【摘要】：1：小鼠出生后卵巢不同發(fā)育時期和超數(shù)排卵期間miRNAs的鑒定小的非編碼RNAs,也稱作MicroRNAs,它們在廣泛的組織中也包括卵巢,通過序列互補在轉(zhuǎn)錄后水平對基因的表達調(diào)控起重要作用。這些miRNAs可能會在轉(zhuǎn)錄水平嚴格的調(diào)控卵巢發(fā)育和卵泡發(fā)育過程中的許多基因。因此,鑒定特殊組織中的miRNAs可以為進一步了解miRNAs在不同生物學過程中的作用奠定基礎(chǔ)。為了探討miRNAs在卵巢發(fā)育和卵泡發(fā)育過程中的作用,我們利用Illumina深度測序技術(shù)檢測了8個不同樣本的miRNAs序列庫。我們選擇不同發(fā)育時期的卵巢來檢測miRNAs在通過對小鼠注射或者不注射PMSG或者hCG獲得的不同發(fā)育階段的性腺中的表達模式從大規(guī)模的測序reads(一次測序中儀器讀取的核苷酸長度)去除質(zhì)量較低的reads后挑選16-26bp的reads進行差異表達分析和新miRNA的批注。不同發(fā)育時期卵巢中miRNAs的表達分析結(jié)果顯示一些miRNAs在卵巢發(fā)育的特定時期差異表達,而另一些則普遍表達。所有的差異表達miRNAs中我們發(fā)現(xiàn)有61種miRNAs在不同發(fā)育階段卵巢表達的倍數(shù)變化在2以上。在上調(diào)的miRNAs中mmu-miR-1298的變化倍數(shù)4.025是最高的,而mmu-miR-150則下調(diào)了3倍以上。此外,我們利用7種不同的靶基因預測軟件(DIANA-mT, miRanda, miRDB, miRWalk, RNAhybrid, PICTAR5, TargetScan),發(fā)現(xiàn)了20種差異表達miRNAs的2659個靶基因。我們對這些靶基因進行分析后發(fā)現(xiàn)了一些卵巢特異性的基因可以是一個或者多個miRNAs的靶基因。再者,通路注釋和基因本體論表明這些miRNAs參與基本的細胞過程。這些結(jié)果顯示在出生后卵巢發(fā)育和超數(shù)排卵的不同階段存在著不同的miRNAs。利用生物信息學工具可以闡明這些miRNAs在卵巢發(fā)育和超數(shù)排卵過程中在不同通路、生物學功能和細胞成分中的潛在調(diào)控作用。我們的結(jié)果為進一步分析niRNAs以及它們在卵巢發(fā)育和超數(shù)排卵中的特定作用奠定基礎(chǔ)。此外,現(xiàn)有研究也為單個miRNA在卵巢發(fā)育和雌性受精過程中的鑒定和功能驗證提供基礎(chǔ)2：小鼠顆粒細胞中microRNA-484介導轉(zhuǎn)錄后基因的調(diào)控在卵巢生長和卵泡發(fā)育過程中許多卵泡會發(fā)生閉鎖,最終只有少量卵泡能夠完成排卵。研究表明卵泡閉鎖主要是由顆粒細胞凋亡引起,但是顆粒細胞發(fā)生凋亡的分子機制還不是很清楚。因此,為了研究顆粒細胞在轉(zhuǎn)錄后修飾的分子機制,我們首先利用qRT-PCR檢測了miR-484在不同階段顆粒細胞中的表達譜。根據(jù)這個表達規(guī)律,我們進一步用miR-484的模擬物和抑制物調(diào)控miR-484的表達水平。我們的結(jié)果顯示過表達或者下調(diào)miR-484的表達可以影響靶基因Acvr1b的表達,表明miR-484參與顆粒細胞的生長。
[Abstract]:1: identification of miRNAs at different stages of postnatal ovary development and during superovulation in mice. Small noncoding RNAs, also known as MicroRNAs, also includes ovaries in a wide range of tissues. Sequence complementation plays an important role in the regulation of gene expression at posttranscriptional level. These miRNAs may strictly regulate ovarian development and follicular development at the transcriptional level of many genes. Therefore, the identification of miRNAs in special tissues may lay a foundation for further understanding the role of miRNAs in different biological processes. In order to investigate the role of miRNAs in ovarian development and follicular development, we used Illumina deep sequencing technique to detect miRNAs sequences from eight different samples. We selected ovaries at different stages of development to detect the expression patterns of miRNAs in gonads at different stages of development obtained by injecting or not injecting PMSG or hCG into mice, from a large scale sequenced reads (one sequencing instrument). After removing the lower quality reads, the reads of the 16-26bp was selected