequence coding capability prediction tool CPC (coding potential calculator) in the early stages of the study. The lncRNA, of 68 604 Inner Mongolia Cashmere Goats skin tissue was predicted to enrich the basic data of goat lncRNA transcripts in NONCODE database.
【作者單位】： 內蒙古農業(yè)大學職業(yè)技術學院;內蒙古農業(yè)大學動物科學學院內蒙古自治區(qū)動物遺傳育種與繁殖重點實驗室;
【基金】：國家自然科學基金(31560622、31260538、30960246)
【分類號】：Q522;S813

【相似文獻】

相關期刊論文 前10條

1 劉靜;A Novel Vector for Abundant Expression of Antisense RNA, Triplex forming RNA and Ribozyme in vivo[J];High Technology Letters;2000年04期

2 魯慧英;Detection of hepatitis C virus RNA sequences in cholangiocarcinomas in Chinese and American patients[J];Chinese Medical Journal;2000年12期

3 梁小兵 ,萬國江 ,黃榮貴;Distribution and Variation of Ribonucleic Acid (RNA) and Protein and Its Hydrolysis Products in Lake Sediments[J];Chinese Journal of Geochemistry;2002年02期

4 Verheyden B ,徐其武;口服脊髓灰質炎疫苗核殼和RNA的穩(wěn)定性[J];國外醫(yī)學.預防.診斷.治療用生物制品分冊;2002年01期

5 CMBE譯文組;探索小RNA的功能[J];現(xiàn)代臨床醫(yī)學生物工程學雜志;2004年03期

6 沈維干;RNA interference and its current application in mammals[J];Chinese Medical Journal;2004年07期

7 孫娣;汪洋;張麗娟;閆玉清;;一種簡捷提取植物總RNA的方法[J];黑龍江醫(yī)藥;2005年06期

8 南海波;;小麥總RNA的提取[J];渤海大學學報(自然科學版);2006年01期

9 王冬來;;RNA干擾的成功與困惑[J];中國生物化學與分子生物學報;2008年06期

10 楊靜;;試驗性的小RNA藥物可能引發(fā)失明[J];中國生物化學與分子生物學報;2009年05期

相關會議論文 前10條

1 金由辛;;面向21世紀的RNA研究[A];面向21世紀的科技進步與社會經(jīng)濟發(fā)展（下冊）[C];1999年

2 ;第四屆RNA全國研討會大會報告日程安排[A];第四屆全國RNA進展研討會論文集[C];2005年

3 ;Function of Transfer RNA Modifications in Plant Development[A];植物分子生物學與現(xiàn)代農業(yè)——全國植物生物學研討會論文摘要集[C];2010年

4 王峰;張秋平;陳金湘;;棉花總RNA的快速提取方法[A];中國棉花學會2011年年會論文匯編[C];2011年

5 關力;陳本iY;iJ云虹;郭培芝;魏重琴;邱蘇吾;苗健;;關于動物}D~T中RNAn,定方法的研究[A];中國生理科學會學術會議論文摘要匯編（生物化學）[C];1964年

6 夏海濱;;小RNA在免疫學領域中的應用研究進展[A];中國免疫學會第五屆全國代表大會暨學術會議論文摘要[C];2006年

7 ;The stability of hepatitis C virus RNA in various handling and storage conditions[A];中國輸血協(xié)會第四屆輸血大會論文集[C];2006年

8 郭德銀;;RNA干擾在病毒研究和控制中的應用[A];2006中國微生物學會第九次全國會員代表大會暨學術年會論文摘要集[C];2006年

9 甘儀梅;楊業(yè)華;王學奎;曹燕;楊特武;;棉花總RNA快速提取[A];中國棉花學會2007年年會論文匯編[C];2007年

10 ;Identification and characterization of novel interactive partner proteins for PCBP1 that is a RNA-binding protein[A];中國優(yōu)生優(yōu)育協(xié)會第四屆全國學術論文報告會暨基因科學高峰論壇論文專輯[C];2008年

