【摘要】：山羊是人類早期馴化的動(dòng)物之一,分布廣泛且容易飼養(yǎng),每年為人類提供大量的奶、肉、羊絨等資源,是一種重要的經(jīng)濟(jì)型物種。內(nèi)蒙絨山羊經(jīng)過(guò)長(zhǎng)期的自然選擇及人工馴化過(guò)程,其絨產(chǎn)量和絨質(zhì)量都世界聞名,已經(jīng)成為我國(guó)一種特有的遺傳資源,具有極高的經(jīng)濟(jì)價(jià)值。然而山羊的育種工作卻遠(yuǎn)遠(yuǎn)落后于綿羊、豬等動(dòng)物,之前關(guān)于山羊的研究主要集中在采用簡(jiǎn)單的分子標(biāo)記,如限制性片段長(zhǎng)度多態(tài)性(PFLP)、簡(jiǎn)單重復(fù)序列(SSR)等對(duì)山羊進(jìn)行遺傳多樣的分析,很少涉及到育種層面,導(dǎo)致山羊育種工作進(jìn)展緩慢。隨著新一代測(cè)序(NGS)技術(shù)的迅猛發(fā)展,測(cè)序費(fèi)用不斷降低,高通量測(cè)序?yàn)槿藗冄芯抗ぷ魈峁┝藰O大的方便。在有參考基因組的情況下,我們可以對(duì)物種進(jìn)行個(gè)體或群體層面的全基因組重測(cè)序,鑒定出覆蓋度高、密度大的單核苷酸多態(tài)性(SNP)等第三代分子標(biāo)記。借助SNP標(biāo)記,人們通過(guò)全基因組關(guān)聯(lián)分析(GWAS)已經(jīng)成功鑒定出許多與復(fù)雜性疾病相關(guān)的位點(diǎn)和基因,為精準(zhǔn)醫(yī)療帶來(lái)了極大的幫助。近年來(lái),山羊全基因組圖譜構(gòu)建完成,我們可以采取同樣的方法,來(lái)鑒定與山羊優(yōu)良性狀相關(guān)的變異位點(diǎn),從而加快山羊的育種進(jìn)程。本項(xiàng)目采用BGISEQ測(cè)序平臺(tái)對(duì)來(lái)源于6個(gè)群體的258個(gè)絨山羊個(gè)體進(jìn)行重測(cè)序,平均測(cè)序深度為10X。通過(guò)使用GATK等軟件鑒定出約26M的SNP變異位點(diǎn)。經(jīng)過(guò)SNP質(zhì)量控制,我們最終使用244個(gè)體、約13.8M的SNP進(jìn)行主成分、系統(tǒng)發(fā)生、群體結(jié)構(gòu)和基于絨細(xì)度、絨長(zhǎng)度進(jìn)行GWAS等分析,鑒定出了與山羊絨細(xì)度緊密相關(guān)的SNP位點(diǎn)。并結(jié)合山羊基因組數(shù)據(jù),得到這些顯著關(guān)聯(lián)的SNP所在或緊密連鎖的候選基因,最后對(duì)這些基因進(jìn)行功能分析,為山羊育種工作的進(jìn)行打下良好的基礎(chǔ)。
[Abstract]:Goat is one of the early domesticated animals, which is widely distributed and easy to raise. It provides a large amount of milk, meat, cashmere and other resources to human each year. It is an important economic species. After a long period of natural selection and artificial domestication, Inner Mongolia Cashmere Goats have become a special genetic resource of our country and have high economic value. However, goat breeding lags far behind that of sheep and pigs. Previous studies on goats focused on the use of simple molecular markers, such as restriction fragment length polymorphism (PFLP),). The genetic diversity of goat was analyzed by simple repeat sequence (SSR) and few of them were involved in breeding, which resulted in slow progress of goat breeding. With the rapid development of the new generation of sequencing (NGS) technology, the cost of sequencing is decreasing, and high throughput sequencing provides great convenience for the research work. In the case of reference genome we can resequence the whole genome of species at individual or population level and identify the third generation molecular markers such as single nucleotide polymorphism (SNP) with high coverage and density. With the help of SNP markers, many sites and genes related to complex diseases have been successfully identified by genome-wide association analysis (GWAS), which is of great help to accurate medicine. In recent years, the construction of goat whole genome map has been completed. We can use the same method to identify the mutation sites related to goat fine traits, so as to speed up the breeding process of goats. 258 cashmere goat individuals from 6 populations were resequenced by using BGISEQ sequencing platform. The average depth of sequencing was 10X. About 26m of SNP mutation sites were identified by using GATK and other software. After SNP quality control, we finally used 244 individuals, about 13.8M of SNP for principal components, phylogenesis, population structure and GWAS analysis based on cashmere fineness and length, and identified the SNP sites closely related to cashmere fineness. Combined with goat genome data, these candidate genes with significant association of SNP or closely linked genes were obtained. Finally, functional analysis of these genes was carried out, which laid a good foundation for goat breeding.
【學(xué)位授予單位】：電子科技大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2017
【分類號(hào)】：S827

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5 梅s

本文編號(hào)：2352956