for differential expression analysis and the annotation of the new miRNA. The analysis of miRNAs expression in ovary at different stages of development showed that some miRNAs were expressed differently at specific stage of ovarian development, while others were generally expressed. Among all differentially expressed miRNAs we found that 61 miRNAs had multiple changes in ovarian expression at different stages of development. In the upregulated miRNAs, the change multiple of mmu-miR-1298 was the highest 4.025, while the mmu-miR-150 decreased more than three times. In addition, we used seven different target gene prediction software (DIANA-mT, miRanda, miRDB, miRWalk, RNAhybrid, PICTAR5, TargetScan),) to detect 20 differentially expressed miRNAs 2659 target genes. We analyzed these target genes and found that some ovarian specific genes could be one or more miRNAs target genes. Furthermore, pathway annotations and genetic ontology suggest that these miRNAs are involved in basic cellular processes. These results indicate that there are different miRNAs. at different stages of ovarian development and superovulation after birth. Bioinformatics tools can be used to elucidate the potential regulation of these miRNAs in different pathways, biological functions and cellular components during ovarian development and superovulation. Our results provide a basis for further analysis of niRNAs and its specific role in ovarian development and superovulation. In addition, Existing studies also provide a basis for the identification and functional verification of single miRNA during ovarian development and female fertilization 2: the regulation of microRNA-484 mediated posttranscriptional genes in mouse granulosa cells during ovarian growth and follicular development Multiple follicles can have atresia. In the end, only a small number of follicles can complete ovulation. Studies have shown that follicular atresia is mainly caused by granulosa cell apoptosis, but the molecular mechanism of granulosa cell apoptosis is not clear. Therefore, in order to study the molecular mechanism of posttranscriptional modification of granulosa cells, we first used qRT-PCR to detect the expression profiles of miR-484 in granulosa cells at different stages. According to this expression pattern, we further regulate the expression level of miR-484 with miR-484 mimics and inhibitors. Our results show that overexpression or down-regulation of miR-484 can affect the expression of target gene Acvr1b, suggesting that miR-484 is involved in the growth of granulosa cells.
【學位授予單位】：華中農(nóng)業(yè)大學
【學位級別】：博士
【學位授予年份】：2015
【分類號】：S814