相關重要報紙文章 前10條

1 記者 馮衛(wèi)東;研究人員發(fā)現(xiàn)可破壞腫瘤抑制基因的小RNA[N];科技日報;2009年

2 記者 儲笑抒 通訊員 盛偉;人體微小RNA有望提前發(fā)出癌癥預警[N];南京日報;2011年

3 瀘州醫(yī)學院副教授、科普作家 周志遠;“大頭兒子”與環(huán)狀RNA[N];第一財經(jīng)日報;2014年

4 麥迪信;小分子RNA可能有大作用[N];醫(yī)藥經(jīng)濟報;2003年

5 董映璧;美發(fā)現(xiàn)基因調控可回應“RNA世界”[N];科技日報;2006年

6 張忠霞;特制RNA輕推一下,就能“喚醒”基因[N];新華每日電訊;2007年

7 聶翠蓉;RNA：縱是配角也精彩[N];科技日報;2009年

8 馮衛(wèi)東;RNA干擾機制首次在人體中獲得證實[N];科技日報;2010年

9 馮衛(wèi)東　王小龍;英在地球早期環(huán)境模擬條件下合成類RNA[N];科技日報;2009年

10 記者 常麗君;新技術讓研究進入單細胞內RNA的世界[N];科技日報;2011年

相關博士學位論文 前10條

1 王趙瑋;昆蟲RNA病毒復制及昆蟲抗病毒天然免疫機制研究[D];武漢大學;2014年

2 包純;一類新非編碼RNA的發(fā)現(xiàn)以及產(chǎn)生和功能的初探[D];華中師范大學;2015年

3 李語麗;基于MeRIP-seq的水稻RNA m6A甲基化修飾的研究[D];中國科學院北京基因組研究所;2015年

4 熊瑜琳;miR-122靶位基因STAT3調控長鏈非編碼 RNA Lethe促進HCV復制的機制研究[D];第三軍醫(yī)大學;2015年

5 范春節(jié);高通量測序鑒定毛竹小RNA及其功能分析[D];中國林業(yè)科學研究院;2012年

6 王加強;小鼠著床前胚胎特異ERV相關長非編碼RNA的定向篩選及功能研究[D];東北農業(yè)大學;2015年

7 王業(yè)偉;非編碼RNA SPIU的結構和功能研究和p19INK4D在APL發(fā)病中的作用[D];上海交通大學;2013年

8 鄒艷芬;子癇前期中非編碼RNA對滋養(yǎng)細胞功能的調控及機制探索[D];南京醫(yī)科大學;2015年

9 朱喬;miR-10b在人肝細胞肝癌發(fā)生中的作用及其機制的初步探索[D];第四軍醫(yī)大學;2015年

10 蔣俊鋒;長鏈非編碼RNA BACE1-AS促進Aβ聚集及其調節(jié)BACE1和SERF1a的ceRNA機制研究[D];第二軍醫(yī)大學;2015年

相關碩士學位論文 前10條

1 陸聰兒;條紋斑竹鯊再生肝臟中差異RNA的研究[D];浙江理工大學;2015年

2 張曉輝;小鼠幾種長鏈非編碼RNA基因功能的初步研究[D];昆明理工大學;2015年

3 全弘揚;長鏈非編碼RNA在細胞內質網(wǎng)應激反應中的相關作用及機制研究[D];北京協(xié)和醫(yī)學院;2015年

4 胡亮;DDX19A識別PRRSV基因組RNA并激活NLRP3炎癥小體[D];中國農業(yè)科學院;2015年

5 張帥兵;應用RNA干擾技術對旋毛蟲Nudix水解酶基因功能的研究[D];鄭州大學;2015年

6 鄭芳芳;肺癌RNA-Seq數(shù)據(jù)中RNA編輯事件的識別算法和系統(tǒng)分析[D];蘇州大學;2015年

7 陳瑞東;長鏈非編碼RNA MEG3在胰腺癌發(fā)生發(fā)展中作用的實驗研究[D];蘇州大學;2015年

8 劉駿武;線蟲和水稻中環(huán)狀RNA的預測及分析[D];華中農業(yè)大學;2015年

9 李猷;利用RNA干擾技術提高番茄抗TMV侵染能力的研究[D];牡丹江師范學院;2015年

10 吳術盛;SVCV感染EPC細胞microRNA表達譜的初步研究[D];華中農業(yè)大學;2015年

，

本文編號：2395904