【摘要】：【目的】豐富豬TDRP1基因研究的基礎(chǔ)數(shù)據(jù).【方法】以豬NM_001198925序列為參考,設(shè)計(jì)特異性引物,通過(guò)克隆測(cè)序獲得‘合作豬’TDRP1基因完整CDS序列,并進(jìn)行生物信息學(xué)分析,同時(shí)采用實(shí)時(shí)熒光定量PCR方法檢測(cè)TDRP1基因在不同組織中的表達(dá)特性.【結(jié)果】獲得了TDRP1基因完整的CDS序列(GenBank登錄號(hào):KU743254),共684bp,其編碼186個(gè)氨基酸多肽.與參考序列相比,在編碼區(qū)第33、348位點(diǎn)處發(fā)生了同義突變(C→G、C→T).TDRP1基因分子式為C_(897)H_(1421)N_(259)O_(287)S_2,理論等電點(diǎn)(PI)為5.86,不穩(wěn)定系數(shù)為62.66,疏水指數(shù)為64.03,平均親水性為-0.939,屬不穩(wěn)定可溶性酸性蛋白質(zhì).二級(jí)結(jié)構(gòu)以無(wú)規(guī)則卷曲和α-螺旋為主,屬混合類(lèi)蛋白質(zhì).亞細(xì)胞定位結(jié)果顯示,TDRP1編碼的蛋白質(zhì)在遺傳物質(zhì)復(fù)制和轉(zhuǎn)錄、翻譯過(guò)程中發(fā)揮功能的可能性分別為26.3%、14.3%,明顯高于發(fā)揮其它功能的可能性.mRNA表達(dá)分析表明,TDRP1基因在垂體和睪丸中高表達(dá),肺、腎、小腦、卵巢中度表達(dá),肝、脾、大腦、胃、小腸中低表達(dá),心臟組織中不表達(dá).【結(jié)論】成功克隆了‘合作豬’TDRP1基因的完整CDS區(qū)序列,并發(fā)現(xiàn)了2個(gè)SNP位點(diǎn);多組織轉(zhuǎn)錄表達(dá)分析表明TDRP1在垂體和睪丸中表達(dá)較高,可為深入研究TDRP1基因的功能提供參考.
[Abstract]:[objective] to enrich the basic data of porcine TDRP1 gene research. [methods] using porcine NM_001198925 sequence as reference, specific primers were designed to obtain the complete CDS sequence of 'cooperative pig' TDRP1 gene by cloning and sequencing, and bioinformatics analysis was carried out. Meanwhile, real-time fluorescence quantitative PCR was used to detect the expression of TDRP1 gene in different tissues. [results] the complete CDS sequence of TDRP1 gene (GenBank accession number: KU743254) was obtained, which encoded 186 amino acid peptides. Compared with the reference sequence, a synonymous mutation (C _ (897) H _ (1421) N _ (259) O _ (287) S _ 2) occurred at the 33348 locus of the coding region (C _ (897) H _ (1421) N _ (259) O _ (287) S _ 2). The theoretical isoelectric point (PI) is 5.86, the instability coefficient is 62.66, the hydrophobic index is 64.03, and the average hydrophilicity is -0.939. The secondary structure is mainly irregular curl and 偽-helix, which is a mixed protein. The subcellular localization results showed that TDRP1 encoded proteins were more likely to function in the process of genetic material replication and transcription and translation than other functions, and the mRNA expression analysis showed that the function of the proteins was significantly higher than that of other functions. TDRP1 gene was overexpressed in pituitary and testis, moderately expressed in lung, kidney, cerebellum, ovary, liver, spleen, brain, stomach and small intestine. [conclusion] the complete CDS region of 'Hehe pig' TDRP1 gene was cloned and two SNP loci were found. Multiple tissue transcriptional analysis showed that TDRP1 was highly expressed in pituitary and testis, which could provide a reference for further study on the function of TDRP1 gene.
【作者單位】： 甘肅農(nóng)業(yè)大學(xué)動(dòng)物科學(xué)技術(shù)學(xué)院;蘭州大學(xué)第一醫(yī)院;甘肅農(nóng)業(yè)大學(xué)生命科學(xué)技術(shù)學(xué)院;
【基金】：甘肅省科技重大專(zhuān)項(xiàng)“高繁殖力豬新品系選育研究”(092NKDA036)
【分類(lèi)號(hào)】：S828

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本文編號(hào)：2309422