【相似文獻】

相關(guān)期刊論文 前10條

1 ;Small but influential:the role of microRNAs on gene regulatory network and 3′UTR evolution[J];遺傳學報;2009年01期

2 B.SAILAJA;S.R.VOLETI;D.SUBRAHMANYAM;N.SARLA;V.VISHNU PRASANTH;V.P.BHADANA;S.K.MANGRAUTHIA;;Prediction and Expression Analysis of miRNAs Associated with Heat Stress in Oryza sativa[J];Rice Science;2014年01期

3 羅書芳;崔浪軍;王健;屈生憲;;干旱脅迫下15種丹參miRNAs差異表達分析[J];廣東農(nóng)業(yè)科學;2013年05期

4 郝力力;李必富;;應(yīng)用熒光定量PCR對細粒棘球絳蟲miRNAs在蟲體不同發(fā)育階段表達量的研究[J];中國農(nóng)學通報;2012年26期

5 Liming Ma;Lianghu Qu;;The Function of MicroRNAs in Renal Development and Pathophysiology[J];遺傳學報;2013年04期

6 Gang Wu;;Plant MicroRNAs and Development[J];Journal of Genetics and Genomics;2013年05期

7 Xiang-Shun Cui;Xing-Hui Shen;Shao-Chen Sun;Sun-Wha Cho;Young-Tae Heo;Yong-Kook Kang;Teruhiko Wakayama;Nam-Hyung Kim;;Identifying MicroRNA and mRNA Expression Profiles in Embryonic Stem Cells Derived from Parthenogenetic,Androgenetic and Fertilized Blastocysts[J];遺傳學報;2013年04期

8 葉瑞松;習欠云;束剛;王麗娜;王松波;朱曉彤;高萍;江青艷;張永亮;;GnRH引起豬垂體細胞miRNAs表達譜變化[J];畜牧與獸醫(yī);2012年S1期

9 陶新;徐子偉;;miRNAs對腸道健康的調(diào)控作用及機理[J];動物營養(yǎng)學報;2013年09期

10 郝力力;李銳;李必富;;細粒棘球絳蟲miRNAs的鑒定及分析[J];浙江農(nóng)業(yè)學報;2012年04期

相關(guān)會議論文 前10條

1 ;A potential role for Chlamydomonas miRNAs in response to environmental changes[A];中國遺傳學會植物遺傳和基因組學專業(yè)委員會2009年學術(shù)研討會論文摘要匯編[C];2009年

2 Ping Xuan;Maozu Guo;Yangchao Huang;;MaturePred:Efficient Identification of MicroRNAs within Novel Plant Pre-miRNAs[A];第五屆全國生物信息學與系統(tǒng)生物學學術(shù)大會論文集[C];2012年

3 Zhen-Dong Xiao;Li-Ting Diao;Jian-Hua Yang;Hui Xu;Mian-Bo Huang;Yong-Jin Deng;Hui Zhou;Liang-Hu Qu;;Systematical identification of cis-elements orchestrating the expressions of miRNAs in humans[A];生命的分子機器及其調(diào)控網(wǎng)絡(luò)——2012年全國生物化學與分子生物學學術(shù)大會摘要集[C];2012年

4 ;Cell-free miRNAs may indicate diagnosis and docetaxel sensitivity of tumor cells in malignant effusions[A];2011醫(yī)學科學前沿論壇第十二屆全國腫瘤藥理與化療學術(shù)會議論文集[C];2011年

5 任波;馬迪;李毅;;地高辛標記探針結(jié)合化學發(fā)光技術(shù)快速靈敏檢測植物總RNA中的miRNAs方法[A];中國植物病理學會2005年學術(shù)年會暨植物病理學報創(chuàng)刊50周年紀念會論文摘要集[C];2005年

6 任波;馬迪;李毅;;地高辛標記探針結(jié)合化學發(fā)光技術(shù)快速靈敏檢測植物總RNA中的miRNAs方法[A];中國植物病理學會2005年學術(shù)年會暨植物病理學報創(chuàng)刊50周年紀念會論文集[C];2005年

7 戚鵬;韓金祥;魯艷芹;王傳璽;欒中華;卜范峰;;病毒編碼的miRNAs:基因表達新的調(diào)控因子[A];山東省藥學會2006年生化與生物技術(shù)藥物學術(shù)研討會論文集[C];2006年

8 ;Bioinformatic identification and expression analysis of new microRNAs from Medicago truncatula[A];華東六省一市生物化學與分子生物學會2008年學術(shù)交流會論文摘要匯編[C];2008年

9 ;Cell-free miRNAs may indicate diagnosis and docetaxel sensitivity of tumor cells in malignant effusions[A];中華醫(yī)學會腫瘤學分會第七屆全國中青年腫瘤學術(shù)會議——中華醫(yī)學會腫瘤學分會“中華腫瘤 明日之星”大型評選活動暨中青年委員全國遴選論文匯編[C];2011年

10 ;miRNAs involved in Tau expression of BMSCs induced neurons[A];中國神經(jīng)科學學會第九屆全國學術(shù)會議暨第五次會員代表大會論文摘要集[C];2011年

相關(guān)重要報紙文章 前1條

1 江尚;特異性miRNAs與前列腺癌發(fā)病密切相關(guān)[N];中國醫(yī)藥報;2007年

相關(guān)博士學位論文 前10條

1 陳健德;新生兒膿毒癥miRNAs表達譜及其免疫調(diào)節(jié)作用研究[D];復旦大學;2014年

2 A.B.M.Khaldun;[D];中國科學院研究生院(武漢植物園);2015年

3 成鷹;大腸桿菌和布魯氏菌脂多糖刺激條件下巨噬細胞差異表達miRNAs的鑒定及其作用機制[D];海南大學;2014年

4 王奕;MiRNAs在白癜風外周血單個核細胞中的表達及miR-3940-5p對T細胞作用機制的研究[D];山東大學;2015年

5 陳科;小鼠子宮內(nèi)膜mRNAs和miRNAs時空表達與胚胎著床的關(guān)系及SPOP對基質(zhì)細胞蛻膜化的影響[D];重慶醫(yī)科大學;2015年

6 陳芳;鵝肥肝生成相關(guān)miRNAs、基因的鑒定及功能研究和就巢性相關(guān)miRNAs的鑒定[D];南京農(nóng)業(yè)大學;2014年

7 顧麗紅;北京鴨胚胎期胸肌發(fā)育相關(guān)基因與miRNAs表達模式鑒定及其互作關(guān)系研究[D];西北農(nóng)林科技大學;2015年

8 侯冬霞;游離脂肪酸在脂肪組織胰島素抵抗中的作用研究及Solexa技術(shù)在miRNAs檢測中的應(yīng)用研究[D];南京大學;2011年

9 李菁;分泌的miRNAs在2型糖尿病和血管再生中的生物學功能研究[D];南京大學;2011年

10 王鳳;miRNAs對TBX5的靶向調(diào)控及其遺傳變異的調(diào)控差異在先天性心臟病中的作用[D];復旦大學;2012年

相關(guān)碩士學位論文 前10條

1 姜青華;丹參miRNAs組織特異表達譜及其靶基因鑒定[D];杭州師范大學;2015年

2 劉元會;抑郁患者腦脊液和血清中差異性miRNAs鑒定的臨床研究[D];四川醫(yī)科大學;2015年

3 賈文慧;宮頸癌及子宮內(nèi)膜癌血清miRNAs的研究[D];南京大學;2013年

4 許成辰;不同HER-2水平的人乳腺癌MCF-7細胞內(nèi)miRNAs表達譜及相關(guān)miRNAs對癌細胞生物學行為的影響[D];安徽醫(yī)科大學;2015年

5 曹文婷;奶山羊乳腺組織miRNAs的鑒定、篩選及功能的初步研究[D];西北農(nóng)林科技大學;2015年

6 劉帥帥;循環(huán)miRNAs檢測對肝癌診斷價值的meta分析[D];蚌埠醫(yī)學院;2015年

7 王蕊;喉癌相關(guān)miRNAs的篩選及其功能的初步研究[D];南華大學;2015年

8 雷彬;大白豬和二花臉豬排卵前卵泡差異表達miRNAs及其靶基因鑒定[D];華中農(nóng)業(yè)大學;2013年

9 葛瑩;綿羊不同發(fā)情狀態(tài)下松果體若干miRNAs表達差異及其與AANAT靶關(guān)系鑒定[D];揚州大學;2015年

10 湯自征;RA-FLS的遷移、侵襲及RA相關(guān)miRNAs表達水平的檢測[D];揚州大學;2015年

，

本文編號：2